Identification of a novel miRNA from the ovine ovary by a combinatorial approach of bioinformatics and experiments

MicroRNAs (miRNAs) are a class of short endogenous, single-stranded, non-coding small RNA molecules, about 19–25 nucleotides in length that regulate gene expression at the translation level and influence many physiological process, such apoptosis, metabolism, signal transduction, and occurrence and development of diseases. In this study, we constructed a library from the ovine luteal phase ovary by using next-generation sequencing technology (Solexa high-throughput sequencing technique) and identified 267 novel miRNAs by bioinformatics. One of the novel miRNAs (ovis_aries_ovary-m0033_3p), which expressed in the sheep ovary and testis, was confirmed by real time PCR and northern blot. Ovis_aries_ovary-m0033_3p was 21 nucleotides in length and located on chromosome 12, and it had 100% similarity to hsa-miR-214-3p, mmu-miR-214-3p, dre-miR-214and ssc-miR-214. Meanwhile, the pre-miRNA was 82 nucleotides in length and had a standard hairpin stem-loop structure. From the consistency of the sequence and structure, we speculated that ovis_aries_ovary-m0033_3p had a function similar to hsa-miR-214-3p, which is involved in the fine regulation of cell survival, embryonic development, breeding activities and resistance to ovarian cancer, so we defined it as oar-miR-214-3p. These experimental results will enrich the miRNA database for ovis aries and provide the basis for researching the regulation mechanism of miRNA in relation to breeding activities of seasonal breeding animals.     

落叶松体胚发育中12个针叶树特异microRNAs表达分析

以落叶松体细胞胚胎发育8个阶段的材料构建小RNA文库,进行了Solexa测序、miRNA鉴定、靶基因预测、qRT-PCR定量分析等研究。结果表明:发现的87个miRNAs中,29个为针叶树特异的,来自12个家族,分别为miR946、miR947、miR950、miR951、miR1311、miR1312、miR1313、miR1314、miR1316、miR3701、miR3702和miR3704,其中25个长度为22nt,且在小RNA文库中的最低拷贝数为18(miR1311),最高拷贝数为33 009(miR950)。发现12个miRNA家族的34个靶基因可能参与生长发育、抗病、AGO反馈调节等多方面遗传调控;qRT-PCR分析表明:72%miRNAs表达次高峰在后期单胚或早期子叶胚,在中期子叶胚最低,最高峰在后期子叶胚,分别与子叶形成、胚胎后熟、胚胎休眠的生理活动相吻合,而miRNA前体的表达模式不同于miRNA,前体变化幅度小于成熟体。     

血清微小RNA在中药肝毒性临床前评价中的应用研究

通过对19种具有潜在肝脏毒性的中草药进行临床前安全性评价,在观测体重、摄食量、血清生化指标、脏器系数与肝脏组织病理学改变的同时,探讨血清微小RNA(miRNA)作为新型候选标志物在中草药肝损伤诊断中的应用价值。结果表明:与溶剂对照组相比,血清miRNA-122水平显著升高的给药组有6组,而血清谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)水平显著升高的分别为2组和3组,其中五倍子组表现为急性药源性肝损伤。在血清miRNA-122的时间相关性和剂量相关性分析中,与血清ALT和AST相比,血清miRNA-122呈现出更高的敏感性,表现为更早期和更大幅度的显著升高。说明血清miRNA-122可作为中草药肝损伤的新型候选诊断标志物,与肝脏组织病理学改变具有良好的相关性,且较传统血清生化学指标更为敏感。     

拟南芥中热胁迫相关microRNA的差异表达

对改良CTAB法、改良热酚法和Trizol法3种方法在提取拟南芥叶片的总RNA中的效果进行了比较,并利用半定量RT-PCR技术检测热胁迫相关microRNA(miRNA)的表达情况。结果表明:Trizol法提取能得到高质量的拟南芥叶片总RNA,效果优于改良CTAB法、改良热酚法;筛选的4个拟南芥miRNA的表达受到热胁迫的诱导,在38℃不同时间处理下各个miRNA的表达情况都有差异,随着处理时间的延长,其表达量均出现明显提高的情况。     

动物病毒microRNA的研究进展

MicroRNAs(miRNAs)是一种含有约22～25个核苷酸的非编码单链RNA分子,广泛存在于人类及其他各种生物中。它通过与靶mRNA特异性的碱基互补配对,引起靶mRNA降解或者抑制其翻译,从而调节基因的转录后表达水平。病毒microRNA是新发现的一类miRNA,综述了近年来病毒microRNA的产生、作用机制、生物学功能及其在动物上的研究进展。     

番茄茉莉酸缺失突变体灰霉菌侵染响应miRNA及其表达分析

为揭示miRNA对番茄灰霉菌胁迫的响应机制，以番茄茉莉酸（JA）缺失突变体def1、spr2及其野生型（CM）为试验材料，构建了3个材料接种灰霉菌前后（0 h、48 h）2个时期的miRNA文库，并采用Illumina平台测序，对测序数据进行生物信息分析，结合实时荧光定量检测目的miRNA及其预测的靶基因表达情况。结果表明灰霉菌侵染番茄后，JA缺失突变体def1和spr2的病情指数显著高于CM，H2O2含量低于CM。高通量测序鉴定了130个已知miRNA和811个新miRNA。进一步筛选出8个保守miRNA（Sly-miR156e-3p、Sly-miR166c-5p、Sly-miR171f、Sly-miR172b、Sly-miR319a、Sly-miR390b-5p、Sly-miR399b、Sly-miR482d-5p），其在6个样本中表达模式各异。预测差异miRNA靶基因122个，结合qRT-PCR技术分析了8个miRNA和8个靶基因的表达情况，与高通量测序结果基本一致。推测Sly-miR156e-3p、Sly-miR390b-5p、Sly-miR399b、Sly-miR482d-5p通过依赖JA信号途径参与番茄对灰霉病的抗性。     

猪血管内皮细胞中与猪瘟病毒相关microRNA的初步筛选

本试验旨在筛选猪脐静脉血管内皮细胞(SUVECs)内作用于猪瘟病毒(CSFV)的microRNA。通过构建CSFV3′和5′非翻译区(Untranslated region,UTR)的双荧光素酶报告基因载体,经生物信息学预测可能与CSFV相互作用的microRNA,然后瞬时共转染重组载体与microRNA的抑制物,最后通过发光检测仪测定荧光素酶活性。结果表明,成功构建了CSFV5′非翻译区(373 bp)和3′非翻译区(252 bp)的报告基因载体,并合成了4条预测出的microRNA(ssc-mi R-let7c、ssc-mi R-106a、ssc-mi R-18、ssc-mi R-139)的抑制物,共转染后发光检测仪检测到荧光素酶的活性被不同程度抑制。本研究发现microRNA作用位点主要在CSFV的3′-UTR,而且以上4种microRNA都对CSFV3′-UTR有不同程度的抑制作用,其中ssc-mi R-18的抑制作用比较明显。     

microRNAs作为结核分枝杆菌感染标志物的研究进展

微小RNA(microRN.As)是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,它参与基因转录后的表达调控,在免疫系统的调控和运行中具有重要作用。结核分枝杆菌是典型的胞内寄生菌,其感染能够引起人畜共患结核病。从microRNAs与结核免疫机制的相关性以及在结核分枝杆菌感染过程中巨噬细胞、外周血单核细胞及血清中microRNAs表达谱变化等方面,进行综述microRNAs作为结核分枝杆菌感染标志物的研究现状,以期为动物结核病检测提供理论参考。