SD大鼠Krt71基因序列的分子克隆

参考大鼠Krt71基因序列,用PCR方法对SD大鼠Krt71基因DNA和cDNA序列进行克隆,获得SD大鼠Krt71基因的8 206bp的DNA序列(GenBank登录号:KF311105)和1 575bp的cDNA序列(GenBank登录号:KF303589),编码524个氨基酸。SD大鼠与国外报道的BN大鼠、小家鼠、家猫、家绵羊、家牛、苏门答腊猩猩和人等7个物种的Krt71基因cDNA序列的同源性分别为99.9%,95.2%,88.5%,87.5%,88.0%,88.1%,88.1%;其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为100.0%,98.9%,92.5%,91.5%,91.3%,91.5%,92.1%。这一结果表明Krt71基因在进化过程中具有较高的保守性,但不同物种之间也具有功能上的特异性。通过比较SD大鼠Krt71基因与GenBank数据库中发布的Krt71基因的序列,本试验发现了6个SNP位点,这些位点位于该基因的内含子序列,没有改变氨基酸的性质,这一研究结果为Krt71基因的SNPs数据库提供了新的内容。     

家蝇幼虫双翅肽MdDpt I成熟肽基因的克隆与原核表达

对鸡沙门氏菌诱导家蝇幼虫构建的抑制性消减文库(SSH)中筛选得到的家蝇双翅肽I(Musca domesticaDiptericin I,MdDptI)基因进行克隆、表达,并对表达产物的抑菌活性进行初步研究。以沙门氏菌诱导家蝇幼虫cDNA为模板,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE),对MdDptI基因进行扩增,并对扩增产物进行测序和生物信息学分析,进一步去掉信号肽并构建重组表达质粒pET-28a-MdDptI,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达,对表达产物进行SDS-PAGE电泳分析。借助亲和纯化获得目的蛋白,并验证目的蛋白的生物活性。MdDptI基因全长为419 bp,包含一个300 bp的完整开放阅读框(ORF),编码99个氨基酸,其cDNA序列与GenBank中登录号为FJ794602.1的家蝇双翅肽基因同源性为95%。构建了家蝇MdDptI基因的成熟肽原核表达质粒pET-28a-MdDpt-I,并获得成功表达,表达产物约为12 ku,与预期结果一致。纯化后的目的蛋白表现出一定的抑菌活性。本试验获得了MdDptI基因的全长序列,构建了原核表达载体,并成功获得表达纯化。     

鸭甲肝病毒VP1基因克隆及序列分析

通过PCR技术,从自行分离的鸭甲肝病毒JS株基因组中扩增出病毒衣壳蛋白VP1完整基因片段,并对该片段进行序列测定及分析。结果显示JS-VP1与DHAV-A的VP1基因序列酸核苷酸同源性在62.0%~64.4%之间,与DHAV-B的VP1基因序列酸核苷酸同源性在63.6%~63.8%之间,与DHAV-C的VP1基因序列酸核苷酸同源性在92.3%~98.5%之间,分析表明JS株为鸭甲肝病毒基因C型,血清型分型为韩国新型。进化树表明JS株与SD02株的亲缘关系较进,进一步说明VP1基因的核苷酸序列是DHAV基因组中的高度可变区,可作为DHAV基因型研究的标记,分离毒株为DHAV的防治及疫苗的设计奠定了基础。     

盐生草Actin基因片段的克隆及表达

根据藜科植物的肌动蛋白(Actin)基因编码区保守序列设计一对简并引物,提取盐生草(Halogeton glomeratus)叶片的总RNA,运用RT-PCR技术扩增出Actin基因的核心序列并连接到pMD19-T载体,阳性克隆经PCR检测后进行测序。序列分析表明,盐生草Actin基因核心序列长度为598bp,编码198个氨基酸,并在GenBank中注册,登录号为KF699314,由盐生草Actin基因推导的氨基酸序列与其他几种耐盐植物的同源性均在94%以上,具有高度的保守性。采用荧光定量RT-PCR技术分析其Actin基因在盐生草不同器官的表达情况,结果显示其表达量恒定无差异,表明克隆的Actin基因可作为盐生草内参基因来研究其相关耐盐基因的表达。     

