番茄黄化曲叶病毒侵染危害海南番茄及其分子特征

[目的]明确引起海南三亚、东方和陵水番茄黄化曲叶病的病毒分子特征,为防控该病害提供科学依据.[方法]以2019年2月从海南三亚、东方和陵水采集的15份疑似番茄黄化曲叶病样本为材料,采用菜豆金色花叶病毒属病毒的通用简并引物AV494/CoPR对15份样本进行PCR检测,并对PCR检测为阳性的样本进行滚环扩增(RCA)及基因克隆,获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的病毒基因组全序列,进而在GenBank数据库BLASTh程序进行相似性比对,利用SDT 1.2的MUSCLE alignment进行序列相似性比较分析,采用MEGA 6.0的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树,明确所获得病毒分离物与已报道分离物的亲缘关系.[结果]获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的3个番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)分离物基因组全序列,其大小均为2781 nt,编码6个开放阅读框(ORF),其中病毒链上AV1和AV2基因,互补链上AC1、AC2、AC3和AC4基因.相似性比对分析结果表明,TYLCV海南分离物与墨西哥和美国分离物的相似性在99.0%以上,与来自我国不同省(市)的14个TYLCV分离物的相似性在98.0%以上.系统发育进化分析显示,海南三亚、陵水和东方3个分离物与墨西哥、美国及我国北京和江苏分离物聚集在一个小分支,进一步与来自我国其他12个省(市)、韩国、哥斯达黎加和澳大利亚的分离物形成一个分支.[结论]侵染海南番茄的TYLCV可能来自我国大陆的番茄等种苗和烟粉虱带毒传入,也有可能来自墨西哥和美国等其他国家.     

爪哇花蜱的形态学和分子标记特征

为了便于识别和鉴定爪哇花蜱,本试验从湖南省长沙市南郊公园穿山甲体表采集了爪哇花蜱,并借助体视显微镜超景深系统观察雌、雄成蜱的形态结构,通过分子生物学技术测定了COX1和16S rDNA基因序列。结果显示,雌性成蜱假头基呈矩形;孔区小而深;须肢前宽后窄,第2节长;盾板暗赤褐色,无珐琅斑,心脏形;眼小而扁平,不明显,仅见一痕迹;肛沟位于肛门后;气门板呈逗点形。雄性成蜱假头基、须肢、眼、肛沟和气门板特征与雌蜱相一致;盾板特点为呈宽卵圆形,无珐琅斑,周缘暗赤褐色,中部稍浅,呈黄褐色。爪哇花蜱COX1基因序列与国外花蜱属蜱种Amblyomma fimbriatum、Amblyomma triguttatum等的COX1基因序列相似度均为83%;爪哇花蜱16S rDNA基因序列与嗜龟花蜱、龟形花蜱等花蜱的16S rDNA基因序列相似度为85%～88%,相似度均较低。结果表明:爪哇花蜱具有显著、易辨识、易鉴定的形态学和分子标记特征。     

江苏盐城某规模化猪场隐孢子虫感染现状调查

为了调查江苏盐城某猪场的隐孢子虫感染情况,采集300份仔猪新鲜粪样,提取基因组DNA,应用PCR方法对隐孢子虫18S rRNA和ITS序列进行扩增、克隆和序列分析。共检出41份阳性样品,阳性率为13.67%,克隆得到的序列大小分别为429 bp和532 bp。系统发育进化树分析显示,该猪场感染的隐孢子虫为鸵鸟隐孢子虫(Cryptosporidium struthioni)。猪感染鸵鸟隐孢子虫在我国尚属首次。本研究结果不仅丰富了我国猪隐孢子虫感染的流行病学资料,也为本地区隐孢子虫病的防控奠定了基础。     

长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记，为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示，从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列；刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征，其中，单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型，分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%；不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同，其中，A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%，AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%，AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%；不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同，重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势；从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记，并以此为基础，对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估，结果显示，长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明，基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的，所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

