静原鸡let-7a-5p的靶基因预测及组织表达分析

【目的】了解let-7a-5p的生物学信息,初步探索其在静原鸡肌肉组织中的功能作用。【方法】利用生物信息学方法对转录组测序获得的静原鸡let-7a-5p的成熟序列进行保守性分析,使用miRDB、TargetScan和miRanda在线软件预测let-7a-5p的靶基因,取其交集进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR检测let-7a-5p在静原鸡公鸡和母鸡各组织中的表达水平。【结果】let-7a-5p的成熟序列在各物种间高度保守,共预测得到38个基因集合。在生物过程、细胞组分和分子功能中靶基因富集较多的GO条目有细胞过程、生物调节、细胞、结合和催化活性;靶基因显著富集于聚酮糖单元生物合成、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解、TGF-β信号通路和加压素调节的水重吸收信号通路,且富集最多的是代谢途径、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路。let-7a-5p-靶基因互作主要通过作用于靶mRNA的3'-UTR抑制表达或使其降解。组织表达发现,let-7a-5p在静原鸡公、母鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌和腿肌组织中均有表达,且在胸肌和腿肌中表达量均较高。【结论】let-7a-5p可能靶向调节靶基因的表达,从而参与静原鸡肌肉生长发育,为进一步探究let-7a-5p的功能和作用机制提供理论依据。     

功能性非编码RNAs在鸡肉肌内脂肪沉积中的调节作用

非编码RNAs(non-conding RNAs, ncRNAs)是一类没有编码蛋白质功能的RNAs,在基因转录、翻译过程中起重要调控作用。肌内脂肪(intramuscular fat, IMF)对鸡肉的风味、嫩度和多汁性具有重要影响，其含量与肌肉品质呈正相关，直接影响家禽肉品质。近年来，利用微小RNAs (microRNAs, miRNAs)、长链非编码RNAs (long non-coding RNAs, lncRNAs)和环状RNAs (circular RNAs, circRNAs)研究鸡IMF沉积的调控机制取得了一定进展，为表观遗传标记应用于动物遗传育种奠定了基础。笔者介绍了IMF形成与沉积的生物学过程、ncRNAs的生物学特点及作用模式，着重阐述了miRNAs、lncRNAs和circRNAs调控鸡肉IMF沉积的研究进展，为进一步研究miRNAs、lncRNAs和circRNAs在家禽肉品质调控方面的作用提供理论依据。