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山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 相似文献
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啤酒花矮化类病毒重组突变体（HSVd D 15）是世界上报道过的仅有的一个啤酒花矮化类病毒（HSVd）分子内重组突变体。为研究其生物学活性,本文分别构建了含有HSVd和HSVd D 15 cDNA加倍串联序列的重组质粒,并对其在指示植株四叶黄瓜上的侵染活性进行了检测。结果表明：仅在接种含有HSVd cDNA多倍串联序列重组质粒的黄瓜上检测到HSVd的侵染,在同样条件下接种了含有HSVd D 15 cDNA两倍串联序列重组质粒的黄瓜上未检测到子代类病毒。HSVd D 15的生物学活性还需通过改进接种方法或将其接种无毒的自然寄主李树苗木来进一步研究。 相似文献
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