牛ACAA1和ACAA2基因多态性及其与生产性状的关联分析

以鲁西牛、秦川牛、安格斯、海福特和西门塔尔与蒙古牛杂交牛5个品种共178头为试验材料,通过等位基因特异性聚合酶链式反应（AS-PCR）技术,发现牛乙酰辅酶A酰基转移酶1（ACAA1）基因的A1066G（GenBank登录号：EF576938）和A1452G（GenBank登录号：EF576938）2个单核苷酸多态（SNP）,其中A1066G突变位于外显子9,是同义突变,A1452G突变位于3′非翻译区（UTR）;发现牛乙酰辅酶A酰基转移酶2（ACAA2）基因的C33119T（GenBank登录号：EF583005）单核苷酸多态,位于内含子8上。对ACAA1基因的2个SNP进行分析没有发现单倍型。2个基因多态性与牛生长性状的关联分析表明：ACAA1基因A1066G突变位点的3种基因型间眼肌面积差异显著（P〈0.05）,AA型最高,AG型次之,GG型最低;ACAA1基因A1452G突变位点的3种基因型间眼肌面积差异显著（P〈0.05）,GG型最高,AG型次之,AA型最低;ACAA2基因C33119T突变3种基因型间日增重差异极显著（P〈0.01）,其中CT型最高,TT型次之,CC型最低;眼肌面积差异显著（P〈0.05）,其中CC型最高,TT型次之,CT型最低。     

利用一般线性模型分析奶牛乳房炎的影响因素

为了有效地防控奶牛乳房炎,并掌握其发病原因,试验利用一般线性模型,分析了品种、年龄、胎次、泌乳月和采样季节诸因素对奶牛乳房炎的影响。结果发现:乳用牛比乳肉兼用型牛更容易患乳房炎;随着年龄的增长,奶牛乳房炎的发病率上升;在潮湿多雨的季节里,奶牛更容易得乳房炎;随着泌乳月的加大、胎次的升高乳房炎发病率有上升的趋势。     

牛Smad4基因cDNA克隆及生物信息学分析

Smad4基因在TGF-β细胞内信号传导过程中起重要作用,通过生物信息学方法,结合RT-PCR技术和SMART RACE技术,对牛Smad4基因进行了克隆,得到了3 503 bp cDNA全长序列并向GenBank递交了该序列,登录号：DQ494856。通过核酸序列分析发现,牛Smad4基因由12个外显子组成,编码553个氨基酸。该基因与绵羊、猪、人、大鼠和小鼠在核酸序列上分别有99%、96%、95%、91%、91%的同源性;在氨基酸序列上分别有99%、98%、98%、99%和98%的同源性,牛Smad4基因的组织表达谱很广,在睾丸、胰腺、肝、小肠、卵巢、淋巴结、心肌、骨骼肌、胸腺组织中都有表达。     

7个牛品种PON2基因第9外显子SSCP分析及其外显子多态性扫描

对氧磷酶2（Paraoxonase-2,PON2）产物是脂肪代谢过程中的抗氧化酶,被确定为影响相关重大心血管疾病和人类寿命的重要候选基因。本研究利用直接测序法对PON2基因所有外显子进行多态位点扫描,利用PCR-SSCP技术对中国西门塔尔牛、鲁西牛、秦川牛、晋南牛、荷斯坦牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛7个品种的478头个体PON2基因第9外显子T98C位点进行多态性分析。结果表明,PON2基因外显子上共发现4个单核苷酸突变位点,但均未引起氨基酸的改变;第9外显子扩增大小为167bp的片段存在单链构象多态性。除鲁西牛和荷斯坦牛外,其它5个品种牛在该基因座位都处于Hardy—Weinberg平衡状态（P〉0．05）。鲁西牛、南阳牛、晋南牛和荷斯坦牛4个群体处于中度多态（0．25〈PIC〈0．50）,其它3个牛种为低度多态。除摩拉水牛和尼里-拉菲水牛不存在AA基因型外,其它5个牛品种中均存在AA、AB、BB3种基因型,但优势等位基因在7个品种牛群体中存在差异,基因型频率在鲁西牛和南阳牛中AA〉AB〉BB;晋南牛则3种基因型频率之比约为1：1：1;中国西门塔尔牛则出现严重的偏态,B等位基因为绝对优势等位基因;2种水牛中,BB基因型为优势基因型,B等位基因为优势等位基因。利用SAS9．1软件GLM过程分析基因型均值,用邓肯法（Duncan’s）进行基因型间的多重比较,将该基因座不同基因型与7个牛品种间和鲁西牛6个年龄组（n=238）进行了差异分析,结果表明,不同基因型在品种间存在极显著的差异（P〈0．01）;鲁西牛各年龄组与各基因型间差异不显著（P〉0．05）,但各种基因型间存在有着极显著的差异（P〈0．01）。结合各种基因型个体在不同年龄组间的变化趋势,AA型个体可能具有相对较长的使用寿命。     

