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元江宜昌橙(Citrus ichangensis Swingle)是云南元江县新发现的一类原始野生宜昌橙资源,为了解元江宜昌橙与长江流域来源的宜昌橙的遗传差异,以及云南元江野生宜昌橙种群内个体间的遗传差异,本研究利用21对SSR和InDel引物对元江宜昌橙、长江流域宜昌橙、大翼橙、香橙等4个群体的48份资源材料进行了遗传多样性分析。研究结果表明,21对引物共产生了131条多态性条带,平均每对引物检测到6.2个多态性条带,多态性标记位点的香农信息指数为0.14~1.11,平均期望杂合度为0.04~0.97。群体遗传结构分析、UPGMA聚类分析和主成分分析均表明元江野生宜昌橙是不同于长江流域宜昌橙资源的新类型,4个群体间的遗传差异较大,但群体间的基因流较低。在元江宜昌橙种群内存在遗传异质个体,但种群内的遗传多样性比长江流域宜昌橙群体的遗传多样性水平低,香橙群体的遗传多样性水平较高,大翼橙群体中的马来西亚大翼橙与宜昌橙遗传距离较远,而红河大翼橙与元江宜昌橙的遗传距离较近。本研究证实了元江野生宜昌橙是有别于长江流域宜昌橙的新类型,在进行元江宜昌橙野生资源的收集时,以居群为单位加以资源材料的收集对遗传多样性的保护更为有利。 相似文献
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滇池流域生态农业的建设 总被引:2,自引:0,他引:2
滇池流域生态农业的建设昆明市农业局江东在祖国的西南边陲有颗灿烂的高原明珠,它就是位于美丽、富饶、神奇的云南省省会,素有“春城”之称的昆明市西南方向的五百里滇池。这颗美丽而神奇的高原明珠不仅是昆明人民的生活命脉,万家之水,而且从古到今有许多文人墨客为它... 相似文献
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【目的】柑橘芽极易发生变异,用形态学的方法鉴定这些芽变材料,易受环境、栽培条件等因素影响,而利用深度测序技术开展柑橘芽变材料鉴定,能够获得变异位点的基因型;同时,建立的技术体系也有利于柑橘资源的精准鉴定、种质资源的遗传多样性研究和植物性品种权保护。【方法】本研究通过靶位点SSR测序技术对柑橘芽变材料开展鉴定。首先利用柑橘全基因组序列扫描发掘SSR,采用多态性较高的SSR位点用于柑橘芽变材料的区分,进一步利用多路复用PCR扩增构建SSR靶位点文库,并通过MiSeq深度测序方法对2份温州蜜柑芽变材料的SSR靶位点进行测序验证。再利用开发的SSR标记对22份优质柑橘种质资源进行遗传多样性分析。【结果】利用GMATA软件在克里曼丁红橘(Citrus clementina Hort. ex. Tanaka)参考基因组和温州蜜柑(Citrus unshiu Macf.)基因组中分别获得69 101个和80 193个SSR,其中以AT/TA为主的2基序SSR最多,3基序中以AAT最多,通过序列比对发掘出变异热点区域的高多态性SSR用于温州蜜柑芽变材料的检测,4对SSR引物能对22份柑橘材料进行准确区分。77对SSR靶位点的深度测序一次性对多个SSR位点进行基因分型,能准确鉴定出2份温州蜜柑芽变材料的SSR基因型,以及SSR在基因组上的准确位置。结合SSR以及SNP基因型,能够对2份温州蜜柑芽变材料进行有效区分。【结论】本研究开发了用于柑橘芽变材料区分的高效SSR位点发掘方法,结合靶位点多路扩增和Target SSR-seq的深度测序实现了柑橘芽变材料的高效区分。 相似文献
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【目的】研究类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)基因家族在柑橘基因组中的分布、结构及进化,对CcCCD4a在果肉颜色形成过程中的表达及其在不同果肉颜色的柑橘种质中的基因型进行研究,为开发用于果肉颜色的分子辅助育种标记奠定基础。【方法】根据已报道的CCD,采用同源比对法检索柑橘基因组中的CCD家族基因(CcCCD)。采用生物信息学软件构建系统进化树,进行亚细胞定位预测,预测蛋白质的相对分子质量与等电点(pI)等理化性质,预测保守motif,绘制家族基因Scaffold定位图。利用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)分析CcCCD4a在柑橘果实颜色发育过程中的表达模式,利用测序技术鉴定30个柑橘品种的CcCCD4a基因型,采用Tassel软件进行单倍型分析。【结果】从克里曼丁橘(Citrus clementina)基因组中鉴定出14个CcCCD基因家族成员,可将其分为5个亚家族,即CcCCD1、CcCCD4、CcCCD7、CcCCD8和CcNCED。该家族蛋白理论等电点分布在6.05—8.53,编码氨基酸数目介于412—611个;亚细胞定位预测结果显示该基因家族成员主要位于叶绿体和细胞质中;聚类分析发现,CCD8亚家族与其他家族成员遗传距离较远,柑橘中各CCD均能在其他物种中找到同源基因;Scaffold定位分析发现,14个CCD家族成员成员分布在除5号Scafflod外的所有Scafflod上,且分布不均匀。对10个柑橘品种在4个时期的果肉色泽进行表型鉴定,随着果实趋于成熟,果肉的色调角(h)逐步下降,果肉颜色逐步加深;CcCCD4a在不同柑橘品种中相对表达量存在显著差异,果肉颜色为浓橙红色的品种CcCCD4a表达量显著低于果肉为橙色或浅橙黄色的品种(P<0.05),CcCCD4a相对表达量与色调角呈显著正相关(P<0.05);对30个柑橘品种进行测序分析,发现单倍型hap-1、hap-4和hap-5为果肉浓橙红色品种优势单倍型。【结论】‘克里曼丁’橘包含14个CCD基因家族成员,各成员均含有RPE65保守结构域,并定位于细胞的不同位置,分布在不同的Scaffold上。CcCCD4a参与柑橘果肉颜色的形成,其基因相对表达量与果肉色调角呈显著正相关,可作为潜在的柑橘果实颜色的辅助育种标记,尤其是单倍型hap-1、hap-4、hap-5与果肉红色的关联度较高,对颜色育种的早期杂种群体筛选有一定帮助。 相似文献
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柑橘类果树组织总RNA优异且通用的提取方法 总被引:3,自引:0,他引:3
分别以柚类、柠檬、甜橙、枳壳和宽皮橘的果皮、果肉、枝皮、老叶、嫩叶、树根、子房、花瓣,尤其是以果胶含量丰富的岩溪晚芦果皮等作试材,将两次LiCl沉淀法加以改良,加入适量CaCl2,找到一种柑橘类果树总RNA优异且通用的提取方法,所得RNA的质量和产量均较高。经差减文库构建、连接、电转化,成功获得了目标片段。 相似文献
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塔罗科血橙新系是中国农业科学院柑桔研究所从塔罗科血橙珠心苗中选出的甜橙新品种,2003年通过重庆市农作物品种审定委员会审定。 相似文献