民猪保种群近交程度分析与亚群优化选配方案设计

通过全面整理兰西保种场自建场以来民猪种群的留种与产仔资料，在理清系谱关系的基础上，对民猪保种群的近交程度作了系统分析，依此采取分亚群轮换进行纯繁与杂交的方法保护该种群。根据各亚群平均近交程度的变化，以后代平均近交系数最小或经济价值最大为目标，采用0-1线性规划法，有针对性地制订优化选配方案，从而有计划地对民猪保种群实施保种与选育相结合的保种战略。     

近交对大菱鲆体尺性状生长的遗传影响

为研究近交对大菱鲆体尺生长的动态影响,构建了非近交和2个不同近交水平的30个家系。在生长期内,定期测量了1 082尾个体的全长、体长、头长、体宽和尾柄高等体尺性状。选择三阶勒让德(Legendre)多项式为子模型,采用随机回归模型估计了这些体尺性状的遗传参数。考虑近交和不考虑近交作为固定效应的随机回归分析表明:近交显著地提高了所有体尺性状遗传力估计值。与远交组相比,近交导致了体尺性状不同程度的衰退,但衰退程度在2个近交组间没有表现出明显差异。5个体尺性状之中,全长和体长表现出较为相似的近交衰退趋势,而体宽、头长和尾柄高表现出较为一致的趋势。与非近交组相比,全长和体长在350日龄前,近交系数0.25的个体体长性状并未出现近交衰退,反而有所提高,而近交系数为0.375的组,这2个性状表现出衰退。全长和体长的近交衰退随着年龄的增长而加重。0.25和0.375两种近交水平的群体在第400和第650生长日之间对体长的生长曲线几乎没有影响。在整个测量周期内,近交水平对尾柄高的生长曲线的影响几乎没有差异。而在第650生长日龄后,全长、体长和头长的近交衰退随着近交程度增加而加快。这些近交分析的结果可以用来指导大菱鲆配套系选育过程中亲本群体遗传纯化过程中的近交控制。     

大菱鲆生长性状表型正交化混合模型关联分析

多变量线性混合模型是检验单个核苷酸多态性位点与多个相关表型之间是否存在关联的强有力工具。为提高该复杂关联分析的计算效率, 本研究对多个性状的表型协方差矩阵进行谱分解, 将这些相关的性状转换为相互独立的“超性状”, 利用单性状的混合模型关联分析方法计算每个超性状的检验统计量, 通过这些统计量之和推断控制多个相关表型的一因多效核苷酸遗传位点。运用这种表型正交化的多性状混合模型关联分析方法, 检测大菱鲆(Scophthalmus maximus)的体重-体长-尾柄宽 3 个性状一因多效核苷酸遗传位点, 结果表明, GEMMA 方法在 1、5、 6、8、12、16、20、2、22 号染色体上共检测到 11 个 QTNs, 而表型正交化方法则在 1、3、5、6、8、12、16、20、 21、22 号染色体上共检测到 14 个 QTNs, 其中 2 种方法共同检测到的 QTNs 有 9 个。与 GEMMA 相比, 表型正交化方法具有更高的多性状检测效率, 且运算时间也远低于 GEMMA, 可高效定位大菱鲆生长性状相关 QTNs, 这为其他水产动物的多性状 GWAS 研究以及遗传育种提供了一个便捷高效的方法。     

牙鲆体质量与形态性状的异速生长分析

为分析牙鲆(Paralichthys olivaceus)体质量与形态性状之间异速生长的遗传规律,通过人工受精的方法建立牙鲆19个全同胞家系,测量了牙鲆不同日龄的体质量和形态性状。采用逐步回归方法建立最优联合异速生长模型,将此模型镶嵌到体质量动物模型的每个遗传和环境效应中,进一步分析对多个形态性状异速生长遗传规律。静态异速生长分析表明:体质量与全长之间存在最大异速生长指数(1.415 5),表现为正异速生长,剩余形态性状与体质量之间的异速生长指数为0.061 5~0.718 0,皆表现为负异速生长。全长与尾柄高之间异速生长指数的正遗传相关最大(0.907 8);全长与尾柄长之间的负遗传相关最大(-0.946 8)。不同模型通过统计标准比较,确定模型Ⅰ为进行牙鲆动态异速生长分析的最优随机回归模型。     

农村可持续发展与土地资源利用关系探讨

文章从人口、资源、生态、农村经济和城乡统筹5个方面阐述了农村可持续发展与土地资源利用的关系。进一步论证了农村可持续发展下的土地利用要以良好的生态环境为基础,以实现经济的可持续发展和社会的全面进步为目标,达到生态、经济、社会可持续发展的统一。     

黑龙江省大豆生产中存在的问题及对策

通过分析黑龙江省大豆的生产现状,归纳出了大豆生产中存在的问题并提出:改良品质,提高单产,降低成本,采用生物技术培育新品种,加大科技投入等措施以提高大豆市场竞争能力。     

简单回归尺度转换实现半滑舌鳎性逆转基因的高效定位

在间断性状全基因组关联分析中,当基因组数据存在复杂群体分层时,广义线性模型需要同时考虑上百个协变量,其求解速度会大大下降而且还会产生异常解.本研究目的是把简单回归结果中显著位点的效应值和遗传力的尺度转化为可解释的广义线性回归结果.首先对亲缘关系矩阵进行谱分解,特征向量作为主成分(PC),矫正间断性状中的群体分层;再求解...     

动物遗传设计群体混合模型连锁分析方法

研究提出了一个同时含有主效基因和微效多基因的混合模型连锁分析方法。首先应用LASSO方法快速估计线性混合模型(LMM)非零的主效位点,并将这些位点效应视为固定效应;而后把基于约束极大似然法(REML)估计得到的微效多基因效应再放入LMM中作为随机效应;从而最终实现QTL遗传参数估计和基因定位连锁分析。针对系谱群体的定位分析,该模型,即LASSO-LMM法,不仅很好地继承了单独LASSO法的计算速度,而且还具有比单独LMM法更好的遗传参数估计稳健性。为了具体比较这3种定位方法,采用计算机模拟数据验证。结果表明,相比于单独LASSO法和单独LMM法,LASSO-LMM法在QTL遗传参数估计和统计效力上总体表现出更高的估计精确度和检测效率。     

全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究

在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值。从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描。当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内。与采用lm函数优化剩余多基因方差比的Fa ST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率。计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点。