建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1 200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析

【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。     

黄陂牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

【目的】探究黄陂牛的遗传多样性与母系起源。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在21头黄陂牛mtDNA D-loop区共检测到55个变异位点,定义了10个mtDNA单倍型,平均单倍型多样度为0.7760,平均核苷酸多样度为0.0234,表明黄陂牛具有丰富的遗传多样性。构建的NJ系统发育树表明黄陂牛具有瘤牛和普通牛两个母系起源。【结论】黄陂牛有丰富的遗传多样性,有瘤牛和普通牛两个母系起源,且受瘤牛的影响较大。     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为...     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

蒙古家马和蒙古野马mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源分析

为了对马线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异进行分析,探讨蒙古家马、蒙古野马和驴之间的亲缘关系和遗传多样性,试验对各类马样本mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增和测序,运用分子生物学软件进行数据处理。结果表明:共检测到5个单倍型,各类马单倍型多样性和核苷酸多样性分别介于0.400~1.000和0.009 25~0.028 90之间,说明蒙古家马有较高的遗传多样性,而蒙古野马单倍型多样性和核苷酸多样性最小,蒙古野马多态程度较低。根据D-loop区序列构建的NJ树发现,蒙古家马和蒙古野马有较近的亲缘关系,而且蒙古家马均匀地分散在各个分支中,说明蒙古家马有丰富的母系起源。     

西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。     

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源.     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。     

夷陵黄牛mtDNAD-loop区遗传多样性研究

【目的】为了探究夷陵黄牛的母系起源与遗传多样性。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在27头夷陵黄牛mtDNA D-loop区共检测到54个变异位点,界定了13个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.7720,平均核苷酸多样度为0.0228,表明夷陵黄牛具有比较丰富的遗传多样性。构建的系统发育树显示夷陵黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】夷陵黄牛受瘤牛的影响大,属于中国南方黄牛,具有普通牛与瘤牛的种质特征。     

温州水牛线粒体DNA D-loop遗传多态性分析

以30头温州水牛为研究对象,对每个个体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区915bp全序列进行了分析研究,结果共检测到14种单倍型,50个核苷酸多态位点,其中出现核苷酸转换48个,颠换2个.温州水牛mtDNAD-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0184,单倍型多样度(H)为0.8575,表明温州水牛线粒体DNA遗传多样性丰富.NJ聚类分析表明,温州水牛有2个母系起源.     

拉伯高脚鸡线粒体DNA D-loop序列变异与起源分化研究

为从母系遗传角度探明云南拉伯高脚鸡的遗传多样性与起源分化,采用PCR产物直接测序技术对30只拉伯高脚鸡的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第一高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的mtDNA D-loop 527 bp序列中,共检测到17个变异位点,归结为5个单倍型。单倍型L1和L2属G世系,单倍型L3和L4属A世系,单倍型L5属B世系。G世系占整个群体的63.3%,A世系占33.3%。单倍型多样度为(0.763±0.049),群体内序列间核苷酸差异的平均数为7.205,核苷酸多样度为0.01315,平均遗传距离为0.016。由最大似然法构建的NJ系统进化树将拉伯高脚鸡聚为3大枝,分别与G、A、B 3个世系对应。与红原鸡及国内外鸡种聚类比较,拉伯高脚鸡在起源上具有其独特性。结果表明,拉伯高脚鸡存在较高的遗传多样性,起源上具有云南本地鸡特有的遗传特征。     

关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析

本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 2种不同的母系起源     

基于线粒体DNA D-loop序列分析彭县黄鸡遗传多样性及其起源进化关系

研究旨在探究彭县黄鸡的遗传多样性和起源。通过对30只彭县黄鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区高变区部分序列的PCR扩增、测序和比对,结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨彭县黄鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明:测出的高变区部分序列长度为504~506 bp,12只为504 bp(484 bp处T碱基缺失),1只为506 bp(498 bp处C碱基插入)外,其余均为505 bp。在30只个体中,共发现15处单核苷酸多态位点,由此界定7种单倍型。系统发育分析发现,彭县黄鸡7种单倍型可以分为A、B、C三个分支。综上,彭县黄鸡mtDNA D-loop区具有较为丰富的多态性,并且3个母系起源,研究结果从分子水平上为彭县黄鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

岭南牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]通过测定岭南牛线粒体D-loop全序列来了解岭南牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对30头岭南牛mtDNA D-loop序列分析,共发现62个变异位点和19种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.0260,单倍型多样度(Hd)为0.8920,表明岭南牛遗传多样性丰富。构建的NJ系统进化树表明岭南牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]岭南牛属于南方牛类型,受瘤牛的影响较大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。     

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

蒙古牛线粒体DNA全基因组遗传多样性与起源研究

［目的］通过对蒙古牛线粒体DNA(mtDNA)的基因组进行测序,探究蒙古牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用DNA提取、三代测序及生物信息学方法。［结果］在36头蒙古牛mtDNA全基因组序列中,共检测到22种不同的单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.970,平均核苷酸多样度(Pi)为0.00845,表明蒙古牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树发现,蒙古牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］蒙古牛有丰富的母系遗传多样性,拥有普通牛和瘤牛两个母系起源,以普通牛起源为主。     

溧阳鸡线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

为了研究溧阳鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,试验采用PCR产物直接测序法对30只溧阳鸡mtDNA的D-loop区序列进行分析。结果表明:溧阳鸡549 bp D-loop区序列的T、C、A、G平均含量分别为30.0%、29.9%、27.1%、13.0%,共检测到19个突变位点,其中单一多态位点3个,简约多态位点16个;序列的核苷酸多样性为0.007 63,单倍型多样性为0.662;共获得7种单倍型,其中Hap单倍型占56.7%,群体内遗传距离为0.008。结合NJ系统发生树发现,溧阳鸡存在3个分支,揭示溧阳鸡在遗传组成上具有3个母系来源。