稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析*

 利用信号肽分析软件SignalP v3.0,亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1.01,GPI-锚定位点软件big-PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2.0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为78bp,最大值为7849bp,平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15～45个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述,主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类,提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。     

稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析

利用信号肽分析软件SignalP v3．0，亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1．01，GPI-锚定位点软件big—PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2．0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框（ORF）最小值为78bp，最大值为7849bp，平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15—45个氨基酸之间，平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述，主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类，提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。     

轿子山急尖长苞冷杉叶片和气孔特征随海拔梯度变化研究

海拔梯度变化在很小的地理范围内会引起多种环境因子的变化,研究植物性状随海拔梯度的变异特征,对于理解植物对环境适应策略具有重要意义。在云南轿子山国家级自然保护区12个不同海拔(3 510、3 550、3 610、3 660、3 700、3 760、3 790、3 840、3 900、3 960、4 000、4 060 m)样地内观测急尖长苞冷杉的叶片基本特征和气孔特征。结果表明:随海拔的升高,急尖长苞冷杉叶片大小呈双峰型变化,在海拔3 610 m处及4 000 m处存在2个峰值,而叶片厚度无显著变化,气孔密度及大小与海拔存在极小的负相关;综合叶片及气孔特征,海拔变化对急尖长苞冷杉的叶片性状有明显影响,海拔3 610 m为急尖长苞冷杉的最适生长区域;随海拔升高,环境因子逐渐恶劣,逐渐不适应急尖长苞冷杉生长。     

云南蓝莓叶斑病的病原菌鉴定

<正>蓝莓(Vaccinium spp.)属于杜鹃花科(Ericaceae)越橘属(Vaccinium)多年生小浆果类果树,广泛应用于医药、保健、化妆品和环境保护等领域,联合国粮农组织将其果实列为世界五大健康食品之一。我国已有10多个省份开始大面积的蓝莓商业化栽培[1],这也是南方酸性土丘陵地区值得发展的经济作物。随着栽培面积的不断扩大,蓝莓病害日趋突出,严重影响和制约蓝莓产业的发展。     

稻瘟病菌ABC转运蛋白基因中 SSR的分布及其功能预测

 ABC转运蛋白在真菌的致病性方面起着重要的作用。本研究查找和分析了稻瘟病菌基因组中47个ABC转运蛋白基因的外显子区、内含子区、5′-UTR和3′-UTR区中的SSR,并对编码区中SSR的扩张或收缩对蛋白结构的影响进行了预测。结果表明,SSR在这些基因的调控区和编码区分布不均一,且在基因的外显子区、内含子区、5′-UTR和3′-UTR区中SSR的组成和分布均不相同;基因的编码区中三碱基和六碱基SSR相对较多,SSR的基序大都表现为GC含量较高,编码的亲水性氨基酸出现频率远远高于疏水性氨基酸。根据稻瘟病菌自然群体中SSR的变化幅度,预测了SSR的扩张或收缩对蛋白二级结构的影响,发现SSR的扩张或收缩都可能对蛋白的结构产生影响。暗示着SSR的变异在致病相关基因的变异中可能扮演着重要角色。     

24个水稻抗稻瘟病单基因鉴别品系悬浮细胞系的建立

以IRRI-Japan24个水稻抗稻瘟病单基因鉴别品系和对照普感品种丽江新团黑谷（LTH）的成熟种胚为材料诱导愈伤组织,诱导过程中发现不同基因型愈伤组织诱导能力差异极大,愈伤组织诱导率在14．3％-97．1％,将2,4-D浓度从3．0mg／L提高到5．0mg／L时,可提高愈伤组织诱导率。经诱导成功的水稻愈伤组织继代培养一段时间后,不同基因型的愈伤组织继代特性出现明显差异,选取生长状态良好的单株系愈伤组织建立了水稻悬浮细胞系。悬浮培养过程中对胚性悬浮系的细胞形态变化进行了观察。发现细胞的形状由开始的不规则、长条形逐渐转交成近椭圆形、椭圆形;细胞质由很淡、透明、具明显的大液泡逐渐转变成浓厚、不透明、较小的液泡。大多数品系的单细胞率由30％-40％提高到60％～90％。本研究通过努力,建立了14种单基因型水稻材料的稳定悬浮细胞系,构建过程中发现基因型、继代培养特性、愈伤组织类型选择是影响胚性悬浮细胞系建立的重要因素。该悬浮细胞系的建立为进一步研究稻瘟菌分泌蛋白与水稻细胞互作的生化机理奠定基础。     

氮胁迫条件下稻瘟病菌分泌蛋白致病性分析

 以CH-63和TH-162个致病性差异的稻瘟病菌株为材料,在缺氮培养条件下进行液体培养。经培养2 d后,采用铵盐沉淀及透析纯化处理获得稻瘟病菌培养滤液中的分泌蛋白。分别采用致伤接种及浸泡处理对该蛋白作用水稻植株后的病理反应进行系统研究,结果表明经致伤接种的水稻叶片及茎杆接种斑处出现明显的坏死病斑,其病斑直径是对照的2~4倍。浸泡处理的水稻幼根出现严重褐化,植株生长矮小,株高仅为对照的1/2。对上述稻瘟病菌株分泌蛋白进行酶解处理后病症消失或减弱,进一步确证其为引起上述病理反应的主要因子。将该分泌蛋白接种24个水稻单基因系,接种后72 h根据病斑长度将24个IRRI水稻单基因系按抗、中、感病性状分组。对稻瘟病菌菌株CH-63和TH-16的缺氮分泌蛋白致病力强弱差异与菌丝块接种结果进行比较,结果表明CH-63致病力强于TH-16。     

波叶海菜花不同居群叶面积指数的变化及分析

以云南省和四川省交界的泸沽湖生长的波叶海菜花为研究对象,于2012年9月至2013年3月分别利用等级法结合杭州万深LA-S叶面积指数分析系统和等级法结合量测法,对不同居群的波叶海菜花的叶面积进行了测定,并计算出叶面积指数,用SPSS 13.0分析和处理试验数据,研究了不同海菜花居群叶面积指数的标准误差、标准差、方差和变异系数等。结果表明:所测叶面积指数(LAI)具有中等变异性,不同居群的波叶海菜花的叶面积指数不同,分别为落水村(2.66)三家村(2.42)山垮村(2.12)木垮村(1.83)里格村(1.17)。该研究有助于对水生植物测量叶面积指数的方法选择提供参考。     

万寿菊-烟草套作体系中不同生长期烟草根际土壤微生物多样性研究

【目的】为揭示万寿菊与烟草套作体系中不同生长期烟草根际微生物多样性。【方法】采用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定烟草团棵期、旺长期、现蕾期和成熟期根际土样的16S-V4区及ITS1区序列。利用Flash软件拼接、Qiime软件过滤原始序列,整理各样品有效序列和分类操作单元,对物种多样性进行分析。【结果】本研究得到260 578条细菌序列,划分为14 360个OTUs;得到189 716条真菌序列,划分为3288个OTUs。现蕾期细菌香农指数最大,且套作处理香农指数高于单作,说明现蕾期细菌种类最丰富,套作可提高细菌多样性;对于真菌而言,套作处理香农指数呈现先升高后降低最终又升高的趋势,与单作变化趋势相同,并且在成熟期达到最大值,说明套作可增加成熟期的真菌种类多样性。【结论】套作降低了旺长期食碱菌属(Alcanivorax)和海杆菌属(Marinobacter)的丰度,且增加了团棵期锥盖伞属(Conocybe)的丰度,降低了成熟期Microidium属的丰度,改变了不同生长期的真菌群落组成结构。