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水牛SND1基因克隆及生物信息学分析 总被引:1,自引:1,他引:0
试验旨在利用电子克隆法对水牛SND1(staphylococcal nuclease and tudor domain containing 1)基因进行克隆和序列分析,为探究该基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛SND1基因(GenBank登录号:NM_205784.1)作为种子序列,利用Primer Premier 5.0设计3对引物,以水牛基因组DNA为模板,PCR扩增水牛SND1基因mRNA序列,扩增获得序列连接pMD18-T载体,通过测序拼接获得水牛SND1基因mRNA全序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,水牛SND1基因完整编码序列长为3 503 bp,包含长为2 733 bp CDS序列,编码910个氨基酸,蛋白分子式为C4523H7183N1281O1354S26,分子质量为102.01 ku,理论等电点(pI)为6.74,不稳定系数为42.07,平均亲水性为-0.419,属可溶酸性蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其中α-螺旋占37.80%,无规则卷曲占34.18%。结合Protfun 2.2在线软件对SND1的功能进行预测分析表明,该蛋白在嘌呤和嘧啶、中央中间代谢、能量代谢、氨基酸生物合成发挥功能的可能性分别为0.449、0.401、0.303和0.262。SND1基因编码区序列与黄牛、绵羊、山羊、猪、马、人的同源性分别为98.7%、97.8%、97.8%、93.8%、93.1%和91.7%,物种之间同源性较高,系统进化情况与其亲缘关系远近一致。利用SMART在线软件预测蛋白结构域,结果显示,水牛SND1蛋白包含有4个SN区域,说明SND1基因编码区在进化过程中较为保守。 相似文献
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[目的]找出噬菌体侵染大肠杆菌的位点。[方法]选择血清型为O6∶K5∶H1的大肠杆菌Nissle 1917(Ec N)作为试验菌株。通过λ-RED系统,突变其K抗原和O抗原合成基因,通过检测P1转导至这一系列突变株的转导效率来确定P1的侵染位点。[结果]双突变株Ec NΔkfi AΔwaa G::Cm具有最高的转导效率。kfi A基因突变导致了K抗原缺失,waa G基因突变导致了LPS核心寡糖中第2位庚糖(HepⅡ)的暴露,使得P1更容易接触到HepⅡ,从而侵染细菌。[结论]研究认为HepⅡ很可能就是噬菌体P1的识别位点。 相似文献
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为了解新疆马疱疹病毒1型(EHV-1)主要毒力基因遗传进化情况并构建TK基因缺失株,本研究以EHV-1 XJ2015株DNA为模板,对其主要毒力基因TK、gI和gE全长进行克隆、测序及生物信息学分析,并扩增TK基因左右重组臂TKL和TKR,构建质粒pUC-TKLR,将扩增后的增强绿色荧光蛋白(EGFP,含有CMV+polyA)插入pUC-TKLR质粒,构建TK基因缺失打靶质粒。TK、gI和gE基因同源性分析结果显示,XJ2015株与国外EHV-1分离株TK、gI和gE基因同源性均较高,分别为99.8%~100.0%、99.6%~100.0%和99.9%~100.0%;与EHV-3分离株同源性均最低,分别为72.9%、59.4%和62.1%;遗传进化分析显示,3个基因均与国外EHV-1同属于一个遗传进化分支,与EHV-9和EHV-4进化关系较近,但与EHV-3进化关系较远,表明XJ2015毒株与国外EHV-1毒株TK、gI、gE基因核苷酸上差异不明显,没有明显的地域性特征,功能基因保守且进化缓慢,同源基因功能相同或相近;经PCR扩增、酶切、测序及转染鉴定,本试验成功构建了用于TK基因缺失的打靶质粒pUC-TKLR-EGFP。通过对EHV-1主要毒力基因的分析及TK基因缺失打靶载体的构建,为新疆地区马鼻肺炎流行病学调查分析、TK基因缺失株的构建提供理论依据。 相似文献
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为了筛选能提高新疆杨盐碱地扦插效果的药剂,研究了不同浓度IBA和ABT-1对新疆杨硬枝扦插效果的影响,结果表明:新疆杨插穗经IBA和ABT-1生根粉浸泡后,可有效促进扦插苗生根,缩短了生根时间,提高了生根率,提高了扦插苗的苗、径生长量;相同浓度ABT-1总体效果好于IBA效果;200mg·L-1 ABT-1处理对新疆杨的扦插效果最好。 相似文献
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70.
籼型杂交糯稻糯优1号的产业化开发及其高产栽培技术 总被引:1,自引:0,他引:1
《杂交水稻》2017,(3):46-48
介绍了籼型杂交糯稻糯优1号在叙永县北部丘陵地区种植的产量表现、主要特征特性和产业化开发成果,总结了籼型杂交糯稻糯优1号的高产栽培技术。 相似文献