基于mtDNA和Y染色体基因片段的塔河马鹿种公鹿遗传多样性分析

旨在从分子层面探究塔河马鹿种公鹿的遗传多样性和塔河马鹿的祖先类型。本研究在锯茸期采集新鲜血液并提取DNA,通过PCR扩增和直接测序的方法对38头塔河马鹿种公鹿Y染色体的AMELY2、DBY、SRY基因和mtDNA的ND1、COX1、ATP6、ND5、Cytb基因进行分析，计算碱基组成、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异数(K)、Tajima’D值、单倍型数量(H)以及单倍型多样性(Hd)来评估塔河马鹿种公鹿的遗传多样性；构建单倍型网络图并计算各单倍型之间的遗传距离，以白唇鹿为外群构建系统进化树，分析塔河马鹿种公鹿父母系的类型。结果显示，Y染色体的AMELY2、DBY、SRY基因比对后拼接长度为3 577 bp,共检测出17个SNPs多态位点，定义4个单倍型，优势单倍型为Hap-1,所占频率为65.79%。核苷酸多样性为0.001 95,单倍型多样性为0.495 0,遗传多样性水平较低，基于Y染色体基因构建的系统进化树显示存在A、B两大分支。mtDNA的ND1、COX1、ATP6、ND5、Cytb基因比对后拼接长度为6 160 bp,共检测出41个SNPs多态位点，定义8个单倍型，优势...     

东北虎源猫免疫缺陷病毒pol基因遗传进化分析

为了解中国东北虎源猫免疫缺陷病毒(FIV)的感染情况,采集海林市横道河子东北虎林园东北虎全血样本50份,通过套式PCR对样本进行FIV pol基因扩增,并对阳性样本进行测序,再运用生物信息学软件进行遗传进化分析.结果检测出1只虎为FIV阳性,其pol基因与参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为70.0％～99.8％和...     

利用红外相机调查黑龙江小北湖国家级自然保护区兽类及鸟类多样性

2016年10月至2018年10月,利用红外相机调查黑龙江小北湖国家级自然保护区内的兽类和鸟类多样性。调查期内共布设31个监测位点,累计12 356个相机监测日,获得有效照片及视频共15 849张(段),独立有效记录共计6 951次,共鉴定出兽类5目11科19种和鸟类10目16科42种。其中,国家I级重点保护野生动物3种,国家Ⅱ级重点保护野生动物14种,被世界自然保护联盟(IUCN)红色名录列为濒危(EN)2种、易危(VU)1种和近危(NT)1种。兽类相对多度指数前5位从高到低依次是狍Capreolus pygargus(197.96)、狗獾Meles leucurus(53.17)、野猪Sus scrofa(40.95)、黄喉貂Martes flavigula(37.07)、松鼠Sciurus vulgaris(36.34);鸟类RAI前5位从高到低依次是环颈雉Phasianus colchicus(7.45)、松鸦Garrulus glandarius(5.26)、花尾榛鸡Tetrastes bonasia(4.13)、星鸦Nucifraga caryocatactes(2.75)...     

狍茸顶端组织转录组测序及生物信息学分析

为研究狍茸顶端组织的转录组信息,探讨与狍茸生长相关的基因结构及分子机理。使用Illumina Hiseq^(TM) 2000平台进行高通量测序,利用生物信息学方法进行分析。结果表明：通过测序、Trinity软件组装、比对拼接,获得了36 865个Unigenes,平均长932 nt。经过Nr、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO等数据库进行比对,共22 983个Unigenes成功比对上Nr数据库,18 273个Unigenes被注释到GO功能分类中,8 668个Unigenes被归类到COG的25个功能类别中。采用FPKM法筛选与狍茸生长发育相关的高表达基因,其中表达量较高的生长因子有8个,转录因子有5个,细胞外基质有8个。利用高通量转录组测序技术(RNA-seq),成功建立了狍茸顶端组织转录组数据库,可为狍茸的发育分子机理研究提供数据支持。     

梅花鹿Myf5基因的cDNA克隆及表达分析

为获得梅花鹿生肌调节因子(Myf5)基因编码区序列(CDS),并探讨该基因在雌雄梅花鹿及其不同部位的肌组织间差异表达情况,以成年健康雌雄梅花鹿心肌、背最长肌、股四头肌、臀大肌、肋间肌组织为试验材料,以臀大肌组织cDNA为模板克隆获得Myf5基因CDS,运用生物信息学软件进行测序及分析,并利用实时荧光定量PCR技术检测Myf5基因在不同部位的肌组织间相对表达量。结果表明：克隆得到的梅花鹿Myf5基因CDS全长为768 bp;与GenBank上公布的家牛(Gene ID:281335)Myf5基因CDS的同源性为99.61%;梅花鹿与家牛的遗传距离最近,聚为同一支;梅花鹿Myf5蛋白氨基酸组成中丝氨酸含量最高,占氨基酸总量的13.3%;Myf5蛋白具有较强的亲水性,其蛋白二级结构包含α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-折叠;荧光定量结果分析表明,梅花鹿Myf5基因在雌、雄梅花鹿及其不同部位的肌组织间均有差异性表达。     

