云南金花茶转录组序列分析及功能注释

【目的】深入研究云南金花茶优良性状、基因功能和基因分布特征,可为云南金花茶乃至山茶属植物功能基因的探索以及该物种的遗传保护提供基础生物信息学理论参考。【方法】采用Illumina Hi Seq 2000技术,对云南金花茶叶片进行转录组测序及相关数据分析,在对测序数据整理、de novo组装后,获得Unigene序列,继而利用相关生物信息学数据库进行序列比对。【结果】组装后,共获得95 979条Unigenes,其中N50(拼接转录本不小于总长50%的长度)为1 660 nt,平均长度为1 124 nt,Q20和Q30序列(处理后质量高于20和30的碱基)分别占96.39%和91.28%。经比对,在Nr、Nt、Swiss-Prot中能得到注释的Unigene分别为58 830、43 623、44 315条。在GO中,有41 905条(43.66%)Unigenes注释224 129个GO功能,将其分为3个大类和56亚类,所占比例最多的为生物过程这一类功能。在KOG中,有23 499条(24.48%)Unigenes注释26 430个KOG功能信息,将其分为26个基因功能大类,其中表达量较高的分别是一般功能基因和翻译后修饰、蛋白质转化、伴侣功能的相关基因。另外,共有23 214条(24.18%)Unigenes在KEGG中得到注释,根据其涉及的相关通路可将其归为19个亚类,其中以代谢通路较为丰富。此外,利用相关数据库和ESTScan软件对云南金花茶转录组Unigene进行CDS比对和预测,共预测到26 428条CDS,其长度集中在100～500 nt,占总CDS的82.10%。【结论】云南金花茶所含基因信息丰富,利用分析得到的所有注释信息可以更深层次地探索其基因组信息和基因分布情况。     

香花枇杷质体基因组序列密码子偏性分析

选取香花枇杷质体基因组进行密码子使用偏好性的生物信息学分析,用于理解其密码子使用偏性的主要原因,为今后该属植物基因的进化、起源以及转化体系中载体构建等方面研究提供借鉴。利用Codon W 1.4.2、SPSS statistics 17.0、Excel 2016和cusp等软件对筛选出的37条基因编码序列密码子进行最优密码子分析、中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot绘图分析。结果表明,ENC平均值为47.02;GC₃与GC₁、GC₂的相关性均不显著;GC_all为39.08%,GC₁（48.79%）>GC₂（40.18 %）>GC₃（28.44%）;RSCU>1的29个密码子中有28个以A或U结尾;PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于左下方位置;确定了UUU、UUG、CUU等15个最优密码子。香花枇杷叶绿体基因组中,同义密码子的使用偏性较弱（47.02）;密码子的第1、 2位碱基组成比较相似,但均不同于第3位;整体A、U含量大于C、G,末位碱基以A、U为主,且嘧啶的使用频率高于嘌呤;香花枇杷叶绿体基因组密码子的使用模式主要受到选择、突变的和其他因素的综合作用影响。     

荒漠草原不同植被覆盖下土壤粒度组成与速效养分特征

为探究不同植被覆盖度对土壤粒径分布和养分特征的影响,以不同植被覆盖度下的土壤为研究对象,对比分析了不同土层深度土壤速效磷、速效钾、碱解氮、有机质含量以及土壤机械组成及其各项指标之间的关系。结果显示:植被从低覆盖度到中覆盖度,土壤粘粒、粉粒含量分别增加50%、66.55%,差异显著(P0.05);3种植被盖度下土壤有机质含量均向表层聚集,中覆盖到高覆盖土壤有机质含量增加85.73%,速效磷、碱解氮和速效钾含量均增加;土壤养分与粒径存在一定的相关性,植被盖度与粉粒和有机质呈显著正相关,与速效钾呈极显著正相关,相关系数为0.628。土壤粉粒与有机质、碱解氮呈显著相关,与速效钾呈极显著正相关。植被覆盖度低、地表裸露的地区极粗砂含量增加,较细的沙粒含量降低,引起土壤肥力下降。     

朱蕉叶绿体基因组特征与系统发育分析

朱蕉(Cordyline fruticosa)是一种常见的园艺植物,广泛分布于亚洲、大洋洲、南美洲等热带地区.为了明确朱蕉叶绿体基因组特征,了解其系统发育地位,利用Illumina测序技术对其叶绿体基因组测序后,进行中线性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点等相关数据的挖掘和分析.结果表明:朱蕉叶绿体基...     

浮萍在污水处理厂二级出水中的生长及氮磷含量研究

以经筛选得到的当地优化浮萍品种——少根紫萍和稀脉浮萍为供试材料,以扬州某污水处理厂二级出水为供试水,考察了夏季气候条件下2种浮萍在供试水中生物量的增加情况和体内的氮磷含量,并计算得到2种浮萍对氮磷的净积累量.结果表明:稀脉浮萍的生物量增加得更快,在15 d的培养期内,鲜生物量由初始的62.5 g/m2增加到试验结束时的248.9g/m2,增加了近3倍,干生物量增加了2.4倍.少根紫萍的鲜生物量由初始的62.5 g/m2增加到139.1 g/m2,增加了1.2倍,干生物量增加不到1倍.稀脉浮萍的含水率约为95％,高于少根紫萍91％左右的含水率.2种浮萍体内的氮磷含量都比较稳定,变幅较小.稀脉浮萍对氮磷的积累量大于少根紫萍对氮磷的积累量.     

