猪丁型冠状病毒CH/GX/1468B/2017的分离鉴定及全基因组序列分析

本研究于广西某猪场采集疑似感染猪丁型冠状病毒（porcine deltacoronavirus，PDCoV）的腹泻仔猪小肠及其内容物进行病毒分离，并通过细胞病变（CPE）、RT-PCR、间接免疫荧光（IFA）和全基因序列测定分析对分离的病毒进行鉴定。结果显示，试验成功分离到1株PDCoV，命名为CH/GX/1468B/2017（简称PDCoV 1468B）。该毒株可稳定有效地在LLC-PK细胞生长增殖，并引起典型CPE；该毒株已在LLC-PK细胞连续传代15代，病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在10^8.10TCID₅₀/mL以上。该毒株全基因组序列长25 399 nt；与23个GenBank中登录的参考毒株的全基因组序列比对显示，核苷酸同源性为97.2%~99.4%，其中PDCoV 1468B分离毒株与Vietnam/Binh21/2015株同源性最高，为99.4%。全基因组系统进化分析显示，PDCoV 1468B分离毒株属于Ⅱ群，与东南亚国家PDCoV毒株亲缘关系密切，处于同一进化分支。综上所述，本研究成功分离出PDCoV 1468B株并进行了全基因序列分析，为进一步开展PDCoV致病性等生物学特性研究及疫苗研制奠定了基础，同时可为PDCoV的遗传进化提供数据支持。     

猪流行性腹泻病毒CH/GX/2015/750A株的分离鉴定及全基因组序列分析

本研究旨在获得可在细胞培养中稳定、有效生长增殖的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)分离毒株,并对其全基因组序列进行测定分析。应用Vero细胞从广西腹泻仔猪肠道内容物中进行病毒分离,通过细胞病变和RT-PCR对细胞培养物进行鉴定,应用下一代测序技术对分离毒株全基因组序列进行测定。结果显示,成功分离到1株PEDV,命名为CH/GX/2015/750A。该毒株可稳定有效地在Vero细胞生长增殖,并引起典型的细胞病变;已在Vero细胞连续传代25代,病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在107.50TCID50/mL。该毒株全基因组序列长28 038bp;与22个参考毒株的全基因序列比对显示,核苷酸同源性为96.8%~99.8%,其中与YC2014株同源性最高,为99.8%。全基因组和S基因系统进化分析显示,PEDV CH/GX/2015/750A分离毒株属于Ⅱa亚群,与YC2014、PEDV-WS等变异毒株亲缘关系密切。结果表明,本研究分离获得的CH/GX/2015/750A毒株是PEDV地方流行变异毒株。     

猪流行性腹泻病毒CH/GX/2015/750A株的分离鉴定及全基因组序列分析

本研究旨在获得可在细胞培养中稳定、有效生长增殖的猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）分离毒株,并对其全基因组序列进行测定分析。应用Vero细胞从广西腹泻仔猪肠道内容物中进行病毒分离,通过细胞病变和RT-PCR对细胞培养物进行鉴定,应用下一代测序技术对分离毒株全基因组序列进行测定。结果显示,成功分离到1株PEDV,命名为CH/GX/2015/750A。该毒株可稳定有效地在Vero细胞生长增殖,并引起典型的细胞病变;已在Vero细胞连续传代25代,病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在10^7.50TCID₅₀/mL。该毒株全基因组序列长28 038 bp;与22个参考毒株的全基因序列比对显示,核苷酸同源性为96.8%~99.8%,其中与YC2014株同源性最高,为99.8%。全基因组和S基因系统进化分析显示,PEDV CH/GX/2015/750A分离毒株属于Ⅱa亚群,与YC2014、PEDV-WS等变异毒株亲缘关系密切。结果表明,本研究分离获得的CH/GX/2015/750A毒株是PEDV地方流行变异毒株。     

猪丁型冠状病毒的分离鉴定与基因分析

对山东省某养殖场的腹泻病料进行检测,确认为猪丁型冠状病毒(PDCoV)阳性。使用ST细胞分离到一株PDCoV,命名为SD株。全基因序列测定以及与GenBank中其他68株PDCoV全基因序列比对分析以及遗传进化分析结果表明:PDCoV SD株的全基因组(不包括3'poly(A)尾)序列长度为25414个核苷酸(nt),与参考株HKU15-155、CH/Sichuan/S27/2012和CH-HB-2014的核苷酸同源性分别为98.97%、99.06%和99.13%;此外,在nsp2区的1739~1744位(对应于HKU15-44序列)中的6 nt(TTTGAA)缺失和nsp3区的2810~2818位的9 nt(TCGGCAATG)缺失为特征性基因突变;69株PDCoV呈现出明显的地域特征,其中美国与韩国的PDCoV毒株为一个大分支,越南与泰国PDCoV毒株为另一个小分支,中国的23株PDCoV则呈现出4个小分支,充分展现了该病毒的基因多样性。试验可为中国PDCoV的流行病学和诊断研究以及进一步的疫苗开发提供参考。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒云南株的分离鉴定及遗传变异分析

