猪轮状病毒GZAS2020株与NX株VP7蛋白的结构预测和抗原表位分析

为了解猪轮状病毒（PoRV）VP7蛋白的生物信息学信息,运用Expasy-ProParam、YinOYang-1.2、TMHMM-2.0、ABCpred和IEDB等软件,预测分析PoRV临床分离株GZAS2020和疫苗株NX VP7蛋白的基本理化性质、结构功能和B细胞抗原表位差异。结果显示：两种VP7蛋白均属于稳定蛋白、亲水性蛋白、跨膜蛋白和非分泌性蛋白;分离株与疫苗株的O糖基化位点数分别为55和62,N糖基化位点数均为1,磷酸化位点数分别为29和30;亚细胞定位均位于质膜,均以α-螺旋和无规则卷曲为主要结构,延伸和β-转角贯穿其中;GZAS2020株的B细胞抗原表位位于67~72 aa（PYANSTT）、97~100 aa（KWTE）、176~179 aa（QQTD）、276~283 aa（TTAPQTER）,NX株位于96~99 aa（TKWK）、176~182 aa（QQTDEAN）、274~279 aa（DPTTTP）、310~317 aa（MSKRSRSL）,两者在97~100、176~179、276~279 aa处存在相同的B细胞抗原表位,但GZAS2020株在无规则卷曲位置（67~72 aa）存在独特的B细胞抗原表位。以上结果说明,疫苗株NX与贵州省流行株GZAS2020在主要抗原蛋白上存在差异。     

猪伪狂犬病病毒GZYY2015变异株的分离鉴定

本试验旨在从贵州省贵阳市云岩区某养猪场送检的经检测为猪伪狂犬病（PR）的样品中分离猪伪狂犬病病毒（PRV）。用细胞接毒试验、理化试验和透射电镜观察等方法分离、鉴定病原,测定病原的毒价后进行动物试验和gD、gE基因序列比对分析。结果显示,细胞接毒试验成功分离能致Vero细胞产生典型病变的PRV。理化试验表明,该分离毒株对5-碘脱氧尿核苷（idoxuridine,IUDR）和有机溶剂氯仿敏感,不耐酸和热。在透射电镜下可见近圆形、有囊膜、150~160 nm大小的成熟病毒粒子,在胞核中可见衣壳呈晶格状排列的病毒包涵体,有实心和空心2种形态;动物试验表明,该毒株对兔具有较强的致病性,可导致接种部位奇痒;核酸鉴定结果表明,扩增获得的PRV gD基因开放阅读框（ORF）为1 209 bp,gE基因ORF为1 740 bp。GenBank比对结果显示,gD基因与PRV JS 2012株（登录号：KP257591）、PRV HNB株（登录号：KM189914.3）核苷酸序列相似性均为99.8%,与疫苗株Bartha-K61（登录号：JF797217.1）相似性为98.7%;gE基因与PRV JS2012株（登录号：KP257591）、PRV HNB株（登录号：KM189914.3）和PRV Qihe547（登录号：KU056477）核苷酸序列相似性均为99.9%。基于gD、gE基因推导的氨基酸序列的遗传进化分析发现,gD、gE基因与国内变异株均位于同一进化分支,对gE基因的遗传变异性分析结果表明,该分离毒株符合PRV变异株的变异模式。本试验结果表明,成功分离PRV变异株,可为贵州省PRV的流行病学遗传进化分析及免疫防控等提供参考。     

猪A群轮状病毒GZAS2020株与NX疫苗株的差异性分析

为比较实验室分离保存的猪轮状病毒田间株(GZAS2020株)与猪三联腹泻活疫苗NX株的差异，参照已发表的A群猪轮状病毒VP4、VP6、VP7序列设计合成3对扩增全基因的通用引物，分别克隆测序GZAS2020株和NX株的VP4、VP6、VP7全基因。采用DNAStar对GZAS2020株和NX株VP4、VP6、VP7这3个主要基因进行核苷酸、氨基酸同源性分析以及遗传进化树构建，结果显示，GZAS2020株与NX株VP4、VP6、VP7基因核苷酸同源性分别为75.2%、90.0%和79.4%,氨基酸同源性分别为78.5%、74.1%和82.4%,根据G/P分类命名法，GZAS2020株属于G5P[13]。与NX疫苗毒株相比，GZAS2020株的VP4基因在359、360、750 bp处存在C、A、C碱基的缺失，在347、348、570、571、572、579、580、581、757 bp处分别插入了C、C、C、A、A、G、G、G、C碱基；VP6基因不存在插入和缺失；VP7基因在258、1 029 bp处分别存在T、A碱基的插入，266 bp处存在1个C碱基的缺失。结果表明，GZAS2020...