基于RNA-seq技术的玉米SNP和InDel标记分析

高温已对玉米(Zea mays L.)生产造成了巨大危害。为了给耐高温胁迫玉米品种选育提供可用的分子遗传标记,本研究以耐高温和高温敏感的两个玉米品种为实验材料,通过花粉总RNA提取、mRNA纯化、反转录、转录组文库构建及测序等工作,对获得的转录组数据进行SNP和InDel分子标记分析。结果显示:高质量碱基数据量平均为6.69 Gb,占原始数据比例平均达94.71%;在SNP分子标记中,Homo位点平均为19450个,Hete位点平均为23598个,转换类型共52337个,颠换类型共27868个;在InDel分子标记中,Homo位点平均为1023个,Hete位点平均为1736个;SNP/InDel位点在外显子区分布最多,达到总量的58.02%,其次是基因间隔区、3'非翻译区和5'非翻译区,其余区域位点占总量比例均低于5%;SNP/InDel造成同义单核苷酸突变比例最高,平均值为60.69%,其次为非同义单核苷酸突变,平均值为36.72%,非移码替换突变为平均值1.64%,其余3种均不到1.00%;在SNP和InDel标记位点基因功能注释中,NR数据库注释最多,超过8000个,其次为KEGG和eggNOG;注释到GO和Swissprot数据库的相对较少。本研究结果为进一步标记辅助耐高温玉米品种选育提供了分子基础,也为其它植物的类似研究提供了参考。     

六种新疆特色梨果的转录组分析

梨是新疆地区栽培面积和产量较大、品种资源丰富的一类特色果树,具有重要的产业地位。为促进新疆特色梨从传统育种向现代育种方式发展,迫切需要开展功能基因的挖掘。本研究以轮台句句梨、南果梨、香梨、鸭梨、圆黄、红茄等6种新疆特色梨果为材料,进行了无参转录组学分析,获得1021868070条高质量Clean read数据,总碱基数为152530521446 bp。Clean read经De novo组装后获得78827条Unigene。采用六大公共数据库作同源比对,注释到50542个Unigene。对Unigene作GO和KEGG功能分类,获得49个功能群和130个通路,确定了绿原酸合成途径的部分候选基因,并检测到17416个SSR位点。本研究为新疆特色梨果功能成分绿原酸合成分子机理研究和遗传多样性分析提供了科学依据。     

豹纹鳃棘鲈差异流速下肝脏转录组分析

水流速度是影响鱼类生长的重要环境因子之一.为探究豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)在不同流速条件下相关基因的功能和表达情况,利用RNA-Seq技术对差异流速下的豹纹鳃棘鲈肝脏组织进行了转录组分析.挑选相同繁育批次中规格一致的豹纹鳃棘鲈幼苗,分别在正常流速(0.1 m·s?1,Low flow v...     

金茅黑鸡肉品质性状的关联转录组分析

为深入了解家禽肉品质性状形成的分子机制,本实验测定金茅黑鸡胸肌的肉品质,利用RNA-seq技术进行转录组测序,分析转录组基因表达量与肉品质性状间的关联性。结果显示:与金茅黑鸡14周龄肉色显著相关的基因5个,pH57个,剪切力33个,系水力17个;PLEKHS1、MUC等基因为影响肉色的候选基因,LHX9、SPDEF、GRXCR1等基因为系水力的候选基因,NPY、POMC、FGF20、MGAT4C和GUK1基因为影响肌肉pH的候选基因,EDAR基因和HS6ST3基因为肌肉剪切力的主要候选基因;功能分析发现这些基因在调节肌肉纤维、肌间脂肪沉积、脂类代谢、糖代谢过程和磷酸二酯酶水解等方面发挥重要作用,进而影响胸肌肌肉品质的形成。     