2018年云南省边境地区某猪场猪群出现高热等症状,部分猪只死亡。为确认发病原因,采集死亡猪只肺脏组织样品进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) RT-PCR检测,然后将阳性样品接种Marc-145细胞,连续传代3次后发现产生稳定的细胞病变效应(CPE)。经间接免疫荧光试验(IFA)、毒价测定及病毒全基因组测序,最终确定病原为PRRSV,将其命名为YNML-2018株,毒价测定为10^-4.88 TCID₅₀/0.1 mL。全基因组序列分析显示,YNML-2018毒株基因组全长15 357 bp,包含8个开放阅读框(ORF),其中非结构蛋白2编码基因(NSP2)缺失90个碱基。病毒全基因组遗传进化分析显示,该毒株序列与国内分离的高致病性PRRSV同源性为95.3%～99.3%;其NSP2高变区序列与国内分离的高致病性PRRSV同源性为92.1%～97.8%;结构蛋白GP3、GP5氨基酸序列与国内分离的高致病性PRRSV毒株同源性分别为84.3%～99.6%和83.1%～99.0%。结果表明,YNML-2018株与近年来我国PRRSV流行株相比存...     

猪丁型冠状病毒的分离鉴定

2016年从某商品化猪场采集到6份疑为病毒性腹泻的腹泻仔猪小肠样本,利用RT-PCR对样品进行检测,检出1份猪丁型冠状病毒(PorcineDeltaconoravirus,PDCoV)阳性样品,使用ST细胞进行病毒分离和传代。通过细胞病变(CPE)、RT-PCR及S基因序列测定分析对分离的病毒进行鉴定,试验结果表明,已成功分离到一株能在ST细胞上稳定增殖并能产生典型CPE的猪丁型冠状病毒,命名为SCMS株。该毒株S基因长度为3480个核苷酸,与GenBank中登录23个参考毒株之间的同源性为95.9%～98.5%,其中与2018年山东分离株SD-11-2018同源性最高,为98.5%。该毒株的成功分离为进一步开展PDCoV的生物学特性研究和疫苗研制奠定了基础。     

一株猪高致病性蓝耳病病毒的分离鉴定与遗传变异分析

为研究猪蓝耳病病毒(PRRSV)的遗传进化规律,于2018年从新疆某猪场采集的病猪血液中分离了一株PRRSV,命名为XJ-b。对临床样品采用RT-PCR扩增鉴定,将阳性样品过滤处理之后接种在Marc-145细胞系进行培养,将盲传3代之后出现病变(CPE)的Marc-145样品进行间接免疫荧光鉴定。通过噬斑纯化后,利用RT-PCR对分离株的全基因组进行扩增,使用SeqMan软件对测序结果进行拼接,并根据NCBI上已公布的PRRSV全基因组及Nsp2基因核苷酸序列进行遗传进化与同源性比对分析。结果表明,临床病料RT-PCR检测呈PRRSV核酸阳性,处理后的病料接种至Marc-145细胞72 h之后产生CPE,间接免疫荧光鉴定为PRRSV抗原阳性;序列拼接显示分离株全基因组开放阅读框大小为15119 bp;全基因组和Nsp2基因核苷酸序列分析和同源性比对显示该分离毒株属于中国的高致病性PRRSV亚群。研究结果可为近年来新疆地区PRRSV的毒株差异分析提供参考。     

猪德尔塔冠状病毒变异株CHN-GX01-2018株全基因序列分析

为了解广西PDCoV流行毒株在猪群中的感染和流行特点,用设计的25对特异性引物从腹泻样本中检测获得1株PDCoV全基因组序列。结果显示,CHN-GX01-2018株基因组全长25 406 bp,与美国毒株比较存在3处基因缺失,分别位于ORF1a/1b第400～403aa、第756～759aa位置及S基因存在1个氨基酸的缺失。全基因组与S基因遗传进化分析结果显示, CHN-GX01-2018与代表株CHN-AH-2004(安徽株)同源性为97.4%。然而,同源性分析显示中国PDCoV株也存在不同的进化分支,表明PDCoV在中国猪群中不断进化。     

