低氧胁迫下中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组学

为了探究低氧胁迫对中华绒螯蟹血淋巴细胞影响的分子机制，实验通过使用Nova Seq 6 000测序技术，检测了低氧组(1.5±0.5) mg/L和对照组(6.0±0.5) mg/L分别处理24 h后的中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组数据变化。首先，对测序得到的原始数据进行拼接、注释以及筛选，分析获得的128 614个转录本和128 614条基因，平均长度为2 634 bp (N50),Q30> 92%。其次，以1.2倍为阈值，共筛选出1 687个差异表达基因，其中上调基因899个，下调基因788个。GO和KEGG分析发现，低氧胁迫对中华绒螯蟹血细胞的三羧酸循环、糖酵解途径、ECM-受体相互作用、间隙连接、细胞凋亡、酚氧化酶系统以及其他免疫相关基因等产生了显著影响。最后，随机挑选转录组数据中的10个基因进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证，结果显示与转录组数据分析相一致，其中包括6个上调的基因：整合素1、铜/锌超氧化物歧化酶、磷酸肌醇3激酶、磷酸甘油酸突变酶2、PDGF/VEGF相关因子1和relish;4个下调的基因：无脊椎连接蛋白7、热休克蛋白90、线粒体ATP合成酶α和天...