牛组织高质量总RNA和mRNA的提取

实验以牛肌肉、肝脏等组织为材料,分别应用一步法和磁珠法提取总RNA和mRNA,通过反复试验分别改进提取过程中的部分操作步骤。结果表明：提取的的RNA和mRNA具有较好的均一性和完整性,符合进一步研究的需要。为不具备专用RNA操作间的实验室开展此方面的工作提供参考。     

奶牛TLR2基因EcoR V酶切多态性与体细胞评分的关联分析

利用PCR-RFLP技术对中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛3个奶牛品种207头个体的TLR2基因进行多态性分析.结果表明：3个奶牛群体的扩增片段为448 bp,PCR产物经限制性内切酶EcoRV酶切后均表现出中度多态,其中中国西门塔尔牛PIC为最高,且3个奶牛品种在该基因座位均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）.最小二乘值表明：该酶切多态位点对3个奶牛品种SCS的影响达到了显著水平（P＜0.05）,且BB基因型个体的SCS显著低于AA和AB基因型个体（P＜0.05）,说明BB基因型为抗乳房炎的有利基因型.     

奶牛TLR2基因遗传变异与乳房炎体细胞评分的相关研究

选用中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛共207头奶牛为研究对象,采用PCR-RFLP和创造酶切位点RFLP（CRS-RFLP）技术对其TLR2基因进行多态性研究,发现TLR2基因第2外显子上T/G,G/A和G/A 3个突变,分别是EcoRⅤ,HaeⅢ和HhaⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中T/G突变引起蛋白质氨基酸天冬氨酸/谷氨酸的变化。对3个酶切多态位点进行基因型分析,χ^2检验表明：中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛在3个酶切多态位点都达到了Hardy-Weinberg平衡。中国西门塔尔牛在3个酶切多态位点PIC为最高。运用SAS9.0软件,采用最小二乘拟合一般线性模型分析了3个酶切多态位点与中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛体细胞评分（SCS）的关系,结果表明：在这3个酶切多态位点中,只有EcoRⅤ酶切多态位点BB基因型个体的SCS显著低于AA和AB基因型个体（P〈0.05）,说明BB基因型可能为抵御乳房炎的有利基因型。     

SSCP技术用于牛mtDNA多态性检测的可行性研究

采用SSCP方法对523头牛线粒体DNA的D-loop序列和12S rRNA基因序列进行多态性研究，再结合DNA直接测序技术发现D-loop序列的SSCP结果与直接测序结果不相符，而12S rRNA的SSCP检测结果与测序结果相同，结果发现对于高变异率片段如线粒体DNA D-loop片段，不适合用 SSCP方法进行多态分析；而对于比较保守的片段，如12S rRNA片段适合用SSCP进行多态性分析。     

基于生物信息学的SNPs候选位点的筛查

单核苷酸多态性(s ing le nucleotide po lym orph ism s,SNP s)是生物基因组中最常见的遗传多态。SNP s作为新一代分子遗传选择标记,在遗传学和医学研究的很多方面有重要作用。最近几年,国际上出现了一种基于生物信息学的发掘SNP新方法。作者对采用该方法进行SNP s筛查的各种策略及其发展现状作一介绍。     

牛UCP3基因多态性及其与血清生化指标的相关性研究

解耦联蛋白3(UCP3)是位于线粒体内膜的质子转运体,其在适应性产热、体重调节和能量代谢中发挥重要作用.本试验利用PCR-RFLP技术研究了鲁西牛、西门塔尔牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛4个品种151头牛的UCP3基因的多态性及其与血清生化指标的相关性,为研究牛的能量代谢及耐热、耐寒性提供参考依据.结果表明:牛UCP3基因的第3外显子存在限制性内切酶BglⅠ多态.4个群体中的优势等位基因均为A,鲁西牛和西门塔尔牛的优势基因型均为AB型,在尼里水牛和摩拉水牛中AA基因型略占优势.在所研究的群体中,该多态基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).对遗传多态性与血清生化指标进行相关性分析后,发现鲁西牛的β球蛋白含量AA基因型个体显著高于AB型(P＜0.05),尼里水牛的血清钾和α2球蛋白含量AA型个体显著高于AB型(P＜0.05),水牛品种白蛋白含量和α2球蛋白含量与鲁西牛和西门塔尔牛差异显著,为进一步研究水牛与黄牛的差异提供了参考.