豫北新发猪圆环病毒3型的鉴定及全基因序列分析

为了对疑似新发猪圆环病毒3型(PCV-3)感染病例进行确诊,试验采用PCR技术鉴定1例疑似感染PCV-3的猪,并将鉴定得到的PCV-3毒株的全基因组分成2个片段进行PCR扩增,分别构建到pMD18-T载体上测序,通过MegAlign软件对全基因序列进行同源性和遗传进化分析,利用在线生物信息学软件预测Cap和Rep蛋白的信号肽、核定位信号和B细胞表位。结果表明:成功鉴定出1株豫北新发PCV-3毒株,将此毒株命名为PCV-3/CN/HNAY-201806;对2个基因片段测序后拼接发现其基因组长度为2 000 bp(登录号为MH683051);同源性和遗传进化分析显示,PCV-3/CN/HNAY-201806与吉林长春毒株PCV-3/CHN/JLCC2016(登录号为KY421348.1)核苷酸同源性(99.6%)较高,与广西毒株PCV-3/GXFC2017-7(登录号为MG250186.1)同源性(98.8%)较低,不同地区间PCV-3基因组有差异但较小;对该毒株Cap和Rep蛋白序列分析显示,2个蛋白都没有信号肽序列,但都有核定位信号,Cap蛋白有9个B细胞表位,Rep蛋白有14个B细胞表位。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GD-ZQ变异株的分离及遗传变异分析

用RT-PCR方法从某猪场病猪体内分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),命名为PRRSV GD-ZQ株,可致Marc-145细胞病变。细胞分离培育病毒至增殖性能稳定后,分别扩增分离病毒的Nsp2、ORF3、ORF5基因并测序,绘制进化树比较分析遗传进化。结果显示分离毒株的Nsp2、ORF3、ORF5基因序列与美洲型VR-2332、CH-1a等毒株核苷酸序列相似性在89.0%~95.8%之间,与欧洲毒株LV的相似性在48.2%~49.3%之间,遗传进化分析显示该毒株与CH-1a株处于同一分支,分离毒株的Nsp2序列与以HEB1为代表的PRRSV变异株相似性在98.3%~99.4%之间。该病毒在细胞盲传5代能产生稳定规律细胞病变(CPE),且第5代病毒TCID₅₀达10^-5.6／0.1 mL。进化分析结果显示GD-ZQ分离株是PRRSV变异株,具有"高热病"PRRSV毒株的变异特点,为了解PRRSV在时间上和分子水平上的遗传变异规律、变异幅度和变异范围奠定基础。     

传染性支气管炎CK/CH/HD/190716株的分离鉴定与全基因组分析

对河北某免疫鸡场采集疑似感染传染性支气管炎病毒(IBV)鸡的肺脏进行病毒分离,并通过鸡胚接种和全基因序列测定分析,对分离病毒进行鉴定和遗传变异分析。分离到1株IBV,命名为CK/CH/HD/190716,该病毒接种鸡胚后可产生IBV特征性的侏儒胚。该病毒基因组总长为27 680 bp,其中Ploy A尾含有16个A。将分离株基因序列与不同基因型的IBV毒株进行同源比对,构建遗传进化树进行基因分型,证实该毒株属于QX型。选取我国分离的14株QX型IBV与之比较同源性,发现该型病毒全基因组的同源性在93%～97%,但是5a基因的同源性最低,只有80%,表明IBV各基因之间的进化具有显著差异。随后通过多个重组软件分析证实,该毒株的1a基因部分区域由QX型野毒KX425847和KU317090重组产生。本试验揭示了我国流行的QX型IBV存在基因多样性,需要对该型病毒的遗传演化进行密切监测。     

基因2型牛病毒性腹泻病毒河南株分离鉴定及全基因序列分析

河南某地区牛场部分牛出现呼吸道症状,伴随有怀孕母牛的流产,本研究使用细胞培养的方法于病死牛脾脏中分离得到1株BVDV病毒,命名为BVDV-HEN01。该病毒在MDBK细胞上生长,未发生固缩、拉网等病变,可确定该毒株为1株非致细胞病变毒株;下载若干条BVDV全基因序列,经MegaAlign软件比对在同源性较高的区域设计全基因组扩增引物10对,经鉴定该毒株为BVDV-2型毒株,并扩增出该毒株的全基因组;直接免疫荧光法测得病毒TCID₅₀为10^-4.1/0.1 mL。使用电镜观察病毒颗粒,颗粒的直径为50 nm左右。对分离株进行同源性分析并绘制系统进化树,发现HEN01株与我国SD1301株进化关系密切。本实验所分离的毒株为1株新的BVDV-2b亚型毒株,全基因组序列测定的完成对于反向遗传工程与疫苗的研发有重大意义。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

