苏云金芽胞杆菌代谢网络的重构与结构分析

代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象.本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参照Ma和zeng所建立的数据库对所得的列表进行必要的修正.然后,用节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,即用代谢物图来表示所得的代谢网络,该网络包含了830个节点,1132条连线.随后,基于代谢网络的蝴蝶结结构对该网络进行模块划分并提取了网络的最重要组成部分:巨强连通体.最后,分析了巨强连通体及其10个关键节点的生物学功能意义.     

盐桥与全基因组微生物耐热性的关系研究

挑选了NCBI COG数据库中具有全基因组的单细胞微生物,选择其中三维结构已知的蛋白质作为研究对象,研究了盐桥数目和类型对古细菌和细菌类蛋白质耐热性的影响作用。结果表明:无论古细菌还是细菌类蛋白质,总盐桥含量和盐桥网络都随耐热性的提高而增加;古细菌类超高温蛋白质形成盐桥时对Asp的利用率比较高;细菌类耐热蛋白质形成盐桥时尽量利用带正电荷的Lys和带负电荷的Glu,而常温蛋白质尽量利用带正电荷的His和带负电荷的Asp;由于耐热蛋白质对带电荷氨基酸的利用率高,即使细菌类耐热蛋白质和常温蛋白质含有等量的带电荷氨基酸,其稳定性也会提高。