广西沿海地区对虾桃拉病毒(TSV)检测及假阳性分析

桃拉病毒(TSV)是一种给对虾养殖业造成极大危害的病原。应用RT-PCR方法对采自广西防城港、北海、钦州等地养殖场的疑似病虾进行TSV检测,结果在250份样品中,TSV的检出率为0;有5份病样在目的带位置附近出现明显条带,经测序和NCB I比对,该条带的DNA序列与南美白对虾18S ribosomal RNA 99%吻合。表明广西沿海地区近年来桃拉病的发病率已明显降低,利用国际兽医局O IE推荐的引物检测桃拉病毒有可能造成假阳性。试验结果可为广西TSV的科学检测与防控提供参考。     

广西钦州湾牡蛎线粒体COI基因片段变异分析

采用PCR方法扩增66个广西钦州湾牡蛎个体的线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(COI)片段,纯化后经测序分析,得到535 bp的碱基序列,其中A、T、G、C、A T和C G含量分别为23.8%、37.5%、20.5%、18.2%、60.5%和39.5%。比较它们与香港牡蛎和有明巨牡蛎COI序列的差异,钦州湾白肉牡蛎与香港牡蛎COI序列完全相同,而红肉牡蛎与有明巨牡蛎序列相同。DNAStar软件对比分析发现30个突变位点,其中16个位点为转换,14个位点为颠换。MEGA4软件构建NJ系统进化树显示白肉牡蛎和红肉牡蛎分为不同的2支。据此初步认为广西钦州湾牡蛎可能为2个不同的种群,COI基因片段可作为分析牡蛎种群遗传和系统发育的分子标记。     

两个对虾新型表达载体的构建

【目的】构建一种能在对虾细胞内稳定存在的新型表达载体,为对虾口服疫苗的研制奠定基础。【方法】设计特异性引物,以对虾白斑综合症病毒（WSSV）DNA为模板,PCR扩增早期基因启动子IE1的不同长度片段IE（-94/＋52）和IE（-945/＋52）;利用限制性酶切及连接的方法,以IE（-94/＋52）和IE（-945/＋52）替换pcDNA3.1-GFP的CMV启动子;然后将构建好的表达载体与阳离子脂质体转染试剂TransLipidTM混合,肌肉注射凡纳滨对虾。【结果】经双酶切鉴定,表达载体pcDNA3.1-IE（-94/＋52）-GFP、pcDNA3.1-IE（-945/＋52）-GFP分别获得6150和146 bp、6150和997 bp的目的条带;注射pcDNA3.1-IE（-94/＋52）-GFP、pcDNA3.1-IE（-945/＋52）-GFP的对虾部分体细胞在荧光显微镜下可见绿色荧光,且注射pcDNA3.1-IE（-94/＋52）-GFP的绿色荧光强度强于注射pcDNA3.1-IE（-945/＋52）-GFP。【结论】构建的两个新型表达载体pcDNA3.1-IE（-94/＋52）-GFP、pcDNA3.1-IE（-945/＋52）-GFP均可用于对虾病毒抗原蛋白基因的表达。     

皇甫川流域2000—2015年植被NDVI时空变化特征

【目的】分析黄土高原砒砂岩区植被覆盖的时空动态变化特征,探讨土地利用类型对归一化植被指数(NDVI)的影响及植被盖度与水热因子的空间和时滞关系,为黄土高原砒砂岩区退化植被恢复重建和黄河粗泥沙的综合治理提供思路,改善当地生存条件和生态环境。【方法】在皇甫川流域,利用2000—2015年MODIS13Q1共192期产品,以ENVI为技术平台,计算NDVI,采用一元线性回归分析法和Spearman相关分析法分析其在不同时间尺度上的动态变化和不同空间尺度上的分布格局,基于地理空间系统分析其在不同土地利用方式下(分辨率30m)的时空特性,并运用Spearman相关分析法详细分析NDVI和水热因子间的响应关系。【结果】2000—2015年,皇甫川流域NDVI平均值为0.429~0.630,呈线性增加趋势,增长速率为0.0042·a^-1,生长季与非生长季差别显著,5月出现最大值,气温和降水量亦呈增加趋势,增长速率为0.0348℃·a^-1和6.27mm·a^-1;空间上,纳林川子流域16年来NDVI为0.1~0.3,十里长川子流域为0.25~0.4,均呈“沟道高-坡面低”的空间格局;不同土地利用类型下NDVI为0.2~0.25,表现为林地>耕地>草地>未利用地,16年的增长速率表现为草地>未利用地>林地>耕地;纳林川支流沟道附近NDVI呈下降趋势,变化率为-0.09~0,而远离沟道的坡面地区呈上升趋势,变化率为0~0.12;十里长川支流沟道附近NDVI变化率为0~0.4,而沟道周围地区变化率为0.04~0.12;整个流域内NDVI的增长趋势在空间上呈坡面极显著、沟道附近显著、沟道不显著的空间格局;16年间生长季NDVI与气温无明显相关性,与降水的相关系数为-0.41~0.87,相比沟道附近植被而言,坡面上的植被更易受降水量影响;植被生长对降水的响应存在1年(P=0.036<0.05)和1个月(P=0.001<0.01)的滞后期,对气温存在2个月(P=0.002<0.01)的滞后期。【结论】时间上,皇甫川流域NDVI在不断波动中呈显著上升趋势,生长季与非生长季均值变化表现出明显不同。空间上,皇甫川流域NDVI在沟道均值高,但增长率低,甚至出现退化现象,在坡面均值低,但呈极显著增长。林地和草地增加最多,说明近年来退耕还林工程效果显著。NDVI与降水相关性较高并与气温和降水都存在一定滞后现象。     

