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土壤宏基因组学研究方法与进展 总被引:3,自引:0,他引:3
土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生物群落组成和功能有其局限性。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能(序列驱动),或构建宏基因组文库,筛选新的基因或生物活性物质(功能驱动),克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认知。本文在综述土壤宏基因组学研究基本流程的基础上,重点介绍了日益重要的第二代测序平台在土壤宏基因组学研究中的应用及其产生的海量数据的分析处理方法,并简要探讨了宏基因组学在土壤微生物生态学中的应用。最后,作者建议在国家层面上展开相关土壤宏基因组学研究,调查微生物群落及其变化,为生物资源开发、农业生产和环境保护作出应有的贡献。 相似文献
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3株产β-甘露聚糖酶菌株的分离和鉴定 总被引:2,自引:0,他引:2
从新疆极端干燥环境土壤样品中,以葡甘露聚糖(魔芋精粉)为唯一碳源,利用水解圈筛选法筛选到3株具有β-甘露聚糖酶活性的菌株.分别提取3株细菌基因组并经16S rRNA序列比对分析,确定3株菌分别属于芽孢杆菌(Bacillus sp.)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa). 相似文献
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通过构建DNA池和测序的方法,分析了蓝塘猪和长白猪Mx1基因5’外显子1和内含子2共计1 514 bp(2 218~3 731)单核苷酸多态性.结果表明:在1 514 bp的序列上共发现了8处单核苷酸突变,1处为颠换,7处为转换,依次是:2 593G>A、2 740T>C、2 792C>T、2 855C>T、2 962C>A、3 004C>T、3 669T>C、3 690A>G.生物信息学预测发现猪Mx1基因内含子2上也存在多个转录因子结合位点,其中2 740T>C和3004C>T分别位于潜在的转录因子LEF1和AP1的结合位点,但是没有位于结合位点的核心序列. 相似文献
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【目的】研究P-cadherin在‘高山美利奴羊’皮肤毛囊(hair follicle,HF)基板形成过程中的分布及表达情况,初步探讨P-cadherin是否可以作为‘高山美利奴’羊毛囊基板的标记物.【方法】以90-114d胎龄的‘高山美利奴羊’腹部皮肤作为材料,通过冰冻切片、HE染色、荧光定量PCR、免疫组化技术研究P-cadherin在毛囊基板形成过程中的表达规律.【结果】免疫组化结果显示,P-cadherin在胚胎毛囊形成时期的表皮、表皮基底层、真皮、隆突基底层、基板以及毛芽中都呈现阳性表达.荧光定量结果显示,在胎龄90、96、102、108、114d的相对表达量分别为(0.016 7±0.008 4)(0.113 4±0.052 9)(0.937 8±0.245 3)(0.068 4±0.026 8)(0.062 3±0.045 6).90d与96d相比差异显著(P=0.049 30.05),96d与102d相比差异不显著(P=0.088 90.05),102d与108d相比差异显著(P=0.023 50.05),108d与114d相比差异不显著(P=0.512 40.05).96d以后的相对表达量高于90d的相对表达量.90d到102d相对表达量逐渐升高,102d以后相对表达量逐渐降低,108d以后相对表达量趋于平稳,但是略高于114d的相对表达量,有降低的趋势.【结论】初步可以断定P-cadherin可以作为‘高山美利奴羊’毛囊基板的标记物. 相似文献
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不同动物模型对高山美利奴羊早期生长性状遗传参数估计的比较 总被引:3,自引:0,他引:3
【目的】研究不同动物模型对高山美利奴羊早期生长性状遗传参数估计的影响,筛选适合高山美利奴羊早期生长性状遗传参数估计的最佳动物模型并估计早期生长性状的遗传参数,为高山美利奴羊早期阶段的选育提高提供理论依据。【方法】运用ASReml软件对固定效应进行F检验,判断固定效应中的因子是否显著,筛选出对高山美利奴羊早期生长性状具有显著影响作用的固定效应;其次运用ASReml软件中的AIREML算法通过不同动物模型估计高山美利奴羊早期生长性状的遗传参数,根据各模型随机效应的不同构建了4个动物模型,各模型中均包含固定效应、随机效应和残差效应,其中模型1的随机效应包括个体加性遗传效应,模型2的随机效应包括个体加性遗传效应、母体遗传效应,模型3的随机效应包括个体加性遗传效应、个体永久环境效应,模型4的随机效应包括个体加性遗传效应、母体遗传效应和个体永久环境效应。最后,通过赤池信息量准则(AIC)指数和似然比检验(LRT)对不同模型中的随机效应进行比较分析筛选出最佳动物模型,利用最佳动物模型估计出高山美利奴羊早期生长性状的遗传参数。【结果】(1)血统类型、出生年份、配种月份、初生月份、群别、性别以及出生类型对高山美利奴羊早期生长性状初生重、断奶重、断奶前平均日增重和断奶毛长均有极显著的影响(P<0.001),除性别和出生类型对妊娠期的影响不显著外,其余各固定效应对妊娠期的影响极显著(P<0.001)。(2)各模型估计的初生重遗传力为(0.0924±0.0160)-(0.2073±0.0226),母体效应的遗传力为0.1623±0.0113;断奶重遗传力为(0.0651±0.0126)-(0.1027±0.0159),母体效应的遗传力为(0.1097±0.0407)-(0.1098±0.0112);断奶前平均日增重的遗传力为(0.0681±0.0130)-(0.1001±0.1061),母体效应的遗传力为0.0898±0.0112;断奶毛长的遗传力为(0.0865±0.0148)-(0.0937±0.0149),母体效应的遗传力为0.0173±0.0107;妊娠期的遗传力为(0.0902±0.0174)-(0.1119±0.0189),母体效应的遗传力为0.0477±0.0146。(3)通过赤池信息量准则(AIC)指数和似然比检验(LRT)对不同模型中的随机效应进行比较分析发现,早期生长性状受个体加性遗传效应和母体遗传效应影响极显著,而受个体永久环境效应的影响可以忽略不计。因此,模型2是高山美利奴羊早期生长性状遗传参数估计的最佳动物模型。【结论】高山美利奴羊早期生长性状受母体遗传效应的影响比其他随机效应更显著;模型2为高山美利奴羊早期生长性状遗传参数估计的最佳动物模型。基于最佳动物模型估计的初生重、断奶重、断奶前平均日增重、断奶毛长、妊娠期的遗传力分别为0.0924±0.0160、0.0651±0.0126、0.0681±0.0130、0.0865±0.0148、0.0902±0.0174,母体遗传效应分别为0.1623±0.0113、0.1098±0.0112、0.0898±0.0112、0.0173±0.0107、0.0477±0.0146。 相似文献