畜禽脂肪沉积相关的lncRNA研究进展

长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)是一种转录本长度大于200 nt的非编码RNA分子,可在转录水平、转录后水平及表观遗传水平调控基因表达。lncRNA功能复杂,其作用范围几乎涉及整个生命活动的范围,在动物遗传育种与繁殖领域的相关研究逐渐成为热点。脂肪作为肉质性状的关键指标,选择性脂肪沉积具有重要意义。本文从lncRNA与畜禽脂肪沉积之间的关系进行综述,以期为后续深入开展lncRNA与脂肪沉积的研究提供参考。     

撒坝猪SPDEF基因克隆及其生物信息学分析

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。     

撒坝猪AIDA基因编码区克隆、序列特征分析及组织表达量检测

对不同猪的AIDA基因编码区进行扩增、测序、拼接,采用生物信息学方法对撒坝猪AIDA编码蛋白进行功能和性质分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪不同组织中的表达水平。PCR扩增测序表明:该基因在撒坝猪的编码区序列没有发生错义突变,序列长921 bp,编码306个氨基酸。AIDA蛋白属于亲水蛋白,没有跨膜结构和信号肽,含有两个卷曲螺旋结构,有1个糖基化位点和29个磷酸化位点,无CpG island;二级结构是以无规卷曲为主的混合型蛋白;AIDA基因在大白猪的背最长肌和背脂中表达量要高于撒坝猪,而撒坝猪AIDA基因在胰脏中的表达量最高,其他组织中的表达量依次为脾脏、背脂、肾脏、肺、大脑、肝脏、心脏和背最长肌。     

撒坝猪MCUR1基因克隆、生物信息学分析及其组织表达量检测

本研究克隆了撒坝猪MCUR1基因,对其进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪、大白猪不同组织中的表达水平。根据GenBank上公布的猪的MCUR1基因序列(登录号:XM_003128183.4)设计引物,通过PCR扩增及测序获得撒坝猪MCUR1基因CDS序列,该序列全长1 095 bp,编码364个氨基酸;MCUR1蛋白的分子式C₁₇₈₇H₂₉₄₉N₅₃₃O₅₀₃S₁₄,相对分子质量40.398 ku,理论等电点(pI)10.27,不稳定系数55.70,脂肪指数95.99,平均亲水性为-0.213,属于亲水蛋白;MCUR1蛋白没有信号肽和跨膜结构,含有2个螺旋卷曲结构,主要在细胞质中发挥生物学功能;含有32个磷酸化位点;含有一个CpG island;二级结构由58.24%的α-螺旋,4.12%的β-转角,30.22%的无规则卷曲,7.42%的延伸链构成;猪MCUR1基因编码区序列与牛、鸡、狗、山羊、人、猴、鼠、绵羊的同源性分别为85.3%、68.0%、83.6%、87.9%、84.4%、80.3%、76.8%、88.2%,与绵羊、山羊、牛的亲缘关系较近,与鸡的关系较远;在肝脏中的表达量最多,肺脏中的表达量最少。在大白猪的背最长肌中MCUR1的表达量高于撒坝猪的背最长肌(P<0.01)。     

益生菌复合发酵料对断奶仔猪消化环境、血清生化指标和代谢激素水平的影响

为了探讨益生菌复合发酵料对断奶仔猪消化环境、血清生化指标和代谢激素水平的影响,选择遗传背景相似、平均体质量为(8.55±0.59)kg的断奶长×大仔猪120头,分为2个处理(对照组和试验组),每个处理6个重复,每个重复10头;对照组饲喂含抗生素的基础日粮,试验组饲喂90%无抗基础日粮+10%益生菌复合发酵料。分别在仔猪28、44和75日龄从每个重复中随机选择2头仔猪采血,进行血清生化和代谢激素指标检测,其中1头屠宰,进行胃肠液pH测定。结果显示:与对照组相比,试验组断奶仔猪胃肠液pH分别下降12.26%和9.11%;在44和75日龄,血清葡萄糖(GLU)浓度分别提高7.63%和3.93%,甘油三酯(TG)浓度分别提高25.71%和27.54%,尿素氮(BUN)浓度分别降低7.15%和5.85%,总蛋白(TP)质量浓度分别提高16.20%和15.91%,球蛋白(GLB)质量浓度分别提高87.40%和51.26%;白/球比(A/G)显著降低;试验组谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)和乳酸脱氢酶(LDH)的活性无显著变化,但AST/ALT的比值降低,并在75日龄达到显著水平;试验组碱性磷酸酶(ALP)活性显著低于对照组;试验组促甲状腺激素(TSH)、甲状腺激素(T4)、三碘甲状腺原氨酸(T3)、胰岛素(INS)和生长激素(GH)的水平变化不显著,但除T4外,其他指标均呈上升趋势。结果表明,添加益生菌复合发酵饲料可以增强断奶仔猪营养素的合成代谢能力,促进营养素在体内的沉积,从而有利于断奶仔猪的生长,提高生产性能和机体免疫力。     

撒坝猪SPDEF基因克隆及其生物信息学分析

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。