企鹅珍珠贝AFLP反应体系建立的研究

为了将AFLP技术应用到企鹅珍珠贝相关研究中,以企鹅珍珠贝为材料,采用SDS-CTAB改进法DNA提取高质量的基因组DNA,通过对AFLP双酶切体系、连接体系、预扩增体系及选择性扩增体系中关键因素进行优化,建立了适用于企鹅珍珠贝的AFLP反应体系.同时以3个企鹅珍珠贝地理群体为材料,采用新建立AFLP反应体系从256对引物组合中筛选出10对多态性高的AFLP引物组合,说明建立的优化体系可用于企鹅珍珠贝的AFLP分析.     

海豚链球菌LAMP方法的建立及初步应用

为快速准确地检测鱼类海豚链球菌(Streptococcus iniae),减少由其造成的经济损失,建立了一种基于Sim基因高效、敏感的海豚链球菌环介导等温扩增(LAMP)检测技术,并对739个样品进行了检测。结果表明,该方法可以特异性地检测海豚链球菌,而不能检测无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、副乳房链球菌(Streptococcus parauberis)、停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)等8种参考菌株。对海豚链球菌DNA最低检测限为5.32拷贝/μL;对739个样品的检测结果显示,8种鱼类海豚链球菌的平均检出率为17.67%,池塘水和海水的检出率分别为13.33%、16.67%;该菌主要发现于罗非鱼脑组织中,其平均检出率为27.04%(43/159),而其他鱼类则主要发现于皮肤,平均检出率为24.14%(42/174);阳性样品主要来自于2014年6月至9月期间,占总检出率的65.00%。     

凡纳滨对虾围食膜蛋白基因全长cDNA的克隆及序列分析

为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列与斑节对虾卵巢围食膜蛋白1和2、围食膜蛋白前体3,短钩对虾围食膜蛋白1、2,以及中国对虾围食膜蛋白编码序列的同源性较高,均达到80%以上。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析结果表明该基因在抗感染对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的对虾的心脏和胃中高表达,在肝脏、肠和肌肉中表达较低,在鳃中表达最弱,在眼中不表达;该基因在感染IHHNV病毒的对虾的心脏表达明显减弱,在肝脏、眼、肌肉和鳃中表达较低,在肠道和胃中几乎不表达,说明该基因参与对虾抵御病原体侵入过程。     

对虾白斑病毒VP15基因的RNA干扰体外研究

VP15是南美白对虾WSSV病毒的一个核衣壳基因。本研究采用体外干扰实验筛选对VP15具有针对性的siRNA。实验构建了真核表达载体pEGFP–VP15,并将设计的siRNA以及pEGFP–VP15共转染BHK细胞。采用Western blot方法检测GFP–VP15融合蛋白的表达,半定量RT-PCR方法检验siRNA抑制VP15基因转录的效果。 实验结果表明,pEGFP–VP15在PK细胞正常表达,设计的三对siRNA对GFP–VP15的mRNA转录均有不同程度的干扰效果,其中siRNA1的干扰效果最为显著。实验结果为下一步对虾体内干扰WSSV病毒复制研究以及筛选更多的特异siRNA建立基础。