转录组测序技术在生物学研究中的现状及展望

高通量测序技术在当前生物学研究中占据了越来越重要的地位,而转录组学的研究更是占据了很大区域。本文针对Illumnina测序对转录组测序的应用前景、发展概况以及存在的问题进行综述,并对Pacbio测序原理进行剖析,对Nanopore公司开发的MinlON四代测序进行展望,阐述整个转录组测序技术的发展。     

氮肥施用对稻茬小麦冠层结构及产量、品质的影响

为给安徽省沿淮稻茬小麦高产栽培的氮肥合理运筹提供理论依据,通过大田试验,选用当地小麦主栽品种济麦22（半冬性中筋品种）和烟农19（半冬性强筋品种）为材料,设置0、90、180、270和360 kg·hm^-2 5个施氮水平,分析施氮量对两种基因型小麦冠层结构、产量及品质的影响。结果表明,在0~180 kg·hm^-2 施氮范围内,随着施氮量的增加,小麦株高、叶面积指数和叶片SPAD值显著上升,群体截获更多光能,冠层截获光合有效辐射显著增加,群体透光率显著降低,冠层光谱反射率在400～725 nm波段逐渐下降,在725～1 000 nm逐渐上升;随着施氮量的进一步增加,360 kg·hm^-2 施氮处理的各冠层指标与270 kg·hm^-2 施氮处理之间差异未达到0.05显著水平。籽粒产量随施氮量增加呈先升后降趋势,2个小麦品种产量均以270 kg·hm^-2 施氮处理最高。穗数、穗粒数均随施氮量增加而显著提高,都以360 kg·hm^-2 施氮处理最大,但180、270和360 kg·hm^-2 施氮处理间差异较小或不显著;千粒重则表现为先升后降的趋势,以90 kg·hm^-2 施氮处理最高。小麦籽粒蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值均随施氮量增加而逐渐提高,除2014-2015年270和360 kg·hm^-2 两个施氮处理间差异不显著外,两年不同施氮处理间均差异显著。综合高产、优质、低环境风险的选择条件,沿淮稻茬麦区小麦季氮素在180~270 kg·hm^-2 范围内偏下限施用较为适宜,强筋品种烟农19可适当提高施氮量。     

基于高通量转录组测序阿尔巴斯型绒山羊绒毛生长周期差异表达基因分析

为研究绒山羊绒毛生长周期内皮肤基因表达规律以及皮肤差异表达基因的挖掘,采用Illumina HiSeqTM2000高通量转录组测序平台RNA-Seq技术,对3只成年雌性阿尔巴斯型内蒙古绒山羊全年12个月的皮肤样本进行转录组测序,将无参考基因组de novo拼接组装的unigene运用Nr,GO,COG以及KEGG数据库进行比对注释,并进行差异基因在全年各月份间的变化规律分析。结果显示,测序获得的unigene数为105 854条,比对注释基因55 541个,其中共有51 078条转录本进行了GO注释,21 189条转录本在COG数据库分析得到注释,26 201条预测基因KEGG数据库比对成功。其中皮肤基因GO注释在生物学功能分类中,细胞过程、代谢过程、生物学调控、生物功能调控以及刺激应答方面注释到的转录本比例最大;在分子功能分类中,结合以及催化活性作用方面注释到的转录本比例最大;通过COG数据库的比对注释,看到皮肤表达基因的同源蛋白功能主要集中在基因转录、翻译后修饰、和信号传导机制方面,反而在同工酶转运和代谢、细胞动力、二级代谢生物合成、转运和催化以及核结构方面注释到的基因极少;皮肤转录组数据与KEGG数据库比对,得到皮肤相关转录本较为富集的几条通路分别为MAPK signaling pathway,Wnt signaling pathway,Notch signaling pathway,Hedgehog signaling pathway,TGF-βsignaling pathway,JAK-STAT signaling pathway以及Focal signaling pathway;通过绒山羊不同月份皮肤转录组测序数据进行差异基因分析,得出绒山羊全年皮肤生长周期中基因差异变化规律为绒山羊全年皮肤共有4次较为剧烈的基因差异变化,第1次发生在2月与3月之间,第2次发生在3月与4月之间,第3次发生在6月与7月之间,第4次发生在10月与11月之间,前2次出现的基因差异变化较后2次剧烈得多,说明绒山羊绒毛生长启动时基因变化剧烈,而绒毛生长到休止时的皮肤基因变化较为缓和,是一个基因缓慢变化的过程。     

养猪产业人力资源管理——猪场人才盘点

正"人才盘点"是近几年人力资源管理中比较热门的词,因为它是企业管理人才的重要流程,是管理者盘点企业内人才优势、待发展领域、职业发展路径、职位空缺风险、现在及未来继任者的管理流程。做好人才盘点,可以实现三方面的价值:第一,企业更精确掌握人才数据;拥有稳健的人才梯队,形成人才供应补给线;缩短关键岗位空缺期,提高关键岗位人才保留率。第二,部门经理更深入了解员工长短板;充分利用资     

