大山樱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

为了明确大山樱叶绿体基因组特征及其密码子使用偏好,共筛选53条叶绿体CDS基因序列作为分析对象。使用CodonW 1.4.4等软件对大山樱密码子使用偏好性进行分析。结果表明,大山樱叶绿体基因组GC₃含量为28.84%,含量较低;RECU>1的30个密码子中,有29个以A/U结尾;ENC平均值为47.54,证明其密码子偏好性较弱。3种绘图分析结果均表明自然选择对密码子偏好性影响较大。最终确定10个最优密码子,且7个以A/U结尾。基于CDS序列和RSCU值的系统发育分析及聚类分析结果相似,表明密码子偏好性和物种系统发育关系有一定关联。该结果为研究樱亚属植物叶绿体基因组特征及其密码子偏好性提供了相关依据。     

钟花樱种系下16个品种的数量分类和主成分分析

钟花樱(Cerasus campanulata)花为红色,花期较早,易与其他种杂交培育出优良品种,因此近年来作为樱属(Cerasus)植物中开发利用前景较大的种系之一而受到广泛关注,然而在品种分类方面的研究工作较少.为补充钟花樱品种分类研究工作,笔者以16个国内钟花樱种系下常见的栽培品种为试材,对其花期及花器官共21个特征性状进行数量分类研究.首先对21个性状指标采用R型聚类分析和主成分分析,根据分析结果去掉相关性和累积贡献率较小的性状指标,再对16个钟花樱品种进行Q型聚类分析.R型聚类分析结果表明,花瓣长与花瓣宽、花瓣宽与花瓣指数相关,其他性状相对独立,各性状选取合理;主成分分析显示,前7个主成分累计贡献率达85.331％,保留相关性和贡献率较大的共6个性状指标进行Q型聚类分析.16个钟花樱品种按花瓣宽、花型大小、花萼长度等性状可分为二大类、三大类和五大类.花瓣宽度、花型大小和花萼长度应作为钟花樱种系品种分类的主要依据,为钟花樱常见观赏品种的梳理和选育提供了参考,拟建立国内钟花樱种系下常见栽培品种的分类体系,同时由于数量性状的不稳定性,品种分类工作需要更广泛地选择表型性状并结合现代分子技术来进行.     

染井吉野樱PEBP基因家族鉴定及生物信息学分析

磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein, PEBP)基因家族的氨基酸结构中存在保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,对调控植物开花起着至关重要的作用。本研究以染井吉野樱全基因组数据为基础,采用生物信息学方法鉴定出13个PEBP基因,依次命名为PYPEBP1～PYPEBP13,然后进一步分析了家族中各基因结构、理化性质,对PEBP蛋白的亚细胞定位、二级结构以及磷酸化位点进行预测,并构建系统发育树。结果表明,染井吉野樱的PEBP基因家族不同蛋白质序列的长度和特性都存在较大差异;13个染井吉野樱PEBP基因大部分成员含有4个外显子和3个内含子,motif 3、motif 4、motif 5和motif 6是染井吉野樱PEBP基因的特征基序;蛋白的亚细胞定位预测显示,这13个PEBP基因的蛋白分别位于细胞核与细胞质中;蛋白质二级结构分析显示,染井吉野樱PEBP基因的蛋白质二级结构十分相似,PYPEBP5和PYPEBP12蛋白结构中无规则卷曲占比最高,而β-转角比例最低;潜在的磷酸化位点预测分析表明,除PYPEBP3、PYPEBP7、...