细菌β-内酰胺酶和氨基糖苷磷酸转移酶耐药基因可视化LAMP检测方法的建立和初步应用

为了建立快速准确检测微生物携带氨苄青霉素和卡那霉素抗性基因的环介导等温扩增(LAMP)方法,根据抗性基因β-内酰胺酶(bla)和氨基糖苷磷酸转移酶(Aph)基因序列,利用Primer Explo-rer V4在线工具设计特异LAMP引物,成功建立了检测上述2个基因的可视化LAMP方法。该LAMP体系在65℃条件下反应1 h,以100μmol/L HNB为最佳浓度,可实现阳性结果的准确判读,bla基因的检测灵敏度达到1 pg/μL。应用该LAMP方法成功检测到污水环境的微生物携带bla抗性基因。建立的LAMP方法在快速、可视化检测环境中抗性基因方面具有潜在应用价值。     

AANAT基因在滩羊不同繁殖时期卵巢中的转录差异及DNA甲基化程度分析

试验旨在检测5-羟色胺-N-乙酰基转移酶（AANAT）基因在绵羊休情季节和繁殖季节（卵泡期和黄体期）卵巢组织中的转录差异,并分析转录差异是否由DNA甲基化修饰程度改变所导致。试验采用自然环境条件和饲养管理一致,且体重差异在0.5 kg范围内的空怀母滩羊作为试验动物,采集其休情期、卵泡期和黄体期（每个时期3只）的卵巢组织,采用SYBR染料法进行实时荧光定量PCR检测AANAT基因在滩羊不同繁殖时期卵巢组织中的转录水平。随后针对转录水平有差异的两个时期（休情期和卵泡期）的样本,利用MethPrimer 2.0在线软件预测AANAT基因启动子区和第一外显子区的CpG岛;用重亚硫酸盐测序法（BSP法）检测AANAT基因启动子区及第一外显子区的甲基化程度。试验结果显示,滩羊休情期卵巢组织中AANAT基因转录水平显著低于卵泡期的AANAT基因转录水平（P<0.05）,休情期与黄体期滩羊卵巢组织中AANAT基因的转录水平差异不显著（P>0.05）。滩羊卵巢组织中AANAT基因启动子区上存在着一个长度为173 bp的CpG岛,第一外显子区存在着一个长度为118 bp的CG岛。然而,两个甲基化岛区内的单个CpG位点甲基化程度在滩羊休情期和卵泡期之间均不存在显著差异,暗示AANAT基因的表达受甲基化修饰外的因素调控。本研究结果可为进一步探讨AANAT基因在季节性发情和卵泡成熟中的功能提供参考资料。     

发酵乳中沙门氏菌依赖解旋酶恒温基因扩增快速检测方法的建立

建立依赖解旋酶恒温基因扩增（helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA）快速检测发酵乳中沙门氏菌方法。以沙门氏菌invA基因序列为目的基因,设计特异性引物,优化反应体系中UvrD解旋酶及T4 gp32添加量,建立最优反应体系。通过HDA方法直接检测发酵乳中沙门氏菌,扩增其产物后进行电泳检测,验证方法特异性。结果表明：采用HDA快速检测法检测发酵乳中沙门氏菌特异性良好,优化后反应体系体积50 μL时,UvrD解旋酶添加量为0.10 μg,T4 gp32添加量为5.0 μg,得到与设计序列长度（304 bp）一致的扩增产物,检出限为2.6×102 CFU/g;该方法用于快速检测发酵乳中沙门氏菌能够满足检测需求,具有较高的灵敏度、易操作,可作为一种基础且快速的方法检测发酵乳中沙门氏菌。     

猪肠源粪肠球菌的体外耐受性研究

对仔猪直肠内容物分离的粪肠球菌进行体外耐受性研究。以粪肠球菌体外存活率为考察指标,通过耐酸性、耐胆盐、耐高温试验来研究菌株的体外培养特性。耐酸性试验采用pH为2.0、3.0和7.0培养基培养菌株3h,其存活率分别为2.18%、121.01%和134.02%;胆盐浓度在0.1%~0.3%培养菌株,生长良好且存活率均在70%以上;耐高温实验是在50℃和60℃处理30min后存活率菌小于50%,菌株对高温敏感。结果表明,仔猪肠源粪肠球菌有较好的耐酸性及耐胆盐能力,但对高温敏感。     

