| 基于转录组测序挖掘仿刺参“化皮病”相关基因 |
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| 引用本文： | 杨爱馥,周遵春,高杉,孙红娟,潘泳嘉,陈仲,董颖.基于转录组测序挖掘仿刺参“化皮病”相关基因[J].中国水产科学,2018,25(3):475-484. |
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| 作者姓名： | 杨爱馥 周遵春 高杉 孙红娟 潘泳嘉 陈仲 董颖 |
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| 作者单位： | 辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室;大连出入境检验检疫局国家水产品检测重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31672688）；辽宁省科技计划项目（2015103044）；辽宁省自然科学基金项目（2015020786）；辽宁省海洋与渔业厅科研项目（201503）. |
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| 摘 要： | 为了寻找仿刺参(Apostichopus japonicus)养殖期间的"化皮病"关键调控基因,并分析这些基因所参与的信号通路,对本课题组前期已获得的仿刺参"化皮"I期(早期)、II期(中期)和III期(后期)3个阶段的病变及其同一个体正常体壁组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行进一步分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)结果显示,"化皮"II期病变组织与正常组织之间的差异最小,"化皮"I期与III期表达关系比较接近,"化皮"II期是一个"转折期"。KEGG富集分析结果显示,补体与凝血级联(Complement and coagulation cascades)通路和细胞外基质受体(ECM-receptor interaction)通路在"化皮"3个阶段都显著改变。通过构建"化皮"过程关键差异表达基因调控网络,发现Ig GFc-binding protein(Fc GBP)基因和Tenascin(TN)蛋白家族基因在"化皮"不同阶段参与到发生显著变化的信号通路。q RT-PCR验证结果显示,5个DEGs在仿刺参"化皮"不同阶段表达趋势与RNA-Seq结果一致,皮尔逊相关系数r值为0.7714。"化皮"过程关键调控基因的筛选将为抗逆品种选育以及"化皮病"的防控提供科学依据。
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| 关 键 词： | 仿刺参 化皮 差异表达基因 调控网络 |
| 修稿时间： | 2018/6/19 0:00:00 |
Identification of genes associated with skin ulceration syndrome in Apostichopus japonicus based on RNA Sequencing |
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| YANG Aifu,ZHOU Zunchun,GAO Shan,SUN Hongjuan,PAN Yongji,CHEN Zhong,DONG Ying.Identification of genes associated with skin ulceration syndrome in Apostichopus japonicus based on RNA Sequencing[J].Journal of Fishery Sciences of China,2018,25(3):475-484. |
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| Authors: | YANG Aifu ZHOU Zunchun GAO Shan SUN Hongjuan PAN Yongji CHEN Zhong DONG Ying |
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| Institution: | 1. Key Laboratory of Marine Fishery Molecular Biology of Liaoning Province, Liaoning Ocean and Fisheries Science Research Institute, Dalian 116023, China;2. Dalian Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau, National Aquatic Product Safety Testing Key Laboratory, Dalian 116600, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Apostichopus japonicus skin ulceration differentially expressed gene regulatory network |
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