中国荷斯坦牛TLR_2基因SNPs快速筛查及...等位基因频率估算

为了探讨Toll样受体2基因与荷斯坦牛乳腺炎抗性的相关性,本研究选取中国荷斯坦牛为试验对象构建DNA池,设计4对特异性引物,并结合克隆测序法对中国荷斯坦牛TLR_2基因编码区进行多态性筛查。结果显示,荷斯坦牛TLR_2基因编码区有6个核苷酸突变位点,分别为T602A-Intron2、G10900C-Exon2、G11047C-Exon2、A11076T-Exon2、C12077T-Exon2、T10634G-Exon2,其中T10634G-Exon2为错义突变,其余均为同义突变,SNPs突变前后等位基因频率有明显差异。6个SNPs等位基因频率分别由0.8067、0.7843、0.7959、0.7647、0.6897、0.8413突变为0.1933、0.2157、0.2041、0.2353、0.3103、0.1587。研究结果可为中国荷斯坦牛的分子抗病育种提供理论依据。     

中国荷斯坦牛TLR2基因SNPs的快速筛查及等位基因频率的估算

为了快速筛查Toll样受体2基因的SNPs,采用DNA池和直接测序法确定了荷斯坦牛TLR2基因的多个SNP突变方式,估算了各SNP的等位基因频率,并利用生物信息学方法预测突变对TLR2 mRNA和蛋白的影响。结果显示,在荷斯坦牛TLR2 基因内共发现6个核苷酸突变位点,分别为T602A、G10900C、G11047C、A11076T、C12077T、T10634G,其中T10634G为错义突变,导致第64位氨基酸由原来的谷氨酸(Gly)替换为天冬氨酸(Asp)。研究结果可为中国荷斯坦牛的抗病育种提供实验依据。     

大耳白兔MSTN基因SNPs位点筛查及生物信息学分析

为探明大耳白兔MSTN基因与生长发育及肉质性状的关联性,以大耳白兔为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序技术对该基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,从而筛选出对大耳白兔肉质性状有显著影响的SNP位点,利用生物信息学方法从分子水平对大耳白兔MSTN基因编码的蛋白质进行功能预测和同源性分析。结果显示:大耳白兔MSTN基因编码区序列全长1 128 bp,编码375个氨基酸,是一种不稳定的水溶性蛋白;蛋白质分子量42.8 ku,理论等电点为6.97;蛋白质二、三级结构均为混合型,无规则卷曲所占比例最高。在扩增区域的非编码区发现1个SNP位点,该突变不影响编码氨基酸的改变。同源性分析表明,大耳白兔MSTN基因与普通家兔相似度为100%,与家猫相似度较高,亲缘关系很近。