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茶树CHS基因结构及编码区单核苷酸多态性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构。以茶多酚含量差异较大的57份茶树品种为材料,分别以57份材料的cDNA为模板,用特异性引物进行PCR扩增,然后利用PCR产物直接测序法筛查CsCHS编码区序列的单核苷酸多态性。结合CsCHS编码区序列单核苷酸多态性和57份材料多酚含量,利用软件TASSEL进行关联分析,筛选基因中可能与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【结果】试验获得CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的cDNA序列长度分别为1 277、1 320和1 242 bp,各自均包含一个长度为1 170 bp的开放阅读框;CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的gDNA序列长度分别为1 600、1 330和1 607 bp。通过gDNA序列和cDAN序列比对,结合真核生物内含子GT-AG法则,确定CsCHS1、CsCHS3分别包含2个外显子和1个内含子,内含子大小分别为323和356 bp,CsCHS2可能没有内含子。根据CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3 cDNA序列推导三者对应氨基酸序列,比较三条氨基酸序列发现三者氨基酸同源性较高,达到92.6%-95.4%,CHS蛋白亚家族中的特征性保守位点在这三条序列中都能找到,生物信息学分析结果显示CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构高度相似。CsCHS1编码区序列中共发现71个SNP位点,SNP出现频率为1SNP/16.48 bp,无Indel,基因核苷酸多样性(π)值为0.01088;CsCHS2编码区序列中共发现55个SNP位点,SNP出现频率分别为1SNP/21.27 bp,CsCHS2核苷酸多样性(π)值(0.00530)明显低于CsCHS1;因扩增CsCHS3 cDNA序列的PCR反应成功率低,未对该基因遗传多样性进行分析。通过关联分析分别从CsCHS1和CsCHS2中找到2个和4个与茶叶多酚含量相关的SNP位点。【结论】CsCHS1和CsCHS3属于保守型CHS基因,且CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3蛋白质结构高度相似,推测三者可能在茶树的不同部位或不同生长阶段发挥类似作用;CsCHS1和CsCHS2活跃,二者编码区内可能存在突变热点区。 相似文献
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茶树TRAP反应体系的建立及正交设计优化 总被引:3,自引:3,他引:0
TRAP标记技术因操作简单、重复性好、效率高等特点得到广泛应用,但该技术在茶树中的研究报道较少,且茶树TRAP-PCR体系优化尚未见报道。笔者采用正交设计的方法,对茶树TRAP-PCR反应中Mg2+、Taq酶、dNTP、固定引物、随机引物5个因素进行了优化研究,建立了茶树TRAP-PCR最佳反应体系。该20 μL反应体系含有2 μL 10×PCR Buffer (Mg2+ free),50 ng模板DNA,1.75 mmo/L Mg2+,0.50 U Taq酶,0.20 mmol/L dNTP,0.20 mmol/L随机引物和0.20 mmol/L固定引物。根据优化结果,利用最佳反应体系,选用16个茶树品种对TRAP标记多态性进行了初步研究。 相似文献
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为验证40%联苯·噻虫啉SC对茶树小绿叶蝉的防治效果及安全性,为该药剂推广提供依据,在四川省乐山市夹江县开展了田间药效试验。结果表明,40%联苯·噻虫啉SC防治茶树小绿叶蝉,防效随用量的增加而提高,15~20mL/667m~2,药后1d防效为72.6%~80.9%,药后7d防效为84.9%~98.2%,药后14d防效为82.6%~91.3%,在试验剂量范围内对茶树安全。 相似文献
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利用数字基因表达谱技术研究了茶树类黄酮合成及调控相关基因在花瓣、花粉、休眠芽、萌发芽中的表达情况。结果发现花瓣、休眠芽、萌发芽中类黄酮合成基因大量表达,而花粉中类黄酮合成基因表达量极少,这与茶树中类黄酮物质的分布规律一致。同时本研究在类黄酮调控相关MYB、bHLH、MADS、GST、WD40、Homeodomain基因家族中找到12个基因可能与花瓣中类黄酮物质合成调控有关,9个基因可能与芽中类黄酮物质合成调控有关。这些研究结果将为深入解析茶树类黄酮合成、调控机理打下基础。 相似文献
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广西沿海地区桉树外商营林投资效益分析 总被引:1,自引:0,他引:1
采用国际惯用的财务分析方法,对广西沿海地区桉树外商营林投资进行经济效益分析,并对项目的生态效益和社会效益进行评价;结果表明:项目的纯利润为7975.41元/hm^2,内部收益率为23.64%,净现值为2374.66元/hm^2,项目具有较强的抗风险能力,项目经济效益明显,并具有显著的生态效益和社会效益。 相似文献
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