香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究

为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。     

可乐猪乳头数性状全基因组关联分析

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个（P<2.06E-5）;染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。     

耐锰细菌鉴定与锰胁迫下的生理响应

为了探究细菌对锰的适应机制,从松桃的锰冶炼区寨英镇采集的土样中分离得到7株耐锰能力达到1 800mg/L的细菌,其中S7和S16两株菌对锰的耐受能力高达2 200 mg/L。形态学、生理生化和16S rDNA基因测序等分析结果表明,这些菌分属于根癌土壤杆菌、沙福芽孢杆菌、根瘤菌属和氧化节杆菌。在锰胁迫条件下,测定菌株S7的生长曲线、超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)、过氧化氢酶(Catalase,CAT)活性和电导率。结果表明:在无锰条件下,细菌的生长速度很快,14~18小时后就进入稳定期,在锰胁迫条件下,菌株的生长速度明显减慢,S7菌株的SOD、CAT酶活性在10~18小时时升高,但电导率变化不大。推测耐锰细菌可能通过上调氧化还原酶的活性适应锰胁迫。这对揭示细菌耐受锰的生理机制和锰污染的微生物修复技术奠定理论基础。     

6个猪品种CD53基因中结构变异SV184分布频率的研究

基于香猪全基因组重测序数据,在白细胞表面抗原CD53基因中筛选到一个结构变异（structure variant,SV）184,为了探索不同猪品种间此结构变异是否存在多态性变化,本试验选择香猪、大白猪、糯谷猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪作为试验动物,采用PCR方法对猪群中SV184的分布频率进行比较研究,应用RT-PCR技术,分析CD53基因的原初转录本序列结构,研究SV184对CD53基因的转录是否有直接影响。结果显示,6个猪品种中SV184的分布频率存在明显差异,香猪以VN基因型为主,其他5个猪品种是NN基因型占优势;计算两种等位基因的频率,香猪以缺失的V等位基因为主,其他5个猪品种以正常的N等位基因为主。选择3种基因型个体的血液样本,逆转录后分析CD53基因的原初转录本的序列,从中检测到缺失型和不缺失的两种转录本形式,提示SV184对CD53基因的转录无直接影响。SV184可作为分子标记用于区分香猪和其他猪品种。