湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛转录组比较

为了对湖栖鳍虾虎鱼的皮肤和眼睛进行转录组比较分析,实验通过测序原始数据,经denovo拼接、组装共获得103686个单基因(unigene), N50和平均长度分别为1 456和2 490 bp。在Nr、Nt、KO、SwissProt、PFAM、GO及KOG数据库中对上述unigenes进行注释,分别有57 380、 37 343、 31 700、 51 277、 47 020、 47 555和25 604个unigenes获得注释。对差异基因进行KEGG富集发现,在黑色素生成途径中,tyr、tyrp1和tyrp2等基因在皮肤中明显下调。基因表达差异分析显示,在湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛中共有8 113个差异表达基因(DEGs),其中3 174个DEGs在皮肤中上调,4 939个DEGs在眼睛中上调。通过实时荧光定量PCR(qPCR)对10个DEGs的验证,确定了RNA-Seq分析正确。本研究丰富了湖栖鳍虾虎鱼的体色研究,为湖栖鳍虾虎鱼遗传资源的利用提供了数据,也为进一步研究鱼类绚丽的体色形成机制提供了参考。     

湖栖鳍虾虎鱼性腺转录组比较分析

为获得湖栖鳍虾虎鱼性腺基因表达谱,筛选性别决定、配子发生和繁殖相关基因,实验对其卵巢和精巢分别进行了RNA-Seq分析。测序原始数据经de novo拼接组装共获得62 573个单基因(unigene),N50和平均长度分别为3 082 bp和1 869 bp。在NR、NT、SwissProt、PFAM、KOG、GO及KEGG数据库中对上述获得的unigene进行注释,分别有41 480、32 848、37 500、35 394、18 318、35 394和27 009个unigene获得注释。基因表达差异分析显示,在湖栖鳍虾虎鱼卵巢和精巢中存在10 954个差异基因(different expression gene,DEG),其中2 383个DEG表达水平在精巢中上调,8 571个DEG在卵巢中上调。对14个DEG进行实时荧光定量PCR (qPCR)验证,结果显示,qPCR结果与RNA-Seq分析一致。在差异基因中,筛选到了部分参与配子发生与成熟的基因,包括foxl2、dmrt1、cyp19a1a、inha、inhb、sycp2、zglp1、tdrp、zps和esra。差异基因富集结果中包含"泛素介导蛋白水解"、"卵母细胞减数分裂"、"孕酮介导卵母细胞成熟"、"p53信号通路"、"类固醇激素合成通路"和"PI3/AKT信号通路"等参与性腺发育及繁殖的KEGG通路。最后,从湖栖鳍虾虎鱼性腺转录组中共获得38 550个简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和192 450个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记。研究结果有助于对湖栖鳍虾虎鱼性别相关基因的功能研究和性别相关分子标记的开发。