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【目的】通过分析勒让德多项式阶数对最大似然值、残差的影响,优化随机回归模型,评估蛋鸡资源群体体重遗传潜能和选择时机,为蛋鸡资源群体育种方案提供参数。【方法】收集东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡F2资源群体体重数据26 532条。系谱数据包含5 871只鸡,其中4 174只鸡有5条记录,802只鸡有4条记录,128只鸡没有记录。数据清洗包括去除离群值数据、去除翅号重复个体、去除性别不明个体、去除少于4条记录个体。经整理,剩余25 483条体重数据,其中绿壳蛋鸡2 223条,白莱航鸡696条,F1代6 002条,F2代16 562条。应用SPSS软件中一般线性模型分析非加性遗传因素对体重的影响,确定将批次、性别列入动物模型固定效应。应用随机回归模型分析蛋鸡早期体重方差组分、遗传参数、随机回归系数矩阵特征向量。随机回归动物模型中包括一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中,以批次-性别作为固定效应,以周龄体重作为固定回归项,将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。经AIC、BIC筛选,随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入5阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入5阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。残差做异质化处理,分为5个水平,即每次观测设定一个残差初始值,观测间隔期残差以线性回归计算。【结果】蛋鸡资源群体1—9周龄体重遗传力为0.46—0.63,重复力为0.88—0.92,遗传相关系数为0.32—0.99,永久环境相关系数为0.34—0.99。遗传相关系数随着周龄间隔增大而减小,相邻周龄遗传相关系数较高。遗传方差、永久环境方差以及残差随年龄增加而增加。加性遗传效应随机回归系数矩阵前三个特征值依次为1 976.91、161.95、42.22,前三个特征值合计解释99%遗传变异。【结论】随机回归模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。对加性遗传系数矩阵第二特征方程系数进行选择可以改变个体生长曲线,选择时机宜在3—6周龄。蛋鸡资源群体早期体重遗传力略高于其它群体同类研究结果。 相似文献
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【目的】对育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡的肝脏进行miRNA高通量测序分析,探明高能饮食状态下蛋鸡肝脏中影响其开产的miRNA,为提高产蛋性能打下基础。【方法】以代谢能水平为12.14 MJ/kg的高能饲粮饲喂育成期蛋鸡,通过Illumina NextSeq500高通量测序平台对开产与未开产蛋鸡肝脏进行small RNA测序,使用DESeq分析miRNA表达量,并以实时荧光定量PCR进行验证;采用miRanda对差异表达miRNA进行靶基因和靶位点预测,同时以超几何分布对差异表达的靶基因进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】 6个样本(3个开产蛋鸡样本,3个未开产蛋鸡样本)能注释到的miRNA均超过300个,约占miRBase中已鉴定鸡miRNA的30.00%,且前体鉴定结果显示各样本注释到的miRNA有部分定位在同一前体上。与未开产组样本相比,开产组样本有9个miRNA表达上调、3个miRNA表达下调。其中,gga-miR-132c-5p、gga-miR-132b-5p、gga-miR-2184a-5p、gga-miR-132c-3p、gga-miR-132b-3p及gga-miR-2184a-3p属于同一miRNA基因簇,且gga-miR-1682、gga-miR-132b-3p和gga-miR-2184a-3p等3个上调miRNA在未开产蛋鸡样本中不表达。通过miRanda共预测得到129个差异表达潜在靶基因,以miR-203a预测得到的靶基因最多,为32个;其次是gga-miR-2184a-5p、gga-miR-148a-5p和gga-miR-12211-5p,分别预测到30、25和23个靶基因;而miR-132c-5p预测得到的靶基因最少,仅为9个。