芸薹属SSR标记在菜薹中的通用性及其应用

以4份遗传背景差异较大的菜薹种质为试材,检测133对芸薹属SSR引物在菜薹中的PCR扩增效果,以期发现适用于菜薹的SSR标记。结果表明:有50对引物在4份菜薹种质中表现出较好的通用性,其扩增产物多在100~350bp,多态性数目在1~4,共91个多态性位点。在此基础上,利用在"四九-19号菜心"和"3T6"中具有多态性的40对SSR引物,对130份以"四九-19号菜心"和"3T6"为亲本建立的F6重组自交系群体进行基因分型,构建了一个具有10个遗传群、总长度为641.39cM的菜薹遗传连锁图。研究结果可为今后菜薹遗传多样性、基因定位和分子标记辅助育种提供理论参考。     

菜薹转录组中SSR信息与可用性分析

利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene（38.17 Mb）序列数据,运用MIcroSAtellite（MISA）工具发现其中具有1 ~ 6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1 ~ 3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5 ~ 23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10 ~ 60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。