日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP(Reliable SNPs)位点705个,较可信SNPs(High confidence SNPs)905个,潜在SNPs(Potential SNPs)1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。     

二次正交旋转组合设计优化人工诱导翘嘴鲌雌核发育

采用紫外线照射鲤鱼(Cyprinus carpio)精子使其遗传物质失活,并用冷休克方法抑制翘嘴鲌(Culter alburnus)卵第二极体的排出,诱导出翘嘴鲌雌核发育二倍体。运用3因素5水平二次正交旋转组合设计方法,分别建立冷休克起始时间(x_1)、处理时间(x_2)和处理温度(x_3)3个因素与翘嘴鲌雌核发育率(y_1)和孵化率(y_2)两个指标之间的二次回归模型,探究翘嘴鲌减数分裂雌核发育的最优诱导条件组合。并采用响应面分析法(RSM),讨论各因素水平的单因素效应、互作效应对响应值的影响。结果表明,受精后6 min进行冷休克,处理时间为18 min,休克温度为7℃时,雌核发育率达最大(18.60%);受精后6 min进行冷休克,处理时间为23 min,休克温度为5℃时,孵化率达最大(33.00%)。各因素对响应值的影响均是呈开口向下的抛物面关系。根据因素贡献率得到,起始时间对翘嘴鲌雌核发育影响极显著,冷休克处理温度次之,而冷休克处理时间的影响最小。     

大鳞副泥鳅角蛋白18基因cDNA的全长克隆与序列分析

角蛋白18(K18)是角蛋白的一种,为中间纤维蛋白,是细胞骨架的必要组成部分。采用RACE法克隆了大鳞副泥鳅K18基因cD NA的全长序列,并运用实时荧光定量PCR技术探讨其在不同组织中的表达。结果表明,克隆得到的大鳞副泥鳅K18基因cD NA序列全长为1 718 bp,其中包含1个长1 296 bp开放阅读框,编码431个氨基酸,蛋白质相对分子量48.66 ku。同源性分析显示,大鳞副泥鳅K18与泥鳅的相似性最高为98%,与斑马鱼、金鱼、虹鳟、白斑狗鱼等物种K18也存在不同程度的相似性。系统进化分析表明,大鳞副泥鳅与其他物种的K18系统发育同源,并与泥鳅的关系最为密切。通过实时荧光定量PCR分析,K18基因在大鳞副泥鳅的肠、肌肉、胃、心脏、肝脏、精巢、卵巢、脾脏等8种组织中都有表达,其中,肠表达最高,心脏最低。研究旨在为大鳞副泥鳅的分子生物学研究提供参考资料,并为更好地了解大鳞副泥鳅细胞骨架结构系统提供依据。     

泥鳅和大鳞副泥鳅细胞色素P450c17-Ⅰ(CYP17-Ⅰ)基因的克隆及组织表达分析

采用3'-和5'-RACE法克隆了泥鳅和大鳞副泥鳅CYP17-Ⅰ基因的cDNA全长序列,通过实时荧光定量PCR技术分析其表达情况。结果表明,泥鳅CYP17-Ⅰ基因cDNA全长1 706 bp,开放阅读框(open reading frame, ORF) 1 563 bp,编码520个氨基酸;大鳞副泥鳅CYP17-Ⅰ基因cDNA全长1 763 bp,ORF长1 545 bp,编码514个氨基酸。2种鳅CYP17-Ⅰ氨基酸序列都有1个信号肽、1个跨膜区、1个保守的蛋白结构域和3个功能保守区。相似度分析显示,2种鳅之间CYP17-Ⅰ相似度为99%,与其他鱼类的相似度也超过70%。系统进化分析显示,2种鳅之间关系最为接近,其系统发育关系基本符合传统的分类地位。qRT-PCR结果显示,CYP17-Ⅰ在2种鳅的肠、肌肉、心脏、胃、肝脏、精巢、卵巢、脾脏等8个组织均有表达,在精巢和卵巢中表达量相对较高。     

奥利亚罗非鱼β-actin基因的克隆与结构分析

β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要作用,其序列具有高度保守性,是一种管家基因。通过RT-PCR方法克隆出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.5 ku。氨基酸同源性分析显示,奥利亚罗非鱼β-actin与真鲷(Pagrus major)、斑马鱼（Danio rerio）、青鳉（Oryzias latipes）、龙溪鳉（Rivulus marmoratus）的相似性最高,为99.3%;与鲫（Carassius auratus）、红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）等其它鱼的相似性也较高,为97.8%~98.6%。此外,还克隆出了奥利亚罗非鱼β-actin〖WTBZ〗相应的DNA序列,共619 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的奥利亚罗非鱼β-actin含有2个内含子,这为将来设计βactin〖WTBZ〗荧光定量PCR引物以及测定其在不同组织中的表达量变化打下基础。     

翘嘴红鲌(♀)×团头鲂(♂)杂种F_1的SRAP标记分析

相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)是基于PCR技术的一种新型分子标记技术。运用SRAP分子标记技术对翘嘴红鲌(♀)×团头鲂(♂)杂种F1及其父母本的遗传变异进行了分析。从24个SRAP引物组合中筛选到21个多态性引物组合,共得到136条清晰稳定的扩增位点,其中124个扩增位点具有多态性,平均每个引物组合产生6.48个多态性条带,显示了较高的多态性比率。杂种F1的SRAP扩增条带均能在亲本中找到,未发现杂种F1特异性条带,直观显示杂种F1确为杂交种。翘嘴红鲌、团头鲂及其杂种F1的Nei’s多样性指数(H)分别为0.194 5、0.172 2、0.198 4,Shannon’s信息指数(I)分别为0.289 1、0.254 7、0.290 5,表明杂种F1比其父母本有更高的遗传多样性水平。翘嘴红鲌与团头鲂间的遗传距离为0.420 6,两者基因组有较大的相似性。杂种F1与翘嘴红鲌和团头鲂间的遗传相似性分别为0.767 1、0.751 2,两者相差甚微,显示杂种F1与双亲的相似程度没有明显的倾向性,表明属间杂种F1整合了翘嘴红鲌和团头鲂的遗传...     

