罗斯河病毒RT-LAMP检测方法的建立

根据Gen Bank中收录的罗斯河病毒(RRV)基因序列,以其保守的E2基因为靶序列,设计并筛选出一套特异性LAMP引物;通过优化反应条件,最终建立了RRV RT-LAMP检测方法,并对其灵敏度、特异性进行了验证。结果显示:本方法对RNA样本的最低检测限可达10拷贝/25μL,而荧光RT-PCR方法和常规RT-PCR方法的灵敏度分别为10拷贝/25μL、100拷贝/25μL;其特异性良好,不与同属或相似病毒发生交叉反应。结果表明,本方法灵敏、特异、快速、便捷,可应用于我国虫媒病高发区的RRV筛查预警。     

四种核酸染料对用LAMP方法检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的影响

本研究旨在建立一种基于颜色变化的北美洲型猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)RT-LAMP检测方法及结果判定方法,方便LAMP技术的现场检测应用。根据Gen Bank中美洲型PRRSV的保守序列设计一套LAMP引物,对反应进行优化后建立了PRRSV LAMP检测方法。对比Dye63、钙黄绿素(Calcein)、SYBR Green I和Picogreen 4种核酸染料对于LAMP反应的适用性。结果显示,只有Calcein、Dye63适于LAMP反应前加入,但对扩增效率均产生一定抑制,造成反应时间延迟:Calcein的延迟作用更强(约10min),Dye63延迟作用较小(约5min)。加入Dye63的LAMP反应灵敏度为2×101拷贝,而加入Calcein的灵敏度要低10倍。经多功能酶标仪对荧光强度的检测,含Dye63的反应阴阳性差异明显,可用于LAMP反应结果的判定。据此建立的基于新型核酸染料Dye63的PRRSV RT-LAMP检测方法操作简单、方便、直观,可大大减少环境污染造成的假阳性。Dye63有望成为继Calcein之后,可用于LAMP反应前加入,反应后闭管判定的一种新核酸染料,方便LAMP检测技术现场应用。     

小反刍兽疫疫苗毒株与强毒株的鉴别性荧光RT-PCR检测方法的建立

对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行分析,设计引物与探针,建立PPRV通用型与Ⅱ系疫苗毒特异型二重实时荧光RT-PCR方法,同时建立针对PPRVIV系强毒株的特异型荧光PCR方法。特异性试验和灵敏度试验表明：建立的二重荧光RT-PCR方法可特异性检测PPRV病毒,其HEX信号通道（通用型）和TAMRA信号通道（Ⅱ系疫苗毒特异型）的检测灵敏度分别可达10^1 TCID50/mL和10^2 TCID50／mL,完全满足PPRV的检测要求。用二重荧光RT-PCR方法对西藏采集的14份羊血清样品进行检测,并用建立的Ⅳ系强毒株特异型荧光PCR方法对二重荧光RT-PCR的检测效果进行评估,结果显示,该方法可有效甄别PPRV强毒株和疫苗毒株,避免假阳性结果的出现。     

猴痘病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

为建立一种特异性强、灵敏度高、操作简单的猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)检测方法,试验针对MPXV保守区OPG002基因片段设计特异性引物,通过优化环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)反应体系中内引物、环引物体积及反应温度建立了一种MPXV实时荧光LAMP检测方法,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,并应用该方法检测了临床样品和模拟样品。结果表明：建立的MPXV实时荧光LAMP检测方法于64℃恒温反应60 min即可完成DNA检测;该方法能特异性地检出MPXV,最低检出限为25 copies/μL,灵敏度是普通PCR方法的20倍;该方法对12份临床样品的检测结果均为阴性,可检测出质粒浓度为0.5×10²～0.5×10⁶ copies/μL的模拟阳性样品。说明建立的MPXV荧光LAMP检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的优点,可用于MPXV的快速鉴别诊断。     

小反刍兽疫诊断及其免疫防制的研究进展

小反刍兽疫(peste des petits ruminants,PPR)是由副黏病毒科麻疹病毒属小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)引起的一种急性、烈性、接触性传染病,目前已给中国养羊业造成巨大损失与威胁。作者对PPR的流行病学、诊断方法及疫苗研制进展等方面作一简要综述,以期为该病的防控提供有效的参考。     