129个靶基因显著注释到8条GO功能条目上,生物学过程(Biological process)主要注释到脂质代谢过程、细胞脂质代谢过程、脂质生物合成过程、磷脂生物合成过程、磷脂代谢过程、甘油磷脂生物合成过程和解剖学结构发育,分子功能(Molecular funcion)仅注释到1条GO功能条目,即利钠肽受体活性,未发现涉及细胞组分(Cellular component)的GO功能条目;在注释到的8条GO功能条目中有6条与脂质代谢相关,涉及的靶基因有22个,占总潜在靶基因的17.10%。KEGG信号通路富集分析结果显示共显著富集到7条KEGG信号通路,其中脂肪酸降解、脂肪酸生物合成、酮体合成与降解及PPAR信号通路等4条信号通路与脂质代谢相关。【结论】育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡中共存在12个差异表达miRNA,涉及129个差异表达潜在靶基因,且主要富集在肝脏脂质代谢相关过程和信号通路,说明miRNA是通过调控脂质代谢及其相关基因表达而影响蛋鸡开产。 相似文献
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【目的】动物个体遗传物质除了调控自身表型之外,还通过资源分配或行为互动影响同伴性能表现,称之为间接遗传效应。畜禽选育时,遗传模型如果包含了间接遗传效应,不仅有利于改善个体间社会关系,还可以获得更多的遗传进展。研究以饲养于群体笼内如皋黄鸡为试材,以间接遗传模型评估体重数据,旨在为如皋黄鸡选育提供支持。【方法】体重数据采集自如皋黄鸡选育群体,试验鸡于42日龄称重,收集原始数据11 983条。数据清洗包括去除超出三倍标准差的离群值、去除翅号遗失个体、去除性别不明个体以及去除单笼养殖量少于4只的记录。系谱数据包含12 208只鸡:11 735只鸡有体重记录,473只鸡没有体重记录;10 560只鸡没有后代,1 648只鸡有后代,其中种公鸡208只,种母鸡1 440只。以SPSS软件中的单因素方差分析检验环境因素对体重的影响,确定列入固定效应的因子。应用经典动物模型、间接遗传模型分析如皋黄鸡早期体重方差组分及遗传参数,并检验间接遗传方差是否存在稀释效应。遗传模型中包括一般固定效应、固定回归项、加性遗传效应、间接遗传效应、共同环境效应以及残差。研究中,以单笼养殖量作为固定回归项,将加性遗传效应、间接遗传效应、共同环境效应列为随机项。稀释参数起始值设定为0,依次以0.1幅度递增至1.0,经AIC、BIC筛选,稀释参数宜设定为0。由于残差异质化处理没有改变遗传参数和方差组分,因此残差做同质化处理。以WOMBAT软件分析方差组分及遗传参数,计算结果达到收敛标准。【结果】影响如皋黄鸡体重的固定效应包括批次、层级、性别;42日龄如皋黄鸡体重受间接遗传效应影响,加性遗传力为0.54±0.02,总遗传力为0.66±0.06;同笼如皋黄鸡个体间以互助关系为主,加性遗传与间接遗传选择方向一致,遗传相关系数为0.41;育成期如皋黄鸡间接遗传方差不存在稀释效应;如皋黄鸡公鸡与母鸡间接遗传效应表现不同,遗传力、遗传相关系数也存在明显差异。【结论】间接遗传模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。相比于传统动物模型,间接遗传模型可以额外获得遗传进展。 相似文献
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鸡开产日龄和开产体质量的主基因+多基因混合遗传分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为研究鸡开产性状的分子遗传机理,揭示其内在遗传规律,以绿壳蛋鸡黑羽纯系和白来航鸡为亲本构建资源群体,测定亲本P1、P2和F1、F2代的开产日龄和开产体质量,运用数量性状主基因+多基因混合遗传模型软件SEA-G4F2对开产日龄和开产体质量进行遗传分析。结果表明:开产日龄的遗传模型为模型E,即两对加性-显性-上位性主基因+加性-显性-上位性多基因混合遗传模型,主基因遗传率为25.06%;开产体质量的适合模型为模型E-1,即2对加性-显性-上位性主基因+加性-显性多基因混合遗传模型,其主基因遗传力达到了63.28%,两个性状的多基因遗传率均很小,主基因对两个性状的调控作用远远大于多基因。 相似文献
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为研究徐海鸡体重和体尺性状指标间的内在相关性,以280日龄徐海鸡为研究对象,分别测定公鸡、母鸡的体重与体尺性状指标,并进行主成分分析。结果表明:徐海鸡公鸡体重与胫长、胸宽、胸角、体斜长和龙骨长极显著相关(P0.01),与胫围显著相关(P0.05);胫长与胫围、胸宽极显著相关(P0.01),与龙骨长显著相关(P0.05);胸宽与胸角和体斜长、胸角与体斜长显著相关(P0.05)。母鸡体重与胫长极显著相关(P0.01),与龙骨长显著相关(P0.05);胫长与胸宽、龙骨长显著相关(P0.05)。由主成分分析结果可知,公鸡、母鸡的体重与体尺性状指标都可以综合为4个主成分指标,累计贡献率分别为86.113%、80.137%,体重、体斜长、胫围、龙骨长和胸角是对主成分贡献最大的性状,反映了徐海鸡的体型特征和生长发育规律,对徐海鸡的保护和开发利用具有指导意义。 相似文献
