CpG寡脱氧核苷酸对中华绒螯蟹非特异性免疫指标的影响

细菌DNA和人工合成的含CpG基序的未甲基化寡脱氧核苷酸(ODNs)均能刺激机体的免疫反应.本研究将鱼的免疫刺激剂寡脱氧核苷酸序列ODN-1670(含1个CpG基序)和ODN-R(含1个反向CpG基序,即Gpc)按1μg/kg、5μg/kg、25μg/kg的剂量对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)进行体腔注射,同时以注射0.1mL生理盐水组与未进行任何处理的空白组作为对照.在注射前(0d)和注射后第1天、3天、5天、8天对血细胞呼吸爆发活性(O2-产量)、过氧化物酶(POD)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性进行测定.结果显示,注射25μg/kg ODN-1670能显著增强实验蟹血细胞的呼吸爆发活性(P＜0.05),注射1μg/kg、5μg/kg、25μg/kg剂量的ODN-1670能显著增强实验蟹血清的POD、SOD活性(P＜0.05).而注射3种剂量的ODN-R对血细胞呼吸爆发活性、POD活性和SOD活性均没有显著影响(P＞0.05).本实验结果表明,注射适量ODN-1670能增强中华绒螯蟹的非特异性免疫功能.     

吉富罗非鱼IGF-1基因的基因型对生长和体型的影响

通过比对6尾吉富罗非鱼(Genetically Improved Farmed Tilapia,GIFT)的胰岛素样生长因子1(Insulin-like Growth Factor 1,IGF-1)基因外显子1-部分内含子2和外显子3-部分内含子4序列,共找到3个SNPs位点,分别为内含子1_A1307G、内含子1_G1319T和内含子3_C6T.使用PCR-RFLP法检测了5个家系共121尾吉富罗非鱼在内含子1_A1307G和内含子3_C6T的基因型,分析不同基因型与生长性状的相关性.结果表明,内含子1_A1307G与雌鱼增重和体厚/体长值均显著相关(P＜0.05),但与雄鱼的相关性不显著(P＞0.05);内含子3_C6T与雄鱼和雌鱼的增重分别呈显著(P＜0.05)和极显著相关(P＜0.01),与雌鱼体高/体长显著相关(P＜0.05).为了验证所选标记在其他家系的表现,本实验检测了来自60个家系的417尾吉富罗非鱼在内含子1_A1307G、内含子3_C6T的基因型与增重性状的相关性,结果具有相同趋势.本实验筛选到与吉富罗非鱼体型和增重相关的SNP位点2个,可作为辅助育种标记.     

建鲤内参基因β-actin的实时荧光定量PCR方法的建立

β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要的作用,其表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于real time PCR中。本文通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.4 ku。氨基酸同源性分析显示,建鲤β-actin与斑马鱼(Danio rerio)相似性最高,为99.3%。与其他鱼的相似性也较高,为97.8%～98.6%。同时也克隆出了建鲤β-actin相应的DNA序列,其长度为590 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤β-actin含有2个内含子,设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了溶解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。     

建鲤内参基因EF-1α的实时荧光定量PCR方法的建立

真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨基酸,Blast结果显示与其它鱼类leptin的相似性为98%。同时也克隆出建鲤EF-1α相应的DNA序列,共506 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤EF-1α含有1个相位为0的内含子,在此基础上设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。     

建鲤生长性状QTL区间及其与镜鲤同源性比对

以建鲤(Cyprinus carpio var. jian)F₁群体的94尾个体为材料, 利用254个微卫星标记构建了建鲤的遗传图谱, 并对体长、体高和体厚性状进行了QTL定位, 共检测到17个生长相关性状QTL, 分布在10个连锁群上, 解释表型变异为10.8%~35.2%。以相同的分子标记, 构建建鲤与镜鲤(Cyprinus carpio L.)的比较图谱, 分析了建鲤和镜鲤群体生长性状QTL的同源性关系。结果表明, 建鲤与镜鲤图谱具有广泛的共线性或同线性关系, 建鲤每个连锁群在镜鲤图谱中均找到了对应的同源连锁群, 其中建鲤10个生长性状QTL与镜鲤13个相同性状QTL具有同源性, 同源比例高达58.8%。同时发现, 建鲤QTL置信区间相对较大, 与之同源的镜鲤QTL置信区间较小, 通常位于建鲤QTL子区间内, 定位结果更精细。此外, 建鲤与镜鲤连锁群上都存在QTL的富集区域, 而这些富集区域常常存在于同源连锁群的共线性区域, 可作为标记辅助选择的重点区域。鲤通用QTL的发掘, 为分子标记辅助育种和更进一步的精细定位打下基础。

     

中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析

核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对...     

CpG ODN-1670体外处理对中华绒螯蟹血细胞酚氧化酶及其酶原的影响

分别使用5μg/mL、25μg/mL、50μg/mL、75μg/mL和100μg/mL剂量的CpG体外处理中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)血细胞,检测了胞内外酚氧化酶(phenoloxidase,PO)活性的相对变化,进一步采用Real Time PCR方法分析了胞内酚氧化酶原(prophenoloxidase,proPO)基因的相对表达情况。结果表明,25μg/mL剂量的CpG ODN-1670可以有效促进酚氧化酶原的表达以及增强胞内外酚氧化酶活性(P0.05),ODN-1670增强酚氧化酶活性的途径是经由促进胞内酚氧化酶原的表达,合成新的酚氧化酶原颗粒实现的。此外,本研究使用几种细胞信号转导的激活剂或抑制剂处理中华绒螯蟹离体血细胞,通过检测血细胞内外酚氧化酶(PO)活性的变化探讨了ODN-1670触发proPO激活系统的信号转导途径,结果表明,其信号转导途径可能包含了G-蛋白介导的蛋白激酶C(PKC)途径,而酪氨酸蛋白激酶(RTK)途径对ODN-1670触发proPO激活系统的活化进行负调控。本研究旨在为深入探讨中华绒螯蟹的免疫功能和防卫机理奠定基础。     

奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼MyoD1和MyoD2基因特征及差异

采用RT-PCR和RACE法,分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)MyoD1和MyoD2基因全长cDNA。结果显示,2种罗非鱼MyoD1全长均为1090bp,包括5′非翻译区(UTR)137bp,3′UTR50bp,开放阅读框(ORF)903bp,编码300个氨基酸,其中第110～161个氨基酸为bHLH结构,第233～249个氨基酸为helixIII结构;MyoD2全长均为1478bp,包括5′UTR215bp,3′UTR471bp,ORF792bp,编码263个氨基酸,其中第91～142个氨基酸为bHLH结构,第212～228个氨基酸为helixIII结构。2种罗非鱼MyoD1与其他鱼类MyoD1的相似性为73%～92%;MyoD2与其他鱼类MyoD2的相似性为74%～79%。系统发育树显示,MyoD1和MyoD2分属两支,MyoD1所反映的不同鱼类间的亲缘关系符合传统分类。2种罗非鱼的MyoD1、MyoD2cDNA序列之间只存在个别碱基的差别,而氨基酸序列一致;奥利亚罗非鱼MyoD1的2个内含子均比尼罗罗非鱼的长。根据MyoD1内含子2的差异构建鉴别奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼基因混杂的标记,对形态上典型的15尾奥利亚罗非鱼、18尾尼罗罗非鱼及15尾奥尼罗非鱼[Oreochromis aureus(♂)×Oreochromis niloticus(♀)]进行鉴定。结果其中1尾奥利亚罗非鱼中在MyoD1位点混杂了尼罗罗非鱼的基因,尼罗罗非鱼和奥尼罗非鱼则与预期的一致。该研究为选择基因纯合的奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼提供了新的分子手段。     

奥利亚罗非鱼AMH基因结构及其表达

抗缪勒氏管激素(antiMullerian hormone, AMH)，也称缪勒氏管抑制物质(mullerian inhibiting substance, MIS)，为肽类生长因子，属于TGFβ生长和分化因子家族。应用RTPCR和RACE法，从奥利亚罗非鱼精巢组织中分离出AMH的cDNA。分离到3′UTR长为621 bp和168 bp的两条cDNA，除了长度不一，两者之间只存在两个碱基的差别。5′UTR为 27 bp，阅读框为1 545 bp，翻译成514个氨基酸，其中，AMH-N域237个氨基酸，TGFβ域93个氨基酸。同源性分析显示，AMH保守性偏低，奥利亚罗非鱼与其它鱼类的相似性为32%~60%，与哺乳类动物只有19%~21%，而TGF-β域的保守性相对较高，与其它鱼类的相似性为54%~72%。基因结构分析显示，奥利亚罗非鱼AMH存在6个内含子，和斑马鱼AMH结构相似，和人、鼠AMH有较大差别，它们缺少奥利亚罗非鱼和斑马鱼AMH基因共有的内含子Ⅰ和Ⅵ。然而，启动子转录因子分析结果表明，奥利亚罗非鱼AMH启动子中也存在SRY, SF-1, GATA-4, Sox5, Sox9等结合位点。使用Taqman探针分析奥利亚罗非鱼AMH在成鱼不同组织中的表达以及鱼苗、鱼种、成鱼性腺中的表达量，结果显示AMH在成鱼的卵巢、精巢中均有表达，而在脑、肝、肌肉以及心脏中不表达。AMH在鱼苗性腺中不表达，在鱼种、成鱼中雄鱼AMH表达量显著高于雌鱼，而鱼种雄鱼AMH表达量是成鱼雄鱼的10倍。     

性成熟中华绒螯蟹脑、性腺的性别差异调控机制研究

本研究采用比较转录组法探讨性成熟期中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)雌雄个体间脑、性腺的关键差异调控通路及繁殖调控的关键基因。结果表明, 性成熟雌雄蟹其脑、性腺组织具有性别差异调控模式。脑内差异表达通路主要涉及信号转导、性激素调控及环境适应应答, 性腺内关键差异调控通路主要涉及激素调控、氨基酸代谢调控等。脑内繁殖调控关键基因主要涉及发育及内稳态调控等, 如 III 型纤连蛋白域结合蛋白 3a (FNDC3A)、反式甲酸 2 (INF2)、神经胶质蛋白(NRG)、假苷酸合酶 7 同系物(PUS7)、小泛素相关修饰子 3 (SUMO3)、超氧化物歧化酶 (SOD)等, 性腺内关键调控基因主要涉及能源物质代谢、性细胞发育调控等, 如甾醇调控原件结合蛋白 1 (SREBF1)、 卵泡刺激激素受体(FSHR)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝/苏氨酸激酶 4 (TSSK4)、胰岛素样生长因子 2 mRNA 结合蛋白 3 (IGF2BP3)、磷脂酰肌醇 3 激酶调节亚基 2 (PIK3R2)、胞质型多聚腺苷酸化原件结合蛋白(CPEB)等。本研究结果表明, 性成熟河蟹雌雄个体间的脑、性腺具有差异调控模式, 本转录组获得的差异调控通路及基因将为进一步开展河蟹繁殖调控研究提供丰富的理论信息。