SPF大白猪和长白猪CIITA基因剪接突变体的鉴定分析及在不同组织中的表达模式

为了鉴定分析SPF大白猪和长白猪CIITA剪接突变体，研究其在猪不同组织中的表达模式。本研究以5周龄的8头SPF大白猪和7头SPF长白猪为研究对象，设计特异性引物对CIITA基因进行扩增、克隆和测序，对获得的序列分析其剪接突变体特征，利用在线软件对不同剪接突变体进行生物信息学分析，同时利用荧光定量PCR方法检测CIITA基因剪接突变体在2头SPF长白猪8种组织中的表达模式。结果显示，在SPF大白猪和长白猪CIITA基因CDS区存在3种不同的剪接突变体（CIITA-A、CIITA-B和CIITA-C），其CDS长分别为939、984和1 698 bp。CIITA-A和CIITA-B突变体由于Exon 11部分核苷酸缺失（40和199 bp）使终止密码子提前，从而致使编码CIITA蛋白的结构域受到了剪接的影响，缺失了末端富含亮氨酸的4个重复结构域，蛋白结构发生了明显的改变。进化树结果表明，针对CIITA，猪与绵羊和牛具有较近的亲缘关系，在不同猪品种中具有较高的保守性。同时，CIITA不同剪接突变体在猪8种组织中均有表达，且表达量趋于一致，均在脾或肺中表达量较高，其次是肾、脊髓、甲状腺、肝、胸腺，在心脏中表达最低。本研究从SPF大白猪和长白猪上共获得了3个CIITA剪接突变体，其中两个蛋白结构缺失了4个富含亮氨酸的重复结构域，且不同剪接突变体在猪不同组织中均有表达，表达量稍有差异，为后续CIITA基因在机体内的免疫调控功能研究奠定了理论基础。