| 甘蔗EST-SSR标记的开发和多样性分析 |
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| 引用本文： | 黄启星,张雨良,王俊刚,伍苏然,张树珍,郭安平.甘蔗EST-SSR标记的开发和多样性分析[J].热带农业科学,2012,32(12):33-42,49. |
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| 作者姓名： | 黄启星 张雨良 王俊刚 伍苏然 张树珍 郭安平 |
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| 作者单位： | 中国热带农业科学院热带生物技术研究所／农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室,海南海口,571101 |
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| 基金项目： | 转基因新品种培育重大专项，中国热带农业科学院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 |
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| 摘 要： | 运用生物信息学分析方法对甘蔗(Saccharum spp.)的282 809条表达序列标签(ESTs)进行分析,共获得Unigene 138 590条,发掘出分布于10 086条Unigene的10 505个微卫星(EST-SSR)位点,SSR发生频率为7.26%,平均9.22 kb出现1个SSR。在7个杂交甘蔗品种中,三核苷酸基元的SSR数量最多(74.95个/Mb),其次为二核苷酸基元的SSR(22.95个/Mb),二者占总数的90.27%。以CCG/CGG、AG/CT为重复基元的SSR是最常见的EST-SSR类型,富含G/C的EST-SSR占据极明显的优势。与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明,富含G/C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点。研究发现,SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别,具有丰富的多样性。此外,从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因,从中发掘了9个SSR位点。最后,利用Primer3和e-PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST-SSR PCR引物,相关数据可以通过http://59.50.66.49/SSR/sugarcane/sugarcane.EST-SSR.tgz链接从因特网下载。该研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考。
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| 关 键 词： | 甘蔗 EST SSR 微卫星 |
Data-mining and Diversity Analysis of EST-SSRs from Sugarcane |
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| HUANG Qixing,ZHANG Yuliang,WANG Jungang,ZHANG Shuzhen,GUO Anping.Data-mining and Diversity Analysis of EST-SSRs from Sugarcane[J].Chinese Journal of Tropical Agriculture,2012,32(12):33-42,49. |
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| Authors: | HUANG Qixing ZHANG Yuliang WANG Jungang ZHANG Shuzhen GUO Anping |
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| Institution: | (Institute of Tropical Biosciences and Biotechnology / Ministry of Agriculture Key Laboratory of Biology and Genetic Resources of Tropical Crops,CATAS,Haikou,Hainan 571101) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sugarcane EST SSR microsatellite |
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