香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定

皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线,在皮肤衰老的过程中,整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活,影响宿主基因的表达,激起细胞对病毒的反应,引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系,选取12～18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析,采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析,筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照,得到上调基因182个,下调基因430个,这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目,以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换,与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集,筛选出高表达的候选基因6个：AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE,采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达,与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明,皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系,本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及...     

贵州地方猪品种毛色与KIT基因拷贝数之间的关联分析

为了研究KIT基因的拷贝数与贵州地方猪毛色之间的关系,本试验以黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、香猪4个地方品种为试验材料,采用实时荧光定量PCR方法检测基因组中KIT基因的拷贝数变异,并与荣昌猪和大白猪2个白毛色猪品种相比较。结果显示,4个贵州地方猪种中,全黑/全棕毛色个体的KIT基因拷贝数以缺失为主,黑色带白斑个体的KIT基因拷贝数全部缺失,而棕色带白个体的KIT基因拷贝数增加、正常各半。大白猪的KIT基因拷贝数显著增加,荣昌猪KIT基因拷贝数以正常类型为主。表明大白猪的白毛色由KIT基因拷贝数增加决定,但荣昌猪的白毛色可能与KIT基因的拷贝数变异之间没有直接的联系;4个贵州地方品猪的全黑/全棕色毛色与KIT基因拷贝数的缺失有关,但柯乐猪和香猪中带白斑个体的KIT基因拷贝数并未增加,提示贵州地方猪品种的白斑毛色的形成机制有一定的特殊性。     

2株气单胞菌属毒死蜱降解菌的分离与鉴定

为治理环境中的农药污染提供依据,从长期施用有机磷农药的土壤中筛选出特殊细菌,采用细菌学、形态学、生理生化及分子系统学进行鉴定,以特异性引物扩增分离菌株的16S rRNA基因,经克隆测序后比对其相似性.结果表明:筛选出的2株菌细菌均为革兰氏阴性菌,均可产生接触酶,有还原硝酸盐的能力,能发酵麦芽糖、并使明胶液化,可在中盐环境中生长,2株菌为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila).经克隆测序后比对,与气单胞菌属相应基因的相似性为99％,对毒死蜱的降解力为21％左右,为中等强度的降解菌.2株嗜水气单胞菌降解毒死蜱的机理可能有一定的特殊性,可作为清除环境中毒死蜱等有机磷农药的候选菌株.     

贵州地方猪品种HSL基因多态性与屠宰性状的关联性研究

本研究旨在分析HSL基因多态性与地方猪品种瘦肉率之间的相关性。采用RFLP方法,以二元杂交猪（长白猪×大约克猪）为对照,对贵州地方猪品种糯谷猪和萝卜猪的HSL基因进行多态性分析。结果表明,贵州地方猪品种HSL基因外显子1中存在BsaH I酶切片段长度多态性,从3个猪群体中都检测到AA、AB和BB基因型,克隆测序后证实,A等位基因于第442 bp处发生了单碱基突变（G→A）,导致氨基酸Val→Ile替换。地方猪品种以A等位基因占优势,杂交猪以B等位基因占优势。将猪胴体性状与HSL基因型之间进行关联分析,结果显示大部分年龄段的猪品种中,BB、AB和AA 3种基因型的瘦肉率和眼肌面积均表现出从高到低的变化趋势,而背膘厚则完全相反。结果提示,HSL外显子1的B等位基因具有增加胴体瘦肉率和眼肌面积、降低背膘厚的遗传效应,可作为贵州地方猪品种瘦肉率的分子标记。     

香猪基因组外显子SNPs检测及繁殖和体型性状候选基因分析

为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。     

应用促卵泡激素基因SINE标记测定大约克猪纯合度

为了使猪种引进有便捷、准确的检测手段,采用聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)方法,检测了120头大约克种猪的纯合度。结果表明:受检母猪FSHβ基因的BB纯合基因型频率为82.5%,AB杂合基因型频率为17.5%,未检测到AA纯合基因型,经计算B等位基因的频率明显高于A等位基因频率。表明,该批次大约克猪存在一定比例的内二元或内三元杂交猪,应加强管理,严格控制再引种的纯度。该检测方法适用于区分国内地方猪品种和欧洲猪品种的纯合度,为引种种猪的纯合度检测提供准确的鉴定手段,有良好的应用前景。     

农田土壤中毒死蜱降解菌的分离与鉴定

为分离出能降解有机磷农药的有效菌株,从长期施用有机磷农药的土壤中筛选出101株菌株,利用紫外分光光度计在293 nm处测定了分离菌株的降解效率,结合形态学和16 S rDNA序列初步分析了随机挑选的10株分离菌株的遗传多样性.结果表明,长期施用农药的土壤中存在大量能够降解毒死蜱农药的微生物,其中以杆状菌居多,共获得68株杆菌.经初步鉴定,10株菌株分别为葡萄球菌属(Staphylococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)和黄杆菌属(Flavobacterium)6个属.首次分离出气单胞菌属的毒死蜱降解菌.     

香猪H-FABP和UCP3基因的表达与IMF和血清FFA的相关性

为了研究心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)和解耦联蛋白3(uncoupling protein,UCP3)基因对贵州香猪肉质的调节作用,采用RT-PCR和免疫组织化学方法,以外二元杂交猪(大白×长白)为对照,研究H-FABP和UCP3基因在骨骼肌细胞中的表达和细胞定位,并与血清中游离脂肪酸(free fatty acid,FFA)和肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量进行相关性研究.结果表明:香猪骨骼肌细胞中的H-FABP和UCP3基因表达量及其蛋白分布较杂交猪低,但血清FFA和IMF含量较杂交猪高.说明,香猪骨骼肌细胞中H-FABP的表达量不足,其肌细胞从血液中摄取FFA的量较少;同时香猪骨骼肌细胞中UCP3的表达量较低,因此,进入骨骼肌细胞的FFA消耗较少,大量存在于血液中,使脂肪沉积在肌肉细胞间或皮下等部位的机会增加.通过相关性分析表明,H-FABP基因的表达变化与IMF呈中度正相关,UCP3基因的表达变化与FFA呈中度负相关,表明,H-FABP和UCP3以蛋白量的表达变化为主影响骨骼肌细胞中的脂肪代谢,并以此调节香猪的肉质性状.