瓜类褪绿黄化病毒及其系统进化分析

【目的】检测新疆南疆7个县/市瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus, CCYV),进行系统发育分析,为新疆南疆CCYV预警和防控提供参考。【方法】于2019年,从中国新疆南疆7个县/市采集带有黄化特征的51份甜瓜叶片样品,RT-PCR进行CCYV的检测,进行特异性片段的克隆、测序和系统发育分析。【结果】中国新疆巴楚县、阿克苏市、莎车县、伽师县、疏勒县、疏附县均未检测到CCYV,而洛浦县的13份样本中,8份检出为CCYV阳性,检出率为61.53%,洛浦县CCYV特异性片段克隆测序获得了685 bp的核酸序列,与GenBank中的CCYV分离物外壳蛋白(Coat protein, CP)的一致性达到100%。所得序列与中国新疆(吐鲁番)、中国其他省、苏丹、日本、塞浦路斯、黎巴嫩的CP基因聚在I组(Group),沙特阿拉伯的分离物聚在Ⅱ组,伊朗的分离物聚在Ⅲ组。【结论】CCYV在中国新疆南疆洛浦县甜瓜产区发生,与中国新疆吐鲁番、中国其他省及周围国家的CCYV分离物亲缘关系很近,且群体遗传变异很小。     

5种蔷薇科树种多酚氧化酶比较基因组学分析

蔷薇科植物中有多种具有重要价值的水果,如苹果、梨、桃、草莓和黑树莓等。这些水果普遍容易发生由多酚氧化酶(PPO)介导的酶促褐变而导致重大经济损失,从全基因组角度分析比较PPO基因家族,有助于加深对PPO基因家族和功能的认识。采用比较基因组学的方法,对这5种植物的PPO基因家族进行了基因鉴定、染色体定位、编码蛋白的亚细胞定位、内含子统计分析、基因系统进化、基因倍增与丢失等特征分析。从这5种植物中,共计鉴定出了42个PPO基因,其中6个基因被认定是假基因;绝大多数基因编码的蛋白定位于叶绿体,2个定位于线粒体,3个是分泌型蛋白;PPO基因在染色体上有串联重复和散布两种形式;9个基因具有内含子,聚类结果显示可以将它们分为6个类型,每个基因类型在进化过程中都发生过基因倍增和丢失;同型基因内含子的位置和大小具有相似性。这些结果揭示蔷薇科植物PPO基因内含子是伴随着基因倍增产生的,基因倍增也是推动PPO基因多样化的重要动力,PPO基因倍增和丢失差异导致PPO基因数量在不同物种之间产生差异。     

大花君子兰叶绿体基因组及其特征

采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰（Clivia miniata）叶片总DNA进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组（cpDNA）全长序列（158 114 bp）。对其cpDNA注释得到135个基因，包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复（SSR）分析和密码子偏好性分析。结果显示：①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个，多数SSR分布在基因间隔区；②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U（T）结尾，亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析，结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支，显示最近的亲缘关系，支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同，支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。     

基于形态学及多基因位点的枸杞褐斑病病原鉴定

枸杞Lycium barbarum Mill.是一种药食两用的名贵中药材,褐斑病是2010年在甘肃省枸杞种植区发生的由无性态类真菌新种枸杞小黑梨孢Stigmella lycii引起的新病害,据2015年-2018年调查,该病害已扩展至甘肃省各枸杞种植区,常年发病率45%～65%,严重度2～3级。本研究首次对枸杞小黑梨孢有性态形态进行描述,并结合分子生物学方法,确定该病病原菌的系统发育地位,为该病的防治提供一定的理论依据。枸杞褐斑病菌在离体培养条件下和越冬病叶上均可形成有性态。子囊壳球形至亚球形,大小185.6μm×176.6μm,有喙,喙的大小为(35.7～53.6)μm×(32.0～53.55)μm;子囊袋状,大小(103.2～165.7)μm×(15.7～22.4)μm,含8个子囊孢子;子囊孢子砖格状,大小(25.9～36.5)μm×(9.4～14.1)μm,平均31.2μm×12.3μm,具(4～)6～7个纵隔和1～3个横隔。通过ITS、LSU、RPB2和EF1-α多基因位点联合构建系统发育树,确定该菌为子囊菌门格孢腔菌目格孢腔菌科真菌。秋末冬初清洁田园,减少来年初侵染源,是有效防治枸杞褐斑病的关键措施。     

桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA克隆及其生物信息学分析

克隆获得桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA序列，明确钠离子通道的典型特征，为研究桃蚜抗性分子机理奠定基础。采用实验技术主要有RT-PCR和PCR，克隆桃蚜钠离子通道基因cDNA序列，利用相关软件对其序列进行生物信息学分析。克隆得到两段cDNA序列MpNa_v-1（NCBI登录号：MN124170）和MpNa_v-2（NCBI登录号：MN176136）。MpNa_v-1长度为2945 bp，包括2877 bp的完整开放阅读框，共编码958个氨基酸；MpNa_v-2长度为3546 bp，包括3486 bp的完整开放阅读框，共编码1161个氨基酸。MpNa_v-1和MpNa_v-2共同组成桃蚜的钠离子通道α亚基，MpNa_v-1包含同源结构域Ⅰ和同源结构域Ⅱ，MpNa_v-2包含同源结构域Ⅲ和同源结构域Ⅳ。同源比对发现，桃蚜与豌豆蚜和高粱蚜钠离子通道基因相似度分别高达97.67%和97.65%，所克隆序列包含昆虫钠离子通道α亚基典型特征，具有MFM模块，并含有蚜虫类钠通道特有模块DENS。成功地克隆桃蚜钠离子通道基因，为阐明其对拟除虫菊酯类药剂产生靶标抗性的分子机制奠定基础。     

