并应用于个体识别

 为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。     

筛选普氏原羚粪便DNA中微卫星引物 并应用于个体识别

为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。     

并应用于个体识别

 为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。     

四种拮抗细菌对水稻纹枯病菌的抑制因子

用菌丝体生长抑制法检验了 4种拮抗细菌S 1 1、S 1 3、S 1 4和S 1 8的不同细胞组分对水稻纹枯病菌的抑菌作用。初步结果表明 :菌株S 1 8对水稻纹枯病菌起抑制作用的物质主要是脂多糖 (LPS) ;菌株S 1 1对水稻纹枯病菌起抑制作用的物质主要是胞外蛋白。而S 1 3和S 1 4的抑菌成分尚未明了     

筛选普氏原羚粪便DNA中微卫星引物并应用于个体识别

为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物.通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物.结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点.通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71～0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79～0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等住基因数介于3.40～6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析.因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别.发现这39个粪便样品来自35个不同的个体.     

枯草芽孢杆菌M-23对柑橘砂皮病防效及 柑橘叶际细菌群落多样性的影响

[目的]明确柑橘砂皮病不同发病等级及喷施生防菌枯草芽孢杆菌M-23后柑橘叶际细菌群落结构的变化,揭示生防菌防治柑橘砂皮病的叶际微生物学机制,为进一步研究柑橘砂皮病的生物防治提供理论基础.[方法]试验设对照区和喷施生防菌区2个区域,喷施生防菌区分别在2019年3月中旬柑橘春梢长2~3 cm、4月中旬、谢花2/3、果实蚕豆大小和果实乒乓球大小时喷施M-23菌株发酵液,喷药液量3 L/株;同时对照区喷施等量的灭菌NB液体培养基,在最后一次喷施生防菌15 d后进行防效调查.采集喷施生防菌区柑橘叶片(R4处理,病情等级0级)和未喷施生防菌区不同发病等级的柑橘叶片(R1、R2和R3处理,病情等级分别为0、5和9级),使用FastDNA?Spin Kit for Soil试剂盒提取柑橘叶片叶际微生物总DNA,通过Illumina MiseqTM高通量平台测序分析微生物群落多样性.[结果]生防菌M-23对柑橘砂皮病的防治效果达74.02%.高通量测序共获得571091条序列,单一样品序列数17833~96147条,在97%的相似水平下进行生物信息统计分析聚类后获得2932个OTUs.4个处理的OTUs数量分别为1944、1545、1205和607个,表现为R1>R2>R3>R4.在门水平的组成上主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bac-teroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、装甲菌门(Armatimonade-tes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)组成.变形菌门是优势菌门,在R1、R2、R3和R4处理中的相对丰度分别为81.84%、87.93%、86.80%和68.82%.对照区的叶际微生物多样性与发病等级成反比;喷施生防菌后柑橘叶片叶际细菌群落多样性降低,在属水平上芽孢杆菌属(Bacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度得到明显增加,芽孢杆菌属的相对丰度达33.41%.[结论]喷施生防菌M-23能有效防治柑橘砂皮病.M-23菌株能在柑橘叶片上定殖和增殖,改善叶际细菌群落结构,提升有益菌的比例,使病情指数降低,具有一定的应用潜力.     

柑橘黄龙病菌分泌蛋白04580基因的克隆及原核表达

为进一步了解柑橘黄龙病菌亚洲种CLas的致病机理,从Prasad预测的166种分泌蛋白中选取1个在柑橘植株中表达量较高的CLIBASIA–04580基因进行研究。提取感染柑橘黄龙病的柑橘叶片总DNA,经 PCR扩增得到 CLIBASIA–04580基因,切胶回收PCR产物,双酶切连接到pET–28α载体上,使用菌落PCR和限制性内切酶双酶切鉴定筛选阳性克隆;转化大肠杆菌 BL21(DE3),用0.5、1.0、1.5、2.0 mmol/L的异丙基硫代半乳糖苷(IPTG) 诱导重组蛋白表达融合组氨酸标签的CLIBASIA–04580重组蛋白,聚丙烯酰氨凝胶电泳(SDS–PAGE)检测重组蛋白的表达水平,再用蛋白纯化镍柱进行纯化。结果表明,携带组氨酸标签的CLIBASIA–04580重组蛋白得到表达,且异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)浓度为1.5 mmol/L时相对表达量达到峰值,通过SDS–PAGE凝胶分析,与未经过镍柱纯化的蛋白原液比较,可知纯化了CLIBASIA–04580重组蛋白。     

施钙对酸性红壤花生根系内生细菌群落结构的影响

花生是我国重要的油料作物,也是嗜钙作物。为了探讨施钙对种植在酸性红壤下的花生根系内生细菌多样性的影响,本研究对不同处理、不同生育期的花生植株根系内生细菌基因组进行16SrRNA基因V3–V4区深度测序,分析种植于酸性红壤中施钙处理和对照下花生植株根系微生物群落结构。结果发现,根系内生菌群落中克雷伯氏菌属(Klebsiella)与肠杆菌属(Enterobacter)在所有样品组中均为优势属且相对丰度较高;花针期不同处理下假单胞菌属(Pseudomonas)与赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)在施钙组中相对丰度显著高于对照组,而劳尔氏属(Ralstonia)的相对丰度在施钙组中显著降低;Network共发生网络分析显示,施钙组根系内生菌的网络连接相对紧密。综上结果表明,花生根系内生菌群落组成受施钙处理和植株生长发育共同影响,施钙能改变根系内生菌群落结构,提高花生植株应对病原菌侵袭。所得结果为今后通过施钙改良酸性土壤品质进而提高花生植株抗病能力提供了理论参考。     

普氏原羚粪便DNA提取方法的改进与比较

为提高普氏原羚粪便DNA提取效果,在总结传统提取粪便DNA方法的基础上,设计了新的提取方法.该方法以NaCl替代TE溶解粪便样品.增加溶茵酶用量以减少蛋白酶K用量.经琼脂糖凝肢电泳和PCR扩增12SrRNA片段对改进方法与传统提取粪便DNA方法进行比较,发现用改进方法提取的DNA质和量均比传统方法好,且可满足一般分子生物学实验的需要.扩增的普氏原羚12SrRNA片段已经测序.并递交GenBank,登录号为EU247756.新方法不仅克服了传统提取法中DNA降解严重的问题.而且有效地解除了粪便DNA对Taq酶的抑制作用.为普氏原羚遗传多样性保护提供技术支持.     

粪便DNA中筛选普氏原羚微卫星引物并应用于个体识别

为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品——粪便作为研究材料,应用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物对普氏原羚的基因组DNA进行PCR扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果发现,有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。各位点基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78,有效等位基因数介于 3.40~6.59,平均有效等位基因为5.98,同时利用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,结果发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。