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【目的】基因拷贝数变异是一种常见又重要的基因结构变异,往往影响个体表型。低分子量麦谷蛋白(low-molecular-weight glutenin subunit,LMW-GS)是小麦贮藏蛋白的主要组成部分,位于Glu-3位点。小麦作为异源六倍体,其庞大且复杂的基因组结构导致难以利用传统方法检测目的基因的拷贝数,针对小麦基因组,筛选可靠稳定的内参基因和体系,探索适合复杂基因组的拷贝数变异测定技术,测定Glu-3位点LWM-GS基因拷贝数。【方法】以Acc1为内参基因,根据基因序列设计内参引物和探针,通过定性和定量PCR测定内参基因在12个普通小麦品种中的拷贝数,分析该基因拷贝数在不同品种间的稳定性;又以小麦品种篙优2018的5个稀释浓度的基因组DNA为模板,利用qRT-PCR验证Acc1内参系统的重复性和准确性;根据Glu-A3位点LMW-GS基因序列设计特异性引物及探针,利用qRT-PCR和ddPCR 2种方法检测8个小麦品种Glu-A3位点基因拷贝数,比较后选择更优的高通量基因拷贝数检测方法;再根据Glu-B3和Glu-D3位点LMW-GS基因序列设计相应的特异性引物及探针,并利用ddPCR技术检测和分析了231份小麦品种的Glu-A3、Glu-B3和Glu-D3位点上LMW-GS基因拷贝数。【结果】Acc1在12个普通小麦品种间、同一品种5个DNA稀释浓度间的拷贝数测定结果一致,技术重复间的变异系数仅为0.07%—0.77%,所构建的Acc1内参系统稳定;比较qRT-PCR和ddPCR 2种拷贝数检测方法,8个品种所测的Glu-A3位点拷贝数结果一致,分别为3、5、3、4、3、3、3和3;且ddPCR检测重复间的变异系数为0.30%—1.67%,远低于qRT-PCR的3.14%—12.72%,更加可靠;利用ddPCR对231份普通小麦品种的Glu-A3、Glu-B3和Glu-D3位点上LMW-GS基因拷贝检测后分析发现,大多数小麦品种在3个位点上的拷贝数为4,所占频率分别为51.95%、32.03%和28.57%,Glu-3位点总拷贝数变异范围为10—21,变异系数为16.12%。【结论】Acc1内参系统具有良好的稳定性和重复性,可以用作小麦Glu-3位点和其他目的基因拷贝数检测的内参;qRT-PCR和ddPCR均可用于小麦基因拷贝数的检测,但后者更稳定、可靠,且操作简单、检测通量高。 相似文献
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为探讨不同乳酸菌互作对苜蓿(Medicago sativa)青贮细菌群落结构的影响,以2种植物乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌及凝结芽孢杆菌形成的6种乳酸菌组合按1.5 mL·kg-1的添加量制作苜蓿青贮,以等量蒸馏水替代添加剂作为对照,45 d后运用高通量测序分析细菌群落结构。结果表明,各苜蓿青贮的优势乳酸菌群均为厚壁菌门(Firmicates)的乳杆菌属(Lactobacillus)和片球菌属(Pediococcus),二者相对丰度之和为65.4%~79.0%,其中含植物乳杆菌处理高于对照和含凝结芽孢杆菌处理;与对照相比,乳酸菌组合处理提高了菌群Chao1和ACE指数但降低了Simpson和Shannon指数;6个乳酸菌组合处理中,含凝结芽孢杆菌处理组与对照相似性较高,对苜蓿青贮细菌群落影响较小;相关分析表明,苜蓿青贮菌群结构和多样性可较好地解释其营养品质的变化。综上,乳酸菌组合在一定程度上改善了苜蓿青贮的细菌群落结构,其中含植物乳杆菌的组合效果较好。 相似文献
6.
自CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9)基因
组编辑技术发现以来,迅速在作物中得到广泛应用。但是,CRISPR/Cas9多基因编辑系统在大豆中的研究尚待开
发。本文利用CRISPR/Cas9介导的多基因编辑系统,分别构建了两个载体,一个载体含6个靶点,编辑7个大豆基因
(4个Glycine max ASYMMETRIC LEAVES1(GmAS1)同源基因和3个GmAS2 同源基因),另一个载体含8个靶点,编辑
11个G. max AGAMOUS 家族同源基因(4个GmAG 同源基因,2个G. max SEEDSTICK(GmSTK)同源基因和5个G. max
SHATTERPROOF1(GmSHP1/2)同源基因)。大豆遗传转化后,经表型鉴定和靶点检测发现,CRISPR/Cas9介导的多
基因编辑系统在大豆中成功实现了多基因编辑。当3个GmAS1 同源基因和3个GmAS2 同源基因同时突变时,导致
大豆叶片向远轴面弯曲、皱缩且叶柄变短的表型。当2个GmSHP1 同源基因和2个GmSTK 同源基因同时突变时,导
致豆荚停止发育的不育表型。 相似文献
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以松材线虫Bursaphelenchus xylophilus转录本为模板,通过RT-PCR技术克隆果胶酶Bxpel1基因。结果表明,松材线虫果胶酶Bxpel1基因序列全长为795bp,GC含量为50.44%,编码252个氨基酸。通过Blast比对克隆的Bxpel1基因与已知序列(Gen-Bank ID:AB232908.1)的同源性达到98%。系统进化分析表明,Bxpel1基因编码产物的氨基酸序列与拟松材线虫Bursaphelenchus mucronatus,燕麦真滑刃线虫Aphelenchus avenae的Bxpel1蛋白序列具有高度同源性。Bxpel1基因编码的产物的0~25序列有可能是跨膜结构域,而其他序列均位于膜外,其二级结构主要是以无规则卷曲和β-折叠为主,信号肽的剪切位点位于第17至第18位氨基酸之间,主要在细胞外发挥生物学作用。Bxpel1基因的克隆及其生物信息学分析对进一步研究Bxpel1基因在松材线虫致病过程中的功能具有重要意义。 相似文献
10.
在大棚蔬菜实际种植的过程中,需合理使用先进的种植技术方式,在生产技术的支持下,利用各类资源,科学开展栽培工作。细化管理工作内容、减少种植投资风险问题,在提升蔬菜产量与质量的情况下,提升技术水平与经济效益,确保满足当前的大棚蔬菜种植发展需求,为其后续发展夯实基础。 相似文献