| 湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛转录组比较 |
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| 引用本文： | 黎学友,谢明花,黄承勤,汪淳,王中铎,郭昱嵩,董忠典.湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛转录组比较[J].水产学报,2021,45(8):1317-1326. |
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| 作者姓名： | 黎学友 谢明花 黄承勤 汪淳 王中铎 郭昱嵩 董忠典 |
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| 作者单位： | 广东海洋大学水产学院,广东海洋大学水产学院,广东海洋大学水产学院,广东海洋大学水产学院,广东海洋大学水产学院,广东海洋大学水产学院,广东海洋大学水产学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（41806195, 31201996)，广东省科技厅项目（2017A030303075)，广东海洋大学创新强校项目（230419069，230419055），广东海洋大学“南海学者计划”青年人才项目（QNXZ201903, 201807），广东海洋大学博士启动项目 |
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| 摘 要： | 为了对湖栖鳍虾虎鱼的皮肤和眼睛进行转录组比较分析,实验通过测序原始数据,经denovo拼接、组装共获得103686个单基因(unigene), N50和平均长度分别为1 456和2 490 bp。在Nr、Nt、KO、SwissProt、PFAM、GO及KOG数据库中对上述unigenes进行注释,分别有57 380、 37 343、 31 700、 51 277、 47 020、 47 555和25 604个unigenes获得注释。对差异基因进行KEGG富集发现,在黑色素生成途径中,tyr、tyrp1和tyrp2等基因在皮肤中明显下调。基因表达差异分析显示,在湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛中共有8 113个差异表达基因(DEGs),其中3 174个DEGs在皮肤中上调,4 939个DEGs在眼睛中上调。通过实时荧光定量PCR(qPCR)对10个DEGs的验证,确定了RNA-Seq分析正确。本研究丰富了湖栖鳍虾虎鱼的体色研究,为湖栖鳍虾虎鱼遗传资源的利用提供了数据,也为进一步研究鱼类绚丽的体色形成机制提供了参考。
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| 关 键 词： | 湖栖鳍虾虎鱼 皮肤 眼睛 RNA-Seq 色素形成 体色 |
| 收稿时间： | 2020/9/13 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/10/28 0:00:00 |
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