马鹿SCAI基因的克隆、生物信息学及组织表达分析

为探究细胞侵袭抑制因子(suppressor of cancer cell invasion, SCAI)基因编码蛋白的生物学特性及基因mRNA在马鹿(Cervus canadensis)鹿茸组织中的表达水平，试验采用PCR方法克隆马鹿SCAI基因编码序列区(CDS区)全长序列，测序后进行核苷酸序列同源性比对并构建系统进化树；通过生物信息学方法分析SCAI蛋白的组成、结构和理化性质等；利用实时荧光定量PCR方法检测SCAI基因mRNA在鹿茸组织中的表达水平。结果表明：马鹿SCAI基因CDS全长1 821 bp,与白尾鹿亲缘关系较近；与鸡亲缘关系较远。SCAI基因编码606个氨基酸，相对分子质量为70 337.48。理论等电点为8.85,平均亲水性为-0.433,为亲水性蛋白。SCAI蛋白中存在57个潜在磷酸化位点，不存在信号肽，亚细胞主要定位于细胞核中，不属于分泌蛋白。SCAI蛋白的二级结构中α-螺旋和无规则卷曲占比最大，为不稳定蛋白。马鹿SCAI基因在茸皮层中的相对表达量最高，其次为软骨层，在间充质和前软骨层中相对表达量最低。说明SCAI基因参与了马鹿鹿茸的生长发育。     

塔河马鹿三杈茸鲜茸重和茸尺的相关性分析

为了研究新疆塔河马鹿三杈茸鲜茸重与茸尺的相关关系,为准确估测鲜茸重以及合理收茸提供科学依据,本研究通过对780支塔河马鹿标准三杈茸鲜茸重和8个茸尺指标(主干长度、主干围度、眉枝长度、眉枝围度、中枝长度、冰枝长度、嘴头长度和嘴头围)的相关性和回归分析,以鲜茸重为因变量,茸尺性状为自变量利用回归分析方法建立了鲜茸重预测模型,并进行F检验。通过统计分析表明,塔河马鹿左右侧茸各项指标均无显著差异,其中茸重与主干长、主干围、冰枝长和嘴头围显著正相关(P <0.01),嘴头长和主干长及中枝长显著正相关(P<0.01),其左侧三杈茸鲜茸重估测模型:Y_L=-3.446+0.035X₁+0.016X₂+0.011X₃+0.032X₄+0.022X₅+0.026X₆-0.014X₇+0.109X₈右侧三杈茸鲜茸重估测模型:Y_R=-3.969+0.025X₁...     

麝鼠香腺Elovl1基因生物信息学分析及表达研究

【目的】 测定麝鼠超长链脂肪酸延伸酶1(elongase of verylong chain fatty acid 1,Elovl1)基因序列并进行生物信息学分析,探讨其在麝鼠香腺发育和泌香过程中的作用。【方法】 使用TRIzol法提取成年雄性麝鼠香腺总RNA,采用转录组测序技术获得麝鼠香腺Elovl1基因序列并测序;在GenBank数据库中下载啮齿目不同物种的Elovl1基因及其多转录本CDS序列并构建系统进化树;通过在线工具对Elovl1基因编码蛋白的理化性质及结构进行预测与分析;利用实时荧光定量PCR技术分析成年雄性麝鼠香腺发育周期内香腺组织中Elovl1基因的表达水平。【结果】 Elovl1基因在麝鼠香腺中表达2个转录本,能编码2个不同的蛋白,分别由313和279个氨基酸组成。Elovl1基因2个转录本在2~9月末的麝鼠香腺中均有表达,且表达量整体呈先上升后下降的趋势。Elovl1基因编码的2个蛋白均为稳定的亲脂性、非分泌蛋白,具有7个跨膜螺旋区,亚细胞定位均主要位于内质网。在啮齿目动物中,Elovl1基因进化与物种进化基本一致,仓鼠科与鼠科亲缘关系较近,麝鼠与水鼠平亲缘关系最近;同一物种Elovl1基因的不同转录本间相对保守,均按物种聚在一起且置信值普遍较高,旱獭例外。【结论】 Elovl1基因表达规律与麝鼠香腺的发育、萎缩及泌香周期相吻合,提示Elovl1与麝鼠香分泌相关,并参与了香腺细胞发育。     

基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选

【目的】 筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】 对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1 500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】 全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868 791 354 600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20 139 122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12 050 781个。使用VCFTOOLS筛选得到544 717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1 500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49 500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】 通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。