上饶早梨‘六月雪’和‘黄皮消’全基因组重测序分析

以上饶早梨Pyrus pyrifolia 2个品种‘六月雪’‘Liuyuexue’和‘黄皮消’‘Huangpixiao’试管苗为材料,进行全基因组重测序分析。结果表明:2个样本的总单核苷酸多态位点（SNP）数量分别为6 171 357和6 140 603个,编码区内无义突变位点（nsSNP）分别为335 659和332 280个。对nsSNP的常见变异（common variant,CV）分析发现,共有2 282个nsSNP关联了2 067个基因。2个样本的总插入缺失位点（INDEL）分别为800 388和799 603个,其中15 509和15 274个位于编码区,共5 115个差异INDEL关联到了3 682个基因,烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus）耐药蛋白N,抗病蛋白等关键基因发生变异。差异nsSNP和差异INDEL富集得到的基因本体术语（GO terms）一致。本实验结果可为上饶早梨2个品种‘六月雪’和‘黄皮消’SNP和INDEL相关标记的开发、优异基因的挖掘提供参考。     

高海拔生境下怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯块茎的转录组分析

为探究高海拔生境下怀玉山高山马铃薯的适应机制,本研究以怀玉山高山马铃薯(麻籽洋芋)和怀玉山本土农家薯的采后块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明,怀玉山高山马铃薯上调的差异基因956个,下调的差异基因2 262个,总数为3 218个;怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯与叶绿素结合、光系统Ⅰ、光合作用和光捕获、光系统Ⅱ、血红素结合、氧化还原酶活性等光合系统相关的GO term富集显著;怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯与光合作用-天线蛋白、丙烷合成、光合作用、苯丙氨酸代谢等Pathway也富集显著,说明怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯在怀玉山高海拔生境下主要是涉及到光合作用基因的差异表达。本研究结果为怀玉山高山马铃薯适应高海拔生境相关基因的挖掘与应用提供了一定的理论参考。