CRISPR/Cas12a技术在动物疫病检测方面的应用

CRISPR/Cas系统是由簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关蛋白(Cas)组成的一种基因编辑技术,可以特异地切割和识别靶标核酸基因。该技术具有检测速度快、灵敏度高和特异性强的优势,因此被广泛应用于动物疫病检测领域。本文就CRISPR/Cas12a结合等温核酸扩增技术和可视化技术在动物疫病检测中的应用进行综述,并对其应用前景进行展望,以期为我国的养殖业和进境动物疫病的监测提供技术支撑。     

真鲷虹彩病毒LAMP检测方法的建立

为建立一种检测真鲷虹彩病毒的环介导等温扩增(LAMP)方法,满足口岸、养殖场对该病的快速监测的需求,本研究比对分析了Gen Bank中公布的真鲷虹彩病毒基因组序列,筛选其主要衣壳蛋白MCP基因保守区序列,进行LAMP引物设计,建立了真鲷虹彩病毒LAMP检测方法。对扩增条件进行优化,确定最佳反应条件为62℃,45 min。灵敏度试验结果显示,该方法最低检测限为100拷贝/μL目的基因。特异性试验结果显示,该方法不与流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、蛙病毒3型(FV3)、甲鱼虹彩病毒(STIV)发生交叉反应。结果表明,本研究建立的LAMP方法具有良好的敏感性和特异性。对5份疑似真鲷虹彩病毒感染的临床样品进行检测,发现检测结果与世界动物卫生组织(OIE)推荐的PCR方法检测结果符合率为100%。研究表明,本方法具有灵敏度高、特异性强,以及仪器设备简单、操作便捷、结果直观等优点,非常适合作为初筛手段,应用于养殖场、口岸等一线的疫病监测。     

高通量测序分析5例进口鱼粉鱼源性成分构成

为揭示鱼粉原料构成,保证鱼粉质量,本研究应用高通量测序技术对来源于不同国家的5例进口鱼粉样品进行测序,并基于COI基因及其丰度对鱼粉鱼源性成分构成进行分析。提取鱼粉样品DNA后应用鱼类通用COI基因扩增引物进行PCR扩增,得到鱼类混合COI基因序列产物,将扩增产物送测序公司进行高通量测序,将COI基因测序数据与鱼类相关数据库进行比对,通过比对结果进行鱼粉的物种源性成分分析。结果显示,成功获得了5例鱼粉样品中原料鱼成分,其中白鱼粉原料鱼主要成分为鳕鱼;而红鱼粉原料鱼成分较为多样,涉及鲱鱼、竹刀鱼等。通过Python对数据进行统计分析,绘制PCR扩增后鱼类COI基因丰度图,进一步直观提示鱼粉样品中原料的成分构成。本研究结果表明,高通量测序技术可应用于鱼粉质量评估,有助于快速了解鱼粉构成,对其质量及用途进行指导,同时,提示该技术可进一步应用于鱼粉掺杂掺假及致病微生物的监测工作中,对保障鱼粉产品质量、维护正常市场秩序具有重要意义。     

施马伦贝格病毒RT-LAMP检测方法的建立

通过对施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)及其同属各病毒基因序列进行比对分析,设计了针对SBV S基因节段的一组6条特异性引物,经优化建立了SBV RT-LAMP检测方法,可在63℃恒温条件下,于50min内完成目的序列扩增,通过染料法和琼脂糖凝胶电泳法观察结果,其灵敏度可达10TCID50,与荧光RT-PCR方法具有相同的敏感性。特异性试验显示,本方法与同属的沙门达病毒(Shamonda virus)会发生交叉反应,需借助沙门达病毒S基因节段上的一个特异性酶切位点Afl II进行酶切,实现两者的鉴别诊断。对103份临床样品的检测结果显示,本方法与荧光RT-PCR方法符合率为100%。本研究建立的RT-LAMP方法快速、简单、灵敏度高,不仅适用于实验室鉴定,还可应用于口岸、野外等的临床大规模监测。