基于网络药理学方法研究两面针抗肿瘤的作用机制

【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度（OB）及类药性（DL）为限制条件在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...     

基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定

为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因,本研究基于胡椒全基因组和转录组数据,初步筛选出62个候选基因。以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件系统分析候选基因在不同组织中的表达稳定性,结合目标基因的表达模式验证,鉴定稳定表达最优的内参基因为Myeloid leukemia factor 1 (Pn17.1212)。结果表明：该基因是分析胡椒果实发育、辣椒疫霉菌响应相关基因表达模式的理想内参。内参基因的选择不应仅限于持家基因,全基因组和转录组信息可提供更加全面的参考基因数据,内参基因的准确鉴定需综合转录组信息、基因表达稳定性、标记基因的表达模式验证等数据分析的结果,获得的理想内参基因可满足不同研究对表达稳定性的要求。     

菠萝蜜不同颜色果肉中类黄酮物质分析

为分析不同色泽菠萝蜜果肉中类黄酮物质的差异,以红色和黄色菠萝蜜果肉为材料,基于超高效液相色谱串联三重四级杆质谱平台,定性和定量分析类黄酮物质。结果表明：菠萝蜜果肉中共鉴定出82种类黄酮物质,包括27种黄酮、24种黄酮醇、12种黄烷酮、11种黄酮碳糖苷以及8种其他类型类黄酮物质;定性定量分析的整体结果表明,红色果肉中类黄酮物质的种类和总含量要明显优于黄色果肉;红色果肉和黄色果肉之间差异组分的统计结果表明,在红色果肉中优势积累的类黄酮物质有19个,仅3个黄酮碳糖苷在黄色果肉中优势积累。研究结果揭示了红色果肉中类黄酮总含量和种类的优势,为菠萝蜜品种选育提供了数据和材料参考。     

胡椒碱合成相关BAHD酰基转移酶基因的克隆与分析

胡椒碱是胡椒中重要的功能物质和品质指标之一。本研究以中国胡椒的主栽品种‘热引1号’为材料,基于胡椒基因组数据和转录组数据,筛选参与胡椒碱合成相关BAHD酰基转移酶,对候选的酰基转移酶基因进行克隆、分析和诱导表达。结果表明从胡椒基因组中鉴定出BAHD酰基转移酶基因78个。基于多序列比对及motif分析,胡椒BAHD酰基转移酶成员分为7类,特征结构域主要为HXXXD、DFGWG、YFGN。表达模式分析筛选出在胡椒果实中特异表达的BAHD基因7个,并成功克隆到全长序列。其中,Pn1.3303、Pn1.3375编码的氨基酸包含完整且未发生突变的特征结构域,在胡椒种子中特异表达,表达模式与胡椒碱合成紧密相关。将2个目的基因分别构建到原核表达载体pGEX-4T-1上,最终成功诱导表达出N末端与GST标签融合的目的蛋白。本研究为胡椒碱生物合成相关BAHD酰基转移酶的鉴定提供了基因资源。