林龄、叶龄对亚热带杉木人工林碳氮稳定同位素组成的影响

[目的]研究5个不同林龄(3,8,14,21,46年)、不同叶龄(当年生、1年生、2年生、3年生)杉木人工林叶片的碳、氮稳定同位素组成,并根据它们对氮循环等过程的指示作用来探索不同林龄、叶龄杉木人工林氮循环过程及氮饱和程度的差异,从而为不同生长阶段杉木人工林制定施肥措施提供科学依据.[方法]以福建南平峡阳林场5块相互毗邻的不同林龄杉木人工林为研究对象,在每个林龄的林分内分别设置4个20 m ×20 m的试验小区.分别采集不同林龄杉木活叶并根据“主干法”将采集的杉叶分为不同叶龄,然后在每个小区内采集0 ～ 10 cm深度土层的土样,用同位素质谱仪测定它们的碳、氮稳定同位素组成(δ13C,δ15N),用碳氮元素分析仪测定叶片氮含量,叶片15N富集指数由叶片δ15N值减去相应的土壤δ15N得到.[结果]叶片δ15N值的变化范围为-2.52‰～2.81‰,叶片氮含量的变化范围为7.72％～13.5％,二者在不同林龄间均具有极显著差异,并均呈现出幼林和老林较高、处于速生期的林分较低的趋势,且叶片δ15N值与叶片氮含量之间存在显著的相关性,但不同叶龄叶片δ15N值间则不具有显著差异;不同林龄叶片的15N富集指数存在显著差异,呈现出幼林与老林叶片15N富集指数较接近于0的趋势;叶片δ13C的变化范围为-29.93‰～-27.88‰,不同林龄间差异不显著,但同一林龄不同叶龄叶片的δ13C则有显著差异,且有随着叶龄增大而减小的趋势.[结论]不同林龄叶片δ13C差异不显著但呈现幼年较低的趋势,可能是不同树高导致不同林龄杉木水分利用效率间的差异所致,而同一林龄不同叶龄杉木δ13C间的显著差异则可能是光合作用效率不同造成的.不同林龄在叶片δ15N、叶片氮含量、叶片15N富集指数间的显著差异均指示出处于速生期的林分氮饱和程度显著低于幼林和老林,这说明虽然我国亚热带地区氮沉降现象严重,但氮素仍是限制处于速生期杉木人工林生长的因素.     

一例疑似猪伪狂犬病的诊断与分析

猪伪狂犬病(PR)是由猪伪狂犬病毒(PRV)感染引起的一种重要的传染病,可导致怀孕母猪流产、死胎,仔猪腹泻、呕吐和神经症状等,给我国养猪业造成巨大的经济损失。2019年4月初,怀化市某散养场从外地购入的仔猪爆发疑似PR的疫情,通过临床症状和病理变化观察,结合实验室诊断,发病仔猪确诊为PRV感染。PCR及测序结果表明,引起该次疫情的PRV毒株,其gE基因序列与Genbank收录的PRV中国流行的河南株同源性最高,为99.7%,提示该毒株为变异株。通过对发病猪群紧急免疫PRV基因缺失弱毒疫苗有效地控制了该病的发生,研究对PR的诊断与防控提供借鉴。     

犬瘟热病毒弱毒和野毒的全基因组扩增及序列测定

分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/8株和2株野毒HBF-1株和SD(14)07株进行了全基因组扩增。取5μL扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示11对通用引物对以上5株犬瘟热病毒扩增后,均获得11个特异性目的片段,条带大小与预期相符。选取疫苗毒OR12株和野毒HBF-1株的进行全基因组序列测定,与GenBank中已公布的序列进行比对,同源性均大于99.0%,证实这11对特异性通用引物能够实现对犬瘟热病毒野毒和弱毒全基因组的准确扩增,并获得准确的全基因组序列。     

猪BLM基因N端、C端的克隆及其在不同组织与疾病中的表达分析

为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量，本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端，利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析，同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示，试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025 bp和C端1 300 bp序列，与GenBank中猪BLM基因序列（登录号：NM_001123084.1）同源性为100%；生物信息学软件预测显示，猪BLM基因序列长度为4 316 bp，包含4 280 bp的开放阅读框，编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链；氨基酸序列比对发现，猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高（85%）；结构域预测表明，猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域；系统进化树分析表明，猪BLM基因与牛亲缘关系最近；实时荧光定量PCR结果显示，以心脏为对照，BLM基因在从江香猪各组织中均有表达，其中在睾丸中的相对表达量最高，其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠，在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织（P<0.01）；BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织（P<0.01；P<0.05），提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。     

ToCV和TYLCV复合侵染番茄后部分病毒基因序列分析及实时荧光定量PCR分析

番茄褪绿病毒病(ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)存在复合侵染的现象,其发病率逐年递增,成为一种新的威胁番茄产业的病毒病害。为了研究复合侵染样品中2种病毒的互作和基因变异情况,对天津番茄产区发生的TYLCV全基因组和ToCV的CP基因和HSP基因进行了克隆和序列分析。结果表明,与单独侵染样品进行比对,TYLCV的基因序列在复合侵染的样品中共有6处碱基发生了变异,分别为73位A→C、92位A→G、347位C→T、1 209位C→T、1 618位A→G、2 107位A→T,除73位和92位的变异未在编码区,其余的变异碱基均在ORF框内,其中1 209位为同义突变,其他均发生了错义突变。ToCV的CP基因有1处同义突变,ToCV的HSP基因共有4处碱基变异,其中826位由T→C和1 166位由G→A均为同义突变,1 395位和1 630位均由A→G,为错义突变。利用实时荧光定量PCR技术对单独侵染和复合侵染的番茄样品中TYLCV和ToCV病毒积累量进行分析。结果表明,在田间单独侵染和复合侵染的样品中, TYLCV的拷贝数差异不显著,ToCV的拷贝数在单独侵染和复合侵染的样品中差异也不显著。在复合侵染的样品中,TYLCV的拷贝数约为ToCV的262～436倍。