陆地棉转录因子Gh WRKY70的克隆及表达分析

【目的】棉花是一种重要的经济作物,雄性不育材料的创造和不育相关基因的挖掘一直是棉花育种工作的热点,Gh WRKY70基因的克隆和表达分析为该基因功能的研究奠定了基础。【方法】根据转录组测序结果,利用Primer 5设计GhWRKY70转录因子全长引物,q-PCR验证Gh WRKY70基因在不育和可育花药中的表达差异。【结果】克隆到Gh WRKY70基因全长为918 bp,定名为Gh WRKY70,Gene Bank号为MF278614。该基因编码的蛋白包含1个典型的WRKY结构域,每个WRKY结构域的C端含有1个C2HC类型的锌指蛋白结构。【结论】同源性分析表明,Gh WRKY70属于III类WRKY蛋白,与亚洲棉和可可的WRKY70的亲缘关系最近。转录因子GhWRKY70在洞A不育花药和可育花药中差异表达,表明该基因可能与雄性不育相关。     

基于棉花转录组测序的SSR分子标记的开发

通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes,利用MISA软件进行搜索,得出简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)的分布情况,共挖掘检索得到1 886个SSR位点,SSR的出现频率为3.27%。所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上,发生频率为3.05%,平均每20.8 kb会出现1个SSR位点。有117条Unigenes含有1个以上SSR位点,含有复合型SSR的Unigenes数目为56条,其中三核苷酸基元类型分布最多,SSR数量为1 582个,占挖掘出总SSR数量的83.88%,而单、二、四、五、六核苷酸重复类型所占的比例较小。最后通过Primer 3程序进行SSR引物设计,得到部分引物序列,可用于棉花遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及种质资源的保存等。