基于SWATH技术筛选影响乌珠穆沁羊肉品质的蛋白

为了研究影响乌珠穆沁羊肌肉品质的蛋白,通过IDA的方法对乌珠穆沁羊背最长肌与臀部肌肉进行蛋白全谱鉴定,1%假阳性条件下,共检测到蛋白质1003种。通过SWATH技术,差异倍数大于2或小于0.05作为阈值选取差异蛋白,获得背最长肌中高表达差异蛋白11个,其中7个与肌肉品质密切相关,这7个蛋白中Long-chain-fatty-acid-CoA ligase 1、Acyl-protein thioesterase 1、30Sribosomal protein S6、Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 3通过影响脂肪沉积影响肌肉品质;Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1、Parvalbumin alpha通过影响几种氨基酸的变化,影响蛋白质组成,进而影响肌肉品质;Myosin-2heavy chain在背最长肌高表达,是决定肌纤维类型的重要蛋白,其通过影响肌纤维类型,决定肌肉品质。     

杜泊羊背最长肌中脂肪酸种类与含量分析

杜泊羊作为一种进口品种,因其胴体嫩、多汁、鲜、瘦而被国际誉为"钻石级肉"。为探讨杜泊羊肉中脂肪酸的含量随月龄的变化规律,本研究利用气相色谱质谱(GC-MS)技术对6月龄与12月龄杜泊羊背最长肌中36种脂肪酸的种类和含量及在脂肪酸中所含比重进行研究。结果显示,杜泊羊背最长肌共有36种脂肪酸,其中6月龄与12月龄的饱和脂肪酸含量单不饱和脂肪酸含量多不饱和脂肪酸,饱和脂肪酸以及长链脂肪酸含量在12月龄显著高于6月龄(P0.05),多不饱和脂肪酸的含量在12月龄极显著高于6月龄(P0.01)。C15:1,C17:0在不同月龄表达差异显著(P0.05),C18:2c6,C18:3n3,C20:3n3在不同月龄表达差异极显著(P0.01)。脂肪酸分析结果表明,12月龄杜泊羊的肌肉比6月龄营养价值高。     

低温胁迫对稻茬小麦根系抗氧化酶活性及内源激素含量的影响

为探索低温对小麦根系的伤害机理,在分蘖期和拔节期模拟低温,研究低温胁迫对稻茬不同小麦品种(烟农19,抗寒性较强;郑麦9023,抗寒性较差)根系抗氧化酶活性及内源激素含量的影响。结果表明,低温胁迫对小麦根系中抗氧化酶活性和内源激素含量的影响均达到显著水平(P0.05)。2个小麦品种受到低温胁迫后,根系中超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)活性均显著增强,丙二醛含量(MDA)显著下降,且拔节期低温处理小麦的抗氧化酶活性增强幅度更大,MDA含量下降幅度更小。抗寒性较强的小麦品种(烟农19)根系中脱落酸(ABA)、赤霉素(GA3)和生长素(IAA)含量在低温胁迫后均表现为上升趋势。抗寒性较差的品种(郑麦9023)根系中GA3含量在低温胁迫后增加;ABA含量在低温胁迫后下降;IAA含量在分蘖期低温胁迫后表现为增加,拔节期表现为下降。以上结果表明,分蘖期和拔节期遭受低温后,不同品种稻茬小麦根系中抗氧化酶活性及激素含量受影响的程度不同,抗寒性差的品种根系受低温影响较大,且以拔节期影响更为严重。     

内蒙古绒山羊TNFRSF1A基因shRNA表达载体的构建及鉴定

通过设计和合成TNFRSF1A基因的3条靶向shRNA,并分别插入到pSGU6/GFP/Neo载体中,成功构建出了3个干扰载体,通过脂质体介导法将干扰载体成功转入到内蒙古绒山羊胎儿成纤维细胞中,并利用Real Time PCR检测TNFRSF1A基因的表达量。由结果可知,TNFRSF1A基因的干扰载体经测序鉴定证明构建成功,干扰载体转染内蒙古绒山羊胎儿成纤维细胞24 h后可见绿色荧光表达,当到达48 h时,转染效率达到最大, shRNA-1、 shRNA-2、 shRNA-3三组中TNFRSF1A的mRNA表达水平均低于转染空载体的NC组,且shRNA2对TNFRSF1A的mRNA表达具有最佳的干扰效果。综上所述,该研究成功构建了TNFRSF1A干扰载体,为进一步研究绒山羊TNFRSF1A基因在毛囊生长与周期调控的作用奠定基础。