广东果树上17种拟茎点霉的RAPD分析

 自320个随机引物中筛选出适于拟茎点霉属真菌种间亲缘关系分析的15个随机引物,并优化了RAPD分析的扩增体系,在此基础上,对广东果树上17种拟茎点霉进行了RAPD分析。各菌株间的Nei相似系数UPGMA法聚类结果表明:来源于不同地区的2个Phomopsis mangiferae Ahmad菌株和2个P.macadami Z.D.Jiang et P.K.Chi菌株都分别以0.636和0.589的相似系数两两首先聚在一起,而不同的种则只在小于0.54的相似系数范围内聚类,体现了种间及种内的亲缘关系差异程度;聚类群与寄主植物不具相关性,同种植物上的不同拟茎点霉,即使是分自相同寄生部位也不能聚在一类;支持形态学上将生于柑桔枝和黄皮茎、沙梨叶和果、杨梅叶和枝以及同是生于龙眼叶的共8个拟茎点霉分别鉴定为不同的种,而不支持将P. cytosporella Penz.et Sacc.与P. mangiferae合并为一个种的观点;RAPD技术可作为拟茎点霉属真菌种间的亲缘关系分析的重要手段。     

The Phytotoxicity of Various Graminicides in Durum Wheat in Greece

The effect of three herbicides, diclofop-methyl (DM), imazamethabenz-methyl (IM) and fenoxaprop-ethyl (FE), was investigated at the recommended rate (×) and double the recommended rate (2×) in a durum wheat crop. FE had the smallest effect on root system characteristics, while IM had the greatest effect. For all herbicides, the double rate treatment gave a greater statistical reduction than the single rate for root system characteristics. FE had the smallest effect on the activity of aerobic microorganisms, while DM gave the greatest reduction, 10 days after application, and all three herbicides reduced earthworm abundance. DM gave the smallest reduction in the number of tillers and in plant height, while the double rate of IM gave the greatest reduction. For all three herbicides, double the recommended rate resulted in a significant reduction in the weight of 1000 seeds, while no statistically significant deviations were noted at the recommended rate. Finally, the use of all three herbicides resulted in significantly lower statistical yields compared to the sample (control plot), although there were no significant statistical differences among them, for either recommended or double recommended rates.     

含铅的多元氢阴极电催化性能的研究

用电沉积法制备Ｍｏ－Ｗ－Ｎｉ－Ｐｂ－Ｃａ多元活性阴极，研究了在０．５ｍｏｌ／Ｌ Ｈ２ＳＯ４中的析氢反应，结果表明，多元阴极具有较高的电催化活性，其析氢过电位比软钢阴极降低３０５ｍＶ，ｉ０提高三个数量级，且有较好的稳定性，并用光电子能谱研究了表面组成和结构。证实表面有：Ｎｉ，ＮｉＯ，ＭｏＯ２，ＭｏＯ＾２－４，ＷＯ３，ＰｂＯ２，ＰｂＯ，Ｃａ＾＋＋等物质。     

四种叶形吸虫的染色体组型分析

应用一种自创小型复殖吸虫染色体制备法，对四种常见寄生鱼类的叶形吸虫（中华叶形吸虫、鳗鲡叶形吸虫、鲶叶形吸虫和巴氏叶形吸虫）的染色体组型分析表明，它们的有丝分裂中期染色体二倍体数目均为２ｎ＝１８，且核型十分接近，即由四对较长的具近端着丝点染色体，四对较短的具近中部着丝点染色体及一对具中部着丝点的短染色体组成。但是，它们在染色体相对长度方面存在一定的差异。聚类分析显示，中华叶形吸虫和鳗鲡叶形吸虫，鲶叶形吸虫和巴氏叶形吸虫分别组成一近缘类群。根据发状科各属虫种的染色体组型资料，探讨了该科吸虫的核型进化问题。     

The Complete Nucleotide Sequence of a Japanese Isolate of White clover mosaic virus Strain RC

The complete nucleotide sequence was determined for genomic RNA of White clover mosaic virus (WClMV-RC) isolated from red clover (Trifolium pratense) in Japan, It is 5843 nucleotides in length, excluding the poly(A) tail at the 3' terminus. Similar to other potexviruses, it contains five open reading frames (ORFs 1 through 5), which putatively encode an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) (147 kDa), a triple gene block (TGB) (26 kDa/13 kDa/7 kDa), and a coat protein (CP) (22 kDa), respectively. The deduced amino acid sequence of the WClMV-RC CP was identical to that of WClMV-O, one of two New Zealand isolates, but only 85% identical to that of WClMV-M, the other New Zealand isolate, because of heterogeneity in the C-termini of CP amino acid sequences. The implication of this CP heterogeneity is discussed. Received 30 August 2001/ Accepted in revised form 11 January 2002