东佛里生羊MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在研究肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其对东佛里生羊生长性状的影响。从324只东佛里生羊全血中提取DNA,对MSTN基因外显子序列和非翻译区(untranslated region,UTR)序列进行PCR扩增,采用一代测序技术鉴定单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析不同位点的遗传多态性,并将不同基因型与东佛里生羊的生长性状进行关联分析。结果显示,在东佛里生羊MSTN基因外显子中未检测到突变;在3'-UTR区的272 bp处存在G→A单碱基突变,该位点只检测到AG和AA基因型,且AA基因型频率高于AG基因型;在5'-UTR区的176 bp处存在C→A突变,该位点只检测到CC和AC基因型,且CC基因型频率高于AC基因型。遗传多样性参数分析结果表明,东佛里生羊群体MSTN基因3'-UTR-272和5'-UTR-176位点的纯合度分别为0.827和0.887,杂合度分别为0.173和0.113,2个位点的多态性均较低(PIC<0.25),其群体基因型分布均符合哈代-温伯格平衡(P>0.05)。关联分析发现,3'-UTR-272位点AG基因型体斜长显著高于AA基因型(P<0.05),5'-UTR-176位点CC基因型胸围显著高于AC基因型(P<0.05),其余指标均无显著差异(P>0.05)。综上,东佛里生羊MSTN基因3'-UTR和5'-UTR突变位点可作为其目标性状选育的分子标记。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

不同繁殖力绵羊BMPR-IB基因CDS区597位点多态性检测

为探究骨形态发生受体蛋白IB基因(Bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB)编码区多态性对绵羊繁殖性能的遗传效应,以湖羊、产单羔蒙古羊、产双羔蒙古羊、产单羔欧拉羊、产双羔欧拉羊母羊为研究对象,对试验群体的BMPR-IB基因CDS区597位点进行了多态性检测。结果显示:在产双羔和产单羔的蒙古羊、欧拉羊中均检测到野生GG基因型、杂合突变GA基因型和纯合突变AA基因型,而湖羊只检测出GA、AA两种基因型。湖羊的优势基因型为AA,优势等位基因为A;产双羔蒙古羊、产双羔欧拉型藏羊、产单羔欧拉型藏羊优势基因型均为GA型,其中产双羔蒙古羊与产双羔欧拉藏羊优势等位基因为A,产单羔欧拉型藏羊优势等位基因为G;产单羔蒙古羊优势等位基因型为GG,优势等位基因为G。经多态信息含量(Polymorphism information content,PIC)及χ~2适合性检测分析可知,产双羔与产单羔的蒙古羊、欧拉羊均处于中度多态(0.25相似文献   

奶牛乳铁蛋白基因部分序列的PCR—SSCP分析

本研究采用PCR－SSCP方法对奶牛乳铁蛋白基因的第7、12外显子和5′调控区部分序列进行多态性分析，发现该基因5′调控区一段长227bp的DNA片段上存在多态性。经过对突变纯合（BB）的两头奶牛个体进行测序分析后证明，位于起始位点上游CAAT框－926和－915位置分别具有G→A及T→G点突变，同时在－839和－811位置分别具有C和T单碱基的。等位基因A、B的频率分别为0.898和0.102。     

Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds

The paper was aimed to investigate the polymorphism of copy number variation (CNV) in different pig breeds.Three CNV regions of CNVR91,CNVR92 and CNVR143 were chosen from the porcine SNP60 chip genotyping results.The polymorphisms of three CNVs were determined by Real-time quantitative PCR method,taking five pig breeds as samples,including Yorkshire pig,Xiang pig,Kele pig,Nuogu pig and Rongchang pig breeds.The results showed that the dominant status of CNVR91 was loss in Xiang pig,while it was normal in other four pig breeds.The major type of CNVR92 was deletion in Xiang pig,Yorkshire pig,Kele pig and Rongchang pig breeds,with a high normal percent in Nuogu pig.For CNVR143,the dominant event was gain in Xiang pig and Nuogu pig breeds,but it was not diverse in other three pig breeds.These results indicated that three CNV regions emerged with polymorphism in five pig breeds,which might have effects on gene expression in CNV regions and physiological function by dosage effect especially in Xiang pig,Nuogu pig and Kele pig breeds.     

全基因组选择在猪育种中的研究进展

目前,随着分子生物学技术和遗传学的不断发展,动物育种方法从传统的数量评估方法,逐渐向全基因组选择法评估育种值转变。全基因组选择是动物育种的一次革命,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能大大缩短育种间隔,提高遗传进展,已然成为动物育种研究的热点。该文主要对全基因组选择在动物育种中的应用及展望做一个简述。