盐胁迫对连翘叶绿素荧光参数的影响

以2年生连翘(Forsythia suspense(Thunb.)Vahl)扦插幼苗为试材,采用温室盆栽的方法,利用便携式脉冲调制叶绿素荧光仪测定了不同质量浓度(0.00%、0.20%、0.40%和0.60%)NaCl胁迫下连翘叶片各项叶绿素荧光诱导动力学参数变化特征。结果表明:随着盐分胁迫的加重,连翘叶片的PSII最大光化学效率(F_v/F_m)、光化学荧光淬灭系数(q_P)值呈降低的趋势,且重度胁迫下连翘Fv/Fm、qP值与其它处理间差异显著(P0.05)。从中度盐分胁迫开始,连翘PSⅡ反应中心开放程度减小,光合特性显著降低;而连翘的Y_(NPQ)随着盐胁迫的加剧随之增大,重度胁迫下达到峰值,在盐分胁迫过程中连翘叶片的表观光合电子传递速率(ETR)在轻、中度胁迫与CK间差异不显著(P0.05);F_v/F_m与ETR呈极显著正相关(P0.01),ФPSⅡ与Y_(NPQ)呈显著负相关(P0.05),q_P与q_N和ETR分别呈极显著负相关,ETR与Y_(NO)呈显著负相关。     

云南火焰兰转录组SSR分布及其序列特征分析

[目的]分析云南火焰兰转录组中SSR分布及其序列分布特征,为大量开发EST-SSR引物及开展火焰兰属乃至兰科植物的SSR遗传多样性分析、种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种提供理论依据.[方法]以云南火焰兰无菌苗幼嫩叶片为材料,利用高通量测序技术进行转录组测序,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并以MISA对获得的Unigene进行SSR位点搜索,然后利用Excel 2010对云南火焰兰转录组中SSR出现频率、平均分布距离、基元类型及其重复类型组成等进行统计分析.[结果]从77888条去冗余的Unigenes序列中搜索到5051个SSR位点,其中有414个属于复合型SSR位点,实际以4637个SSR位点进行分析,SSR出现频率为5.95%,平均分布距离13.53 kb.SSR位点中,二核苷酸为主要重复基元类型,数量最多,占SSR总数的52.21%,其次是三核苷酸重复基元,占39.42%,四核苷酸重复基元~六核苷酸重复基元数量较少.其中,二核苷酸重复基元中的主要重复类型为CT/GA,占SSR总数的20.64%,三核苷酸重复基元的主要重复类型为CTT/GAA,占SSR总数的4.70%.SSR基元各重复类型的重复次数以5~8次居多,占SSR总数的73.35%,其中,占比最多的是6次重复,占SSR总数的26.98%,其次是5次和7次,分别占SSR总数的23.08%和14.02%,且SSR数量随各基元重复次数的增加而降低.云南火焰兰转录组中SSR基序的平均长度是18.28 bp,其中大小为12~20 bp的SSR基序占SSR总数的77.49%,21~30 bp基序占SSR总数的17.88%,大于30 bp的基序占SSR总数的4.63%,且SSR分布频率随基序长度的增加而下降.[结论]云南火焰兰转录组SSR中低级基元类型较丰富,开发出多态性高的SSR引物潜力较高,可用于云南火焰兰乃至火焰兰属植物的遗传多样性及种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种等研究.     

1株幼草鱼病原菌的分离鉴定及药敏试验

为了研究草鱼幼鱼大规模死亡的原因,试验采用微生物学方法从养殖的患病幼草鱼(Ctenopharyngodon idellus)组织分离出1株病原菌XNDX-1,并对其进行鉴定.结果表明:该菌为革兰阴性,杆状,菌落呈黄色,不透明;氧化酶试验结果阴性;回归试验证明该菌为幼草鱼的病原;肠杆菌科生化编码鉴定管鉴定该菌为迟钝爱德华...     

不同磷浓度下浮萍生长和去除磷效率研究

以少根紫萍、稀脉浮萍和紫萍为供试材料,以霍格兰氏营养液为培养液,考察了夏季气象条件下3种浮萍在培养液中鲜重的增加和去除磷效率的情况。结果表明:浮萍在磷浓度为0.1~46.5 mg/L的水体中均可生长。浮萍生长的最适磷浓度范围为0.1~15.5 mg/L,其中磷浓度在3.1 mg/L左右的情况下,浮萍长势最佳。相对于稀脉浮萍和少根紫萍,紫萍表现出一定的磷去除优势,尤其是在高磷浓度条件下紫萍磷去除的优势更为明显。     

直角运输轨道的研究

介绍了目前物料运输轨道直角换轨方式的研究现状,并设计了一种新型的,便于自动化、数字化控制的直角换向运输系统.在相互垂直的轨道交叉点处不需要圆形转盘和提升装置,该系统的运输方式是通过伺服电机进行驱动,依靠其工作台底部的啮合齿与齿形带的齿条啮合,进行90°转弯换向,适用于要求数字化控制,运输精度高的自动化生产线上.