扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析

为阐明扁蓿豆（Medicago ruthenica）叶绿体基因组密码子使用模式，以其50条蛋白编码序列（CDS）为对象，利用软件CodonW 1.4.2、Excel以及在线程序对其ENC，RSCU，GC含量、中性绘图、PR2-plot、最优密码子等进行分析得到以下结果：基因组平均GC含量为40.58%，其中GC1>GC2>GC3；ENC的取值介于35.77～56.62之间，表明密码子使用偏好性较弱；基因组中共有30个密码子RSCU>1，其中29个以A/U结尾；ENC-plot绘图分析结果中多数基因分布于标准曲线下方，22个基因ENC比值在—0.05～0.05之间，密码子偏好性主要受选择影响；PR2-plot分析表明碱基T的使用频率大于A，G大于C，说明密码子偏好性还受其他因素影响；该基因组中共有UUU，UUA，ACU等11个最优密码子并均以A/U结尾。以上研究结果可为扁蓿豆叶绿体基因组优良基因利用提供理论与基础。     

基于氨基酸分子中侧链基极性性质的DNA序列分类(英文)

从DNA序列片段个案中密码子分布密度角度出发,提取出DNA序列片段的特征,基于氨基酸分子中侧链基极性性质把氨基酸分成5大类,计算5大类出现的频率,这种考虑生物意义的特征提取方法不仅考虑碱基的含量,还在一定程度上考虑碱基的排列顺序,应用层次聚类分析方法和BP神经网络法对DNA序列片段进行分类。结果表明,2类算法分类结果精度较高,且一致性也较高。说明这种特征提取法比传统的单纯考虑碱基的特征提取法效果更优。     

蚕茧价格、蚕种饲养量与蚕药用量关系的格兰杰因果检验

研究蚕桑产业经济中蚕茧价格(CAP)、蚕种饲养量(简称发种量,SSQ)、蚕药用量(SMQ)3个变量之间的关系,有助于科学预测蚕桑产业经济的发展变化规律。选取1991-2009年江苏省海安县蚕桑生产的年度数据,应用格兰杰因果关系检验(Granger causality test)方法,对上述3个变量进行平稳性检验、变量的一阶差分与单位根检验和格兰杰因果关系检验。结果表明,蚕茧价格与发种量、发种量与蚕药用量之间存在格兰杰因果关系,蚕茧价格与蚕药用量之间不存在格兰杰因果关系,即:蚕茧价格增长能引起发种量的增加,但发种量增加却不是蚕茧价格增长的原因,蚕茧价格对发种量的影响滞后期为2年,到第3年影响程度已逐渐弱化;发种量增加能引起蚕药用量的增加,但影响滞后期只有1年,超过1年后的影响不显著;蚕茧价格与蚕药用量之间从实际趋势看有一定的关联性,但相互之间的影响关系不是直接的,难以建立函数关系。研究结果与蚕桑产业发展变化的实际情况基本相符,认为格兰杰因果关系检验方法可应用于蚕桑产业经济相关因素的发展变化规律研究。     

柞蚕核型多角体病毒和家蚕核型多角体病毒的同义密码子使用模式分析

基因组中的基因和基因密码子组成不同使柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)与家蚕核型多角体病毒(BmNPV)间不能交叉感染。通过计算有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、GC含量、GC3s含量、密码子适应指数(CAI),比较分析ApNPV和BmNPV同义密码子使用模式差异。ApNPV和BmNPV的密码子偏好性均较弱,但二者的ENc值和GC含量差异显著;除碱基组成外,还存在其它因素影响密码子使用模式,但各影响因素的贡献率均较低,在基于密码子使用频率的对应分析中BmNPV的第1、第2向量轴贡献率均低于ApNPV;ApNPV的基因表达水平与GC含量、GC3s含量以及ENc值极显著相关(r分别为0.418、0.735、-0.628,P=0.000),而BmNPV的基因表达水平只与GC3s含量呈弱相关(r=0.214,P=0.010)。分析结果显示,ApNPV和BmNPV的密码子偏好性虽均较弱,但同义密码使用模式及其影响因素存在差异。     

2010年版《兽药使用指南(化学药品卷)》增修订概况

论述了2010年版《兽药使用指南（化学药品卷）》编写的指导方针、构架、收载特点、品种变更,以便于兽药使用单位和个人的参阅。     

浅谈森林生态用水

当前,研究森林生态功能时,人们较多地关注森林涵养水源功能,即森林对生态建设的贡献,却较少研究培育森林、维系森林生态还需要水分,森林的生存和发展都需要水,森林是水分循环的主要载体.文章阐明森林能涵水、提供水分,同时森林的形成也需要水分这个新理念,并从宏观上提出森林生态用水的策略,与同行探讨.     

斜纹夜蛾性诱剂不同使用方法对诱蛾量的影响

通过对性诱剂及诱捕器不同悬挂使用方法对诱蛾量的影响进行应用观察研究,以期明确性诱剂诱捕器摆放高度、间距等较为合理的使用方法。试验结果表明,诱捕器在时间、气候条件等相同情况下,放置在作物顶端上方30~50 cm,诱蛾量最大;从节本和诱蛾效果来看,放置间距以50~80 m为宜;诱芯以单放为宜。     

谷子类甜蛋白基因家族的鉴定与密码子偏性分析

类甜蛋白在植物的生长发育和抵御胁迫过程中发挥作用。利用生物信息学方法对谷子类甜蛋白家族基因组成、结构、启动子顺式作用元件、密码子使用偏性等进行分析。结果表明,谷子类甜蛋白家族包含43个成员,分布在9条染色体上,分为3种基因结构类型,其中16个成员仅包含1个外显子,14个包含3个外显子成员的内含子相位均为1-2型。根据系统发育分析归为12个聚类组,聚类组5中的基因主要来自Ⅲ号染色体,聚类组6中的基因主要来自Ⅰ号染色体,其内含子相位多为1-2型,这些基因可能来自同一祖先基因,与进化过程中的染色体重组事件有关。88.4%的基因参与应激反应,多个基因启动子区含有激素和胁迫响应元件,说明该家族基因在植物抵御胁迫过程中发挥作用。多数基因有效密码子数(ENC)较小,密码子的第3位的G+C含量(GC3s)值分布集中,包含10个最优密码子,均以G或C结尾,表明谷子类甜蛋白家族基因密码子使用偏性强,基因表达潜力高,进化过程中主要受自然选择压力影响。     

DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。     

DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。