红螯螯虾不同体色个体间营养差异分析

为了探究红螯螯虾（Cherax quadricarinatus）体色与其营养成分之间的连锁关系,测定分析棕黄色[体质量为（51.8±4.2）g]、草绿色[体质量为（52.9±3.4）g]和天蓝色[体质量为（48.5±10.9）g]三种体色个体肌肉的营养组分。结果显示,草绿色个体腹部肌肉的粗蛋白含量显著高于棕黄色和天蓝色个体（P<0.05）。棕黄色、草绿色、天蓝色三种体色个体的必需氨基酸与总氨基酸比值分别为38.83%、41.52%和34.61%;必需氨基酸与非必需氨基酸的比值均超过60%;草绿色个体显著高于棕黄色和天蓝色个体（P<0.05）,属于优质蛋白;呈味氨基酸与总氨基酸比值分别为46.87%、41.94%和53.41%,天蓝色个体显著高于草绿色和棕黄色个体（P<0.05）,表明天蓝色个体的肉质风味更加鲜美。三种体色的红螯螯虾之间总饱和脂肪酸差异显著,棕黄色个体显著高于草绿色和天蓝色个体（P<0.05）;饱和脂肪酸主要以棕榈油酸（C16:0）为主,棕黄色个体中C16:0的含量高于草绿色和天蓝色个体,并与草绿色个体形成显著性差异（P<0.05）。在多不饱...     

塑料袋混合营养培养小球藻技术

正小球藻是第一个被人工培养的微藻,它可作为人类的食品及食品添加剂,也可作为水产动物人工育苗阶段的饵料和饲料添加剂,还可作为培养轮虫的饵料以及用于提取EPA、DHA、类胡萝卜素、虾青素等。此外,小球藻可用于调节水质。小球藻大规模培养研究可以分为两个阶段,1950-1979年主要进行开放水池培养的研究,1980年开始进行密闭和半密闭反应器培养的研究。     

鲌鲂F1、F2及其亲本肌肉营养成分的比较分析

本研究对翘嘴鲌(Culter alburnus)、团头鲂(Megalobrama amblycephala)及其杂交子一代鲌鲂F₁(C.alburnus♀×M.amblycephala♂)、子二代鲌鲂F₂(self-crossing of C. alburnus♀×M. amblycephala♂)背部肌肉的营养成分进行了比较分析,并对其营养品质进行了评价与对比。结果显示:鲌鲂F₁和F₂肌肉的水分含量均显著低于父本团头鲂(P<0.05),粗蛋白含量则显著高于团头鲂(P<0.05),鲌鲂F₁的粗脂肪含量显著高于鲌鲂F₂和团头鲂(P<0.05)。4种鱼均检测出18种氨基酸,其中,鲌鲂F₂的氨基酸总量(TAA)、必需氨基酸(EAA)、呈味氨基酸(DAA)、∑_EAA/∑_TAA、∑_EAA/∑_NEAA、氨基酸评分(AAS)、化学评分(CS)及必需氨基酸指数(EAAI)等均不同程度高于亲本及鲌鲂F₁。4种鱼均检测出20种以上的脂肪酸,其中,鲌鲂F₁的∑_PUFA和∑_EPA+DHA含量高于双亲,并显著高于鲌鲂F₂(P<0.05),∑_SFA:∑_MUFA:∑_PUFA比值为1:1.88:1.02,较双亲及鲌鲂F₂更接近人体合理膳食的理想模式。综合分析,相较于双亲,鲌鲂F₁具有高脂、高蛋白、高EPA+DHA和均衡的脂肪酸组成等营养价值特点,鲌鲂F₂则具有低脂、高蛋白、均衡的氨基酸组成以及最优的食用品质。因此,鲌鲂F₁和F₂具有不同的营养品质特点,可满足消费者的不同需求,均具有良好开发利用前景。     

温州光唇鱼线粒体基因组结构及系统发育分析

采用已公布的鱼类线粒体基因组全序列,设计8对引物扩增、测定并注释温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)线粒体基因组(GenBank登录号:KC_495074)。序列全长16 591 bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致;37个基因中,1个蛋白质编码基因(ND6)和8个tRNA基因(tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu和tRNAPro)由L链编码,其余的均由H链编码。A、T、G、C碱基组成分别为30.92%、24.86%、16.41%、27.81%;除tRNASer(AGN)外,其它21个tRNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子,而COⅡ、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其它10个基因均具有完整的终止密码子。利用鲤科共17属18种线粒体基因组13个蛋白质基因的氨基酸序列,从线粒体基因组水平探讨了温州光唇鱼在鲤科鱼类中的系统进化地位,为光唇鱼属乃至鲤科鱼类的系统分类学研究提供基础资料。