猪流行性腹泻病毒河南分离株全基因扩增及序列分析

为进一步了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的分子流行病学特征,从阳性病料中分离得到1株河南毒株(命名为HeN17-2011),设计13对引物,对分离株HeN17-2011的基因序列进行RT-PCR扩增和全基因组3′Race、5′Race扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其全基因序列,并与近十几年的流行毒株进行了序列比对分析。结果显示:分离株HeN17-2011基因组全长为28 038 bp(不含polyA尾),基因组结构为5′UTR-ORF1-S-ORF3-E-M-N-3′UTR,与PEDV基因组的结构特征相符;通过与GenBank中已发表的国内外毒株ZJCZ4、CV777、DR13等26株PEDV序列进行比对发现,HeN17-2011与NW8的同源性最高为99.4%,与标准株CV777、韩国毒株DR13(JQ023161.1)和DR13(JQ023162.1)、美国毒株Illinois261、意大利毒株PEDV-1842-2016-ITA的同源性分别为96.9%,97.7%和97.3%,99.2%,98.7%,与SD-M的同源性最低为96.4%;PEDV分离株HeN17-2011与标准株CV777、韩国毒株DR13处于不同的分支上,遗传关系较远,属变异毒株,但与我国的流行毒株CH-SCZY103-2017、NW8等遗传关系较近;通过对全基因组序列分析发现,我国PEDV流行株在ORF1b、ORF3、E基因、M基因和N基因上的长度是保守的,它们虽然均存在点突变,但没有碱基的插入和缺失,我国流行株基因组长度变化主要与5′UTR、ORF1a、S基因、ORF3和3′UTR的碱基插入、缺失密切相关。     

江苏地区副猪嗜血杆菌病流行现状调查

为了分析副猪嗜血杆菌病在江苏区域流行现状,选取江苏省不同地区疑似发病猪场,进行临床症状分析、病理学变化观察、病原分离鉴定、血清学检测等试验。结果显示:317份病料中副猪嗜血杆菌(Haemophlius parasuis, HPs)阳性率为11.54%～27.55%,平均感染率为20.50%;从发病猪场共分离到HPs 43株,其中优势血清型为12型(37.21%)、4型(16.28%)和5型(13.95%),未定型菌株9株(20.93%),分型菌株占所有菌株的79.07%;PCR检测显示,HPs与猪圆环病毒(PCV2)、猪伪狂犬病毒(PRV)存在混合感染现象,感染率达30.77%。研究结果为江苏地区副猪嗜血杆菌病的防制提供了参考。     

青海贵南某牧场犊牦牛腹泻病原的分子鉴定分析

青海省贵南县某牧场发生犊牦牛腹泻疾病,为快速确诊发病犊牦牛腹泻的致病原因,及时防控和治疗,采集犊牦牛腹泻样品15份,利用形态学方法和分子生物学方法进行鉴定与分析。结果显示:引发该牧场犊牦牛腹泻的病原是隐孢子虫(Cryptosporidium)和邱氏艾美耳球虫(Eimeria zurnii,E.zurnii)、牛艾美耳球虫(Eimeria bovi,E.bovi)、椭圆艾美耳球虫(Eimeria ellipsoidalis,E.ellipsoidalis)的混合感染,测序结果显示,瑞氏隐孢子虫(Cryptosporidium ryanae,C.ryanae)的18S rRNA基因与参考序列中国株CP031554/3/2/1同源性在99%以上,各个种球虫与引用参考序列的同源性均在98%以上。同时,遗传进化树显示:本次检测的C.ryanae与中国株C.ryanae 18S rRNA基因同源性关系近,聚成一大支;三种球虫分别与其相同种聚集在一支上。结果表明,该牧场犊牛腹泻是由隐孢子虫和球虫的混合感染造成的,该研究为犊牛腹泻的病原学研究和流行病学调查提供了参考数据,为寄生虫性病原的对症治疗、对因治疗和辅助支持治疗提供了帮助。     

犊牛副伤寒的诊断与防治

犊牛副伤寒是由沙门氏菌属细菌所引起的一种传染病.常见于10-40日龄的幼犊.其特征是表现败血症和胃肠炎的症状,慢性病例还可表现肺炎和关节炎. 1 病原和流行病学 常见的病原为都柏林、肠炎及鼠伤寒三种沙门氏菌.