猪圆环病毒Ⅱ型全基因组的克隆和序列分析

根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。     

猪捷申病毒HB株的分离与全基因序列分析

为分析河北省某规模化猪场猪捷申病毒(PTV)的遗传变异和进化关系,作者成功分离到PTV HB株,对其进行了毒力测定和动物回归试验,设计引物进行了全基因序列测定,并与国内外42株PTV全基因序列进行了同源性比较。结果表明猪捷申病毒HB株病毒滴度为10-6.4 TCID50.mL-1,健康仔猪接毒28d后均出现明显猪捷申病症状,该毒株全基因组序列长度为7 090bp。系统进化树分析表明,猪捷申病毒HB株(JQ664746)属于PTV-8型血清型,和国内分离的PTV-jilin/2003株(GQ293092)同源性最高,从而为进一步研究该毒株的遗传变异提供参考。     

A型塞内卡病毒HBWH/1/2018株的分离鉴定及全基因组序列测定

为了鉴定湖北省某猪场水疱性疾病的病原,本研究采用RT-PCR、细胞分离培养、间接免疫荧光检测、电镜观察、病毒基因序列测定及分子进化分析的方法对湖北省某猪场采集的具有水疱样病变的猪水疱皮样品进行了病毒的分离和鉴定及全基因组序列的测定。结果表明：成功分离到1株A型塞内卡病毒（SVA）,命名为HBWH/1/2018株。该毒株接种BHK-21细胞培养能够引起明显的致细胞病变效应;免疫荧光试验结果为阳性;病毒滴度为109.35 TCID50/0.1mL;该毒株基因组全长7281 bp（不包括Poly A）,开放阅读框为6546 bp,编码2181个氨基酸;VP1核苷酸序列的遗传进化分析表明HBWH/1/2018株与HN01/2017株亲缘关系最近（相似性高达99.4%）,而与SVA原型毒株SVV-001株的亲缘关系最远（相似性为91.3%）。本研究不仅丰富了SVA的分子流行病学数据,也为进一步研究SVA的致病机理及相关疫苗的研发奠定了基础。     

番鸭细小病毒NS和VP基因的克隆及序列分析

为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征，本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因，并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示，克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因，分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高，而NS基因则较为保守；进化分析显示，安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支，二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近，可能来源于同一毒株，与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远；安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高，与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上；与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低，其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高，但仍存在一定程度的基因变异，增...     

鸽源传染性法氏囊病病毒的分离鉴定及其A、B节段序列扩增

目的:分离鉴定鸽源传染性法氏囊病病毒(IBDV),扩增其基因组A、B节段cDNA.方法:采用SPF鸡胚尿囊腔接种分离IBDV,RT-PCR鉴定并扩增A、B节段全基因组DNA,进行同源性比较,初步分析分离株序列特征.结果:该分离株经RT-PCR特异性鉴定引物鉴定为强毒株,与强毒株相比,核苷酸序列同源性达97%,氨基酸序列同源性99%.     

1株麻雀源坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到1株坦布苏病毒,命名为SDS株,并对分离毒株进行毒力测定。应用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序,将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在Gen Bank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因组序列进行遗传进化分析。结果表明,该株坦布苏病毒的基因组全长为10 990 nt,包含94 nt的5'端非编码区、618 nt的3'端非编码区和一个开放阅读框(3 425个氨基酸),编码11种病毒蛋白;与Gen Bank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.4%,其中与鸭源WFZ株(KC990545.1)的核苷酸序列同源性最高为99.5%,与鹅源坦布苏病毒(duck eggdrop syndrome virus strain goose,JQ920424.1)和鸡源坦布苏病毒(CJD50,JF926699)的核苷酸序列同源性较低为98.9%。用Net NGlyc 1.0 Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测,结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点,分别位于5个不同病毒蛋白中。     

猪圆环病毒2b亚型的分离鉴定及基因组序列分析

为分离鉴定流行于重庆某猪场的猪圆环病毒2型,本研究从断奶仔猪多系统衰竭综合征猪的淋巴结病料中进行病毒学检测,病毒利用PK-15细胞增殖,其基因组序列经克隆、测序、拼接获得,并完成对全序列的生物信息学分析鉴定。结果获得了1株猪圆环病毒2型(命名PCV-2CQ1),该毒株的全序列大小为1 767bp,同源性分析发现该病毒与国内公布的PCV-2毒株同源性超过了90%,尤其与广西分离株同源性达100%;系统进化分析本分离病毒与浙江株(EU257511)、黑龙江株(HM038032)聚类到一起,形成一个进化分支,同属于PCV-2b型;对编码的衣壳蛋白分析发现,PCV-2CQ1Cap氨基酸发生了较大变异,与强毒株同源性较高,考虑到本病毒源自PMWS病猪,推测该毒株属于强毒株。