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对蕙兰TUB基因片段进行克隆与序列分析,为蕙兰内参基因的筛选和研究其生理功能提供研究基础。根据NCBI已经公布的TUB基因的同源核苷酸保守序列,进行简并引物设计,利用RT-PCR的方法,以蕙兰花蕾期的花葶为材料,克隆了5条TUB基因片段。序列分析结果表明,5条TUB基因片段长度均为1055bp,编码351个氨基酸,具有2个TUB基因标记位点:Tubulin-betamRNAautoregulationsignal:MREI和Tubulinsubunitsalpha,beta,andgammasignature(GGGTGSG)特征信号序列。各片段之间同源性高达91.72%,经BLAST分析,与小麦的TUB1同源性可达85%。利用DNAMAN等生物软件推断的氨基酸,与毛果杨、蓖麻、葡萄同源性达97%。研究中得到的5个基因序列是TUB基因的同源片段,分别命名为CfTUB1、CfTUB2、CfTUB3、CfTUB4和CfTUB5,并在GenBank注册,登录号分为JN177713、JN177714、JN177715、JN177716和JN177717。 相似文献
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持家基因Actin常被用作定量、半定量PCR试验的内参.为研究其他基因的调控机制或外源基因在蕙兰中的相对表达提供内参,根据GenBank已经登录的肌动蛋白(Actin)基因的同源核苷酸保守序列,设计简并引物,利用RT-PCR的方法,以蕙兰花蕾期的花葶为材料,克隆了4个Actin基因片段.序列分析结果表明,4个Actin基因片段长度均为1 062 bp,编码354个氨基酸,具有Actin基因的标记位点:肌动蛋白(YVGDEAQs.KRG和WISKaEYDE)和肌动蛋白类似物(LLTEApLNPkaNR).各片段之间同源性高达95.97%,经BLAST分析,与文心兰同源性可达94%.其氨基酸序列与萼脊兰(AED94091.1)和蝴蝶兰(AAF71265.1)同源性达99%.得到的4个基因序列是Actin基因的同源片段,分别命名为CfACT1、CfACT2、CfACT3和CfACT5,并在GenBank注册,登录号分别为JN177718、JN177719、JN177720和JN177721. 相似文献
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为了初步探究蕙兰磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins, PEBP)基因的特征与功能,以蕙兰花蕾期叶片为材料,利用反转录PCR(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆基因,使用在线生物信息学工具进行蛋白结构与功能预测,通过R语言和3个在线软件(CodonW、CHIPS和CUSP)分析该基因的密码子偏好性。结果表明,克隆得到的蕙兰PEBP基因包含531 bp长度的开放阅读框(ORF),对应编码氨基酸176个。该基因命名为CfPEBP(登录号MT795710)。生物信息学分析表明,CfPEBP分子式为C882H1366N254O260S5,分子量为19 848.39 u;等电点为 6.42;具有15个磷酸化位点。CfPEBP蛋白无信号肽结构域,具有PEBP功能域。进化树分析结果表明,CfPEBP蛋白与春兰FT进化距离最近,同源性为100%。分析显示,CfPEBP的密码子偏好性表现较弱;依据同义密码子相对使用度(RSCU)分析较强偏性密码子有GGC、AGA、AGU、AAG、CCA、CUC(RSCU≥2.00)。18个物种PEBP基因RSCU值分析表明,蕙兰HQ164434、文心兰KJ909968、文心兰EU583502、石斛MF063061、香蕉KF853468、牵牛AB154823的密码偏好性较强,均有25个以上RSCU值>1. 00的密码子。PEBP家族基因对于GGC、AGG、AGA、AGC、AGU、UGC、GAG、AAG、UAC、GCC、CCA、CUC的偏好性超过其他密码子。CfPEBP基因在蕙兰盛花期叶中相对表达量最高,花蕾期花蕾和盛花期花葶中表达量次之,其他组织几乎不表达。本研究为蕙兰PEBP家族基因功能的进一步研究提供了基础。 相似文献
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采用Trizol法提取文心兰花期花葶总RNA,并运用RT-PCR方法克隆了文心兰GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)基因的2个部分序列,长度均为875 bp,编码291个氨基酸残基.序列分析结果表明,与其它已登录物种的GAPDH基因相比,其核苷酸序列的同源性均在79%以上,与蕙兰(JN177724.1)同源性高达到92%,氨基酸序列的同源性也在85%以上;且与单子叶植物的同源序列表现出较高的相似性.本研究已克隆出文心兰GAPDH基因的部分cDNA同源序列片段,分别命名为OnGA1和OnGA2,并在GenBank注册,登录号分别为JN981141和JN981142. 相似文献
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