转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因

乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。     

高通量转录组测序技术在猪肉品质研究中的应用进展

猪肉中基因的表达决定了蛋白质的种类、结构和功能,从而决定了肉品质,而肌内脂肪(IMF)和肌纤维(MF)是影响肉品质的关键物质。本文主要综述了高通量转录组测序技术在研究猪肉品质相关的IMF和MF转录组的应用,重点阐述了其研究进展。     

营养生长期持续高温处理对玉米叶片转录组及生化指标的影响

以玉米杂交种郑单958和登海605为材料,通过转录组测序分析玉米营养生长期叶片受热胁迫后基因差异表达、基因功能富集和KEGG通路富集,使用微量法和HPLC法分析叶片中相关生化指标的变化。结果表明,高温胁迫会降低光合作用关键酶二磷酸核酮糖羧化酶(Rubisco)和三羧酸循环限速酶柠檬酸合酶(CS)的活力,升高丙二醛(MDA)、脱落酸(ABA)和赤霉素(GA₃)的含量,降低水杨酸(SA)的含量。与常温对照比,玉米营养生长期叶片受热胁迫后,两个品种4个比较组合累计检测到16 996个差异表达的基因,共同差异表达的基因有1 160个。光合作用、细胞代谢、叶绿体膜和质体膜等相关基因的表达会响应热胁迫。     

制干辣椒果实辣椒素对干旱、盐及其双重胁迫的响应

为明确干旱、盐等环境因素对制干椒辣椒素含量的影响,试验以红龙23号板椒为材料,从现蕾期开始设置不同土壤含水量65%(W1)、45%(W2)和NaCl(S1=120 mmol·L^-1)及盐旱复合处理(W1S1、W2S1),利用高效液相色谱法分析转色期果实辣椒素素含量,并送样进行转录组测序。结果表明,W1处理下辣椒素含量较对照增加107.11%,W2处理时辣椒素含量下降73.01%;含盐处理均能提高辣椒素含量,其中W2S1处理的较对照高392%。盐、旱胁迫主要影响苯丙烷生物合成途径,其中HCT、4CL、CAD等基因表达受影响较大;聚类分析表明BCKDHE2、ENRb等基因主要响应干旱胁迫,CCR、GS2主要响应盐胁迫。由上可知,适度干旱和盐胁迫均能提高辣椒素含量;干旱加剧时与盐分的复合效应更显著,对辣椒素积累的促进作用更大。     

咖啡叶锈病菌转录组SSR信息分析

咖啡叶锈病是咖啡一种毁灭性病害。利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),对咖啡叶锈病菌8 310条无冗余的EST分别进行SSR鉴定。结果共搜查到1 292个1~6碱基SSR,出现频率最高的为三碱基重复基元类型,其次为二碱基重复基元类型与六碱基重复基元类型。分别为459、321与214个,其出现频率分别为35.5%、24.8%与16.6%。AT/AT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的49.8%;而ATC/ATG与AAG/CTT则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的23.5%与23.3%。进一步对SSR多态性进行了预测,从而筛选出长度在22 bp以上具有潜在多态性的SSR 223个。此结果对于咖啡叶锈病菌群体遗传变异、多样性和进化等研究提供了分子标记。     

油棕乙酰CoA羧化酶(ACC)基因的鉴定与表达分析

[目的]对油棕乙酰CoA羧化酶(ACC)基因进行鉴定与表达分析。[方法]采用生物信息学方法鉴定油棕的ACC基因,并应用拟南芥的ACC基因蛋白质序列比对油棕的蛋白质库,应用已有油棕转录组信息,研究ACC基因在不同组织中的表达情况。[结果]在油棕中鉴定了2个ACC基因,命名为EgACC1和EgACC2。EgACC1不含内含子,而EgACC2含有32个内含子;EgACC1在不同组织中都没有表达,而EgACC2在所有组织中都有表达,其中在组培苗中有较高的表达量,同时,在油棕果发育21 d时有高的表达水平,RPKM值为70.6,为所有组织中最高。[结论]该研究阐述了油棕ACC基因的表达模式,为油棕ACC基因的功能分析奠定了基础。