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【目的】产蛋数是蛋鸡、肉种鸡育种工作中主选性状,但已有研究报道的产蛋数遗传力跨度较大,使育种工作者无从选择。对鸡产蛋数遗传力进行Meta分析,旨在评估蛋鸡、肉种鸡及地方鸡种产蛋数遗传力及其动态变化规律。【方法】通过检索中国知网、ISI Web of Science、PubMed、EBSCO及ProQuest数据库,收集 1990—2019年国内外发表的产蛋数遗传评估相关文献,共获得72篇符合内控标准的论文。应用随机效应模型、亚组分析及两步法回归分析评估产蛋数遗传力数据集。【结果】随机效应模型分析结果表明,产蛋数遗传力为0.234±0.009,不同研究结果之间异质性较高;亚组分析结果表明,白壳蛋鸡、褐壳蛋鸡亚群产蛋数遗传力分别为0.242±0.022、0.224±0.017,肉种鸡、地方鸡亚群产蛋数遗传力分别为0.221±0.029、0.240±0.014,产蛋后期遗传力呈现下降。产蛋数遗传力方程为h_2=-0.0023t+0.2253。【结论】遗传因素对鸡产蛋数变异贡献较低,遗传力的异质性可归因于遗传背景和周龄。 相似文献
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实验用Logistic、Gompertz和Bertalanffy 3个模型对0~7周龄的wod168、wod178、wod188和爱拔益加AA 4个肉鸡品种的生长曲线进行拟合,旨在探索不同生长速度的肉鸡品种生长发育规律。结果显示:wod168的最佳生长曲线模型是Gompertz模型,模型拟合度(R~2)达到0.999,拐点体重、拐点周龄和最大周增重分别为1 141.44 g、4.91周和377.01 g。wod178、wod188和AA最佳生长曲线模型均为Logistic模型,对应的模型拟合度(R~2)均高于0.99。研究表明,3种模型均能较好拟合不同品种鸡的生长曲线,但不同品种对应的最佳生长曲线模型不同,根据最佳生长曲线模型,可以及时发现鸡生长发育过程中存在的问题,较好地指导家禽日常的饲养管理工作。 相似文献
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【目的】盲肠是鸡进一步消化和吸收养分,尤其是纤维的器官,对鸡的生长及后期产蛋都具有重要作用,因此鸡的盲肠长度是一个重要的生理指标.【方法】通过对白来航鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交所得F2代个体的盲肠长度进行测量,并运用单核苷酸多态性(SNP)芯片检测其基因分型,根据SNP检测数据运用SAS进行遗传评估,并用全基因组混合模型关联算法(GEMMA)进行单变量全基因组关联分析(GWAS).【结果】结果显示,盲肠长度表现出中等遗传力(0.39).GWAS鉴定出54个SNP与盲肠的长度显著相关,且1号染色体170 Mb附近对于盲肠长度来说是一个重要区域.在这个区域,覆盖26个SNP位点的18个基因被定为候选基因,其中2个分别在编码序列(CDS)和3'非翻译区(3'UTR),对应于NHLRC3和SIAH3,它们可能是影响盲肠长度的重要SNP位点和基因.【结论】利用GWAS筛选并鉴定出和鸡盲肠长度相关联的SNP位点及基因,将为揭示蛋鸡盲肠发育的机制和分子育种提供基础. 相似文献
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为分析蛋白高度动态变化规律,估计该性状不同周龄的遗传力和遗传相关系数,以高产蛋鸡白来航鸡与地方鸡鸡种绿壳蛋鸡构建F2资源群体,采集资源群体蛋白高度数据18 624条,应用约束最大似然算法分析表型方差组分。结果表明,混合线性模型的固定效应宜包含批次和亲代品种效应;资源群体蛋白高度遗传力为0.17~0.30;不同周龄蛋白高度表型相关系数为0.22~0.43,遗传相关系数为0.58~0.97,相邻周龄遗传相关系数较高。结果显示资源群体蛋白高度遗传力属于中等偏下,通过中长期选择才能有效获取遗传进展;蛋鸡分离群体蛋白高度不同周龄之间表型值差异不大、遗传相关系数较高,选择1~2个时间点足以代表全期蛋白高度水平。 相似文献
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水稻是我县种植面积最大的粮食作物,年种植面积达43万亩,产水稻24.5万吨。长期以来,水稻生产全程机械化的发展受到栽插技术落后的制约,为此,我县在省农机局的统一组织下,借鉴江苏江西等地机插水稻的成功经验,引进了东洋PF455S型插秧机及软盘育秧技术,进行试验示范 相似文献