| 谷子类甜蛋白基因家族的鉴定与密码子偏性分析 |
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| 引用本文： | 刘 潮,韩利红,王海波,唐利洲.谷子类甜蛋白基因家族的鉴定与密码子偏性分析[J].西北农业学报,2018,27(1):52-61. |
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| 作者姓名： | 刘 潮 韩利红 王海波 唐利洲 |
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| 作者单位： | 曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心生物资源与食品工程学院云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31460179）；云南省高校科技创新团队项目［云教科(2014)14号］。 |
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| 摘 要： | 类甜蛋白在植物的生长发育和抵御胁迫过程中发挥作用。利用生物信息学方法对谷子类甜蛋白家族基因组成、结构、启动子顺式作用元件、密码子使用偏性等进行分析。结果表明,谷子类甜蛋白家族包含43个成员,分布在9条染色体上,分为3种基因结构类型,其中16个成员仅包含1个外显子,14个包含3个外显子成员的内含子相位均为1-2型。根据系统发育分析归为12个聚类组,聚类组5中的基因主要来自Ⅲ号染色体,聚类组6中的基因主要来自Ⅰ号染色体,其内含子相位多为1-2型,这些基因可能来自同一祖先基因,与进化过程中的染色体重组事件有关。88.4%的基因参与应激反应,多个基因启动子区含有激素和胁迫响应元件,说明该家族基因在植物抵御胁迫过程中发挥作用。多数基因有效密码子数(ENC)较小,密码子的第3位的G+C含量(GC3s)值分布集中,包含10个最优密码子,均以G或C结尾,表明谷子类甜蛋白家族基因密码子使用偏性强,基因表达潜力高,进化过程中主要受自然选择压力影响。
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| 关 键 词： | 谷子 类甜蛋白 聚类分析 密码子偏性 |
Identification and Codon Bias Analysis of Thaumatin-like Protein Gene Family in Foxtail Millet |
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| LIU Chao,HAN Lihong,WANG Haibo and TANG Lizhou.Identification and Codon Bias Analysis of Thaumatin-like Protein Gene Family in Foxtail Millet[J].Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica,2018,27(1):52-61. |
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| Authors: | LIU Chao HAN Lihong WANG Haibo and TANG Lizhou |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Setaria italica Thaumatin-like protein Cluster analysis Codon bias |
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