快速型黄羽肉鸡饲料利用效率性状的基因组选择研究

旨在探究快速型黄羽肉鸡饲料利用效率性状的遗传参数,评估不同方法所得估计育种值的准确性。本研究以自主培育的快速型黄羽肉鸡E系1 923个个体（其中公鸡1 199只,母鸡724只）为研究素材,采用"京芯一号"鸡55K SNP芯片进行基因分型。分别利用传统最佳线性无偏预测（BLUP）、基因组最佳线性无偏预测（GBLUP）和一步法（SSGBLUP）3种方法,基于加性效应模型进行遗传参数估计,通过10倍交叉验证比较3种方法所得估计育种值的准确性。研究性状包括4个生长性状和4个饲料利用效率性状：42日龄体重（BW42D）、56日龄体重（BW56D）、日均增重（ADG）、日均采食量（ADFI）和饲料转化率（FCR）、剩余采食量（RFI）、剩余增长体重（RG）、剩余采食和增长体重（RIG）。结果显示,4个饲料利用效率性状均为低遗传力（0.08~0.20）,其他生长性状为中等偏低遗传力（0.11~0.35）;4个饲料利用效率性状间均为高度遗传相关,RFI、RIG与ADFI间为中度遗传相关,RFI与ADG间无显著相关性,RIG与ADG间为低度遗传相关。本研究在获得SSGBLUP方法的最佳基因型和系谱矩阵权重比基础上,比较8个性状的估计育种值准确性,SSGBLUP方法获得的准确性分别比传统BLUP和GBLUP方法提高3.85%~14.43%和5.21%~17.89%。综上,以RIG为选择指标能够在降低日均采食量的同时保持日均增重,比RFI更适合快速型黄羽肉鸡的选育目标;采用最佳权重比进行SSGBLUP分析,对目标性状估计育种值的预测性能最优,建议作为快速型黄羽肉鸡基因组选择方法。     

结合GWAS先验标记信息的肉鸡RFI性状全基因组选择研究

旨在比较结合全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）先验标记信息的基因组育种值（genomic estimated breeding value,GEBV）估计与基因组最佳线性无偏预测（genomic best linear unbiased prediction,GBLUP）方法对鸡剩余采食量性状育种值估计的准确性,为提高基因组选择准确性提供理论与技术支持。本研究选用广西金陵花鸡3个世代共2 510个个体作为素材,其中公鸡1 648只,母鸡862只,以42～56日龄期间的剩余采食量（residual feed intake,RFI）为目标性状,将试验群体随机分为两组,其中一组作为先验标记信息发现群体,用于GWAS分析并筛选最显著的top5%、top10%、top15%和top20%的位点作为先验标记信息;另外一组分别结合不同的先验标记信息进行遗传参数估计并比较基因组育种值的预测准确性,使用重复10次的五倍交叉验证法获取准确性,随后两组群体再进行交叉验证。研究结果表明,GBLUP计算RFI的遗传力为0.153,预测准确性为0.387～0.429,结合GWAS先验标记信息的基因组选择方法计算RFI的遗传力为0.139～0.157,预测准确性为0.401～0.448。将GWAS结果中P值最显著的top10%～top15%的SNPs作为先验信息整合至基因组选择模型中可以将RFI的预测准确性提升2.10%～5.17%。