家猪TBP蛋白结构与理化性质的生物信息学分析

TBP是真核生物的通用转录因子,在转录过程中扮演着重要的角色。采用生物信息学方法鉴定了家猪TBP蛋白家族成员,对家猪TBP蛋白进行染色体定位、理化性质和系统进化分析,并对其二级和三级结构进行预测。结果显示,家猪TBP蛋白家族包含3个成员,染色体定位发现其中2个TBP基因分布在第1染色体上,另1个位于骨架上;3个TBP蛋白家族成员的氨基酸数目分别为188、273、376,其中1个为疏水性蛋白、2个为亲水性蛋白;TBP蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分,其家族成员的三级结构基本相似。     

HIF-1α基因第12外显子序列生物信息学分析

低氧诱导因子(Hypoxia-inducible factor-1,HIF-1)是细胞缺氧后产生的一种适应性的DNA结合蛋白,由α亚基和β亚基组成,α亚基受低氧诱导,既是HIF-1的活性亚基又是调节亚基。HIF-1对受低氧诱导的低氧反应性基因(hypoxia responsivegenes,HRG)具有调控作用,如促红细胞生成素(EPO)、糖酵解代谢酶、血管内皮生长因子(VEGF)、葡萄糖转移子(Glut)等。这些基因序列有共同特点,