连城白鸭与沔阳麻鸭胸肌转录组比较

为了解连城白鸭与沔阳麻鸭肉质的差异,本研究选择300日龄连城白鸭与沔阳麻鸭各3只母鸭,测定胸肌粗脂肪、肌苷酸含量,同时对胸肌组织进行转录组高通量测序筛选品种间的差异表达基因,并对其功能进行注释、KEGG通路分析,挑选部分基因进行荧光定量PCR验证。结果显示:2个品种胸肌转录组测序得到40.6 Gb Clean Data,各样品的Clean reads与北京鸭参考基因组的比对效率在68.65%~72.17%。共筛选2333个差异表达基因,其中连城白鸭显著高表达1060个,沔阳麻鸭显著高表达1273个。差异表达基因共富集到280条信号通路中,67条通路显著富集,其中多条通路和肌肉脂肪沉积、能量代谢以及各类物质代谢相关。ACDC、FABP4、AMPD1、MITF、MAOA和CSAD等差异表达基因可能对不同品种鸭特异的肉质风味形成产生影响。经qRT-PCR验证,测序结果可靠。连城白鸭与沔阳麻鸭胸肌转录组比较显示不同地方鸭品种肉质存在一定差异。     

OsWD40过表达水稻根系响应盐胁迫的转录组分析

盐胁迫是影响水稻产量的主要因素之一,开展水稻耐盐机制的研究十分必要。为了揭示OsWD40基因参与耐盐的分子机制,以日本晴和OsWD40过表达水稻株系为材料,用浓度为200mmol/L的NaCl分别处理0、12、24和48h,对其根系进行转录组测序分析。结果显示,比较日本晴和OsWD40过表达株系在盐胁迫相同时间（ST0与NT0、ST12与NT12、ST24与NT24、ST48与NT48）的基因表达量,分别检测到1950、1646、3499和1522个差异表达基因。其中,盐胁迫处理24h的差异表达基因多于0、12和48h处理。对4个比较组的差异表达基因分别进行GO功能富集分析和KEGG代谢通路分析,发现差异表达基因主要富集在盐胁迫响应、脱落酸响应和转录调控等GO条目中,富集的重要代谢通路主要是植物激素信号转导,植物MAPK信号传导途径和苯丙烷生物合成、类黄酮生物合成相关的次生代谢途径等。同时,转录因子家族基因,如WRKY、MYB和bHLH等,在各比较组中呈现差异表达。由此推测,苯丙烷生物合成和类黄酮生物合成等植物次生代谢途径在OsWD40过表达水稻根系响应盐胁迫中发挥着重要作用,而且OsWD40可能介导响应脱落酸的基因转录调控,激活下游盐胁迫相关基因的表达。     

基于红掌转录组序列的SSR标记分析与开发

本研究从红掌转录组共32 391条unigenes中搜索得到3 944个SSR位点,出现频率为12.17%。EST-SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的96.29%,其中二核苷重复为主要基序类型,占总SSR的51.01%,AG/CT重复类型出现最多。设计合成的200对SSR引物中有22对引物扩增条带清晰、多态性好,在18个红掌品种中得到有效性验证。结果表明,基于红掌转录组序列的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发可为红掌遗传多样性分析、分子育种等奠定重要基础。     

Transcriptome Profiling and Biochemical Studies Reveal New Mechanisms for Cotton Fiber Cell Elongation

Cotton is the world＇s most important natural textile fiber, and is practiced on about 2.5% of arable land that supported the life of about 100 million family units. Each cotton fiber, about 25 000 per seed, is a single, phenomenally elongate, epidermal cell of the cotton seed. Biologically, cotton fiber is an excellent model system for plant cell elongation and cell wall and cellulose biosynthesis （Qin et al., 2005; 2007; Xu et al., 2007）. The fiber is composed of nearly pure cellulose, which is also the largest component of plan（biomass （Lu et al., 2002）. Here, through sequencing of a cotton fiber eDNA library and subsequent microarray analysis, we found that ethylene biosynthesis is one of the most significantly up regulated biochemical pathway during the fiber elongation period. ACO1-3 genes responsible for ACC （1-aminocyclopropane-l-carboxylic acid） oxidation and ethylene production were expressed at significantly higher levels during this growth stage. The amount of ethylene released from cultured ovules correlated with ACO expression and the rate of fiber growth. Exogenously applied ethylene promoted robust fiber cell expansion,     

ETV5基因敲除对小鼠肌肉基因表达谱的影响

【目的】与野生型小鼠相比较,采用CRISPR/Cas9技术制备的ETV5基因纯合敲除小鼠在表现出内源性精原干细胞消融的同时伴随着体型和体质的明显弱势,本研究的目的是探究ETV5基因敲除对小鼠肌肉表达谱的影响。【方法】采集6周龄的3只野生型公鼠和3只ETV5纯合敲除公鼠的肌肉组织并抽提RNA,进行转录组测序,并对测序结果进行生物信息学分析,对2组小鼠肌肉样品的差异表达基因进行聚类分析、GO和KEGG富集分析。【结果】2组小鼠的肌肉组织共筛选出了574个差异表达基因,其中,上调基因292个,下调基因282个。发现了多个基因影响ETV5敲除小鼠的生长发育,其中,包括影响小鼠肌肉发育的基因Amd1和影响脂肪累积的基因Chrna2。GO和KEGG分析富集到的通路大多与脂肪代谢和生长发育相关。【结论】本研究结果为ETV5敲除小鼠生长发育缓慢和延迟的分子机制提供了解释,为研究ETV5在生理和病理上的相关功能提供了参考。     

四带小鲃的长鳍表型及其转录组分析

四带小鲃（Puntius tetrazona）是一种具有较高经济价值的小型热带观赏鱼。我们对野生型和长鳍突变型四带小鲃的体长、尾鳍长、尾鳍分节数目和分节长度共4个指标进行了统计分析。结果显示,6月龄野生型（n = 30）与突变型（n = 30）成鱼体长没有显著差异（P = 0.904 2）,但两者在尾鳍长、尾鳍分节数目和分节长度3个指标存在显著差异（P < 0.000 1）。同时,我们对不同体长野生型（n = 80）和突变型（n = 80）尾鳍长度、分节数目和分节长度进行了线性回归分析,结果显示,相对于野生型,突变型尾鳍长度增加速率更快（野生型：k = 0.28,突变型：k = 0.62,P < 0.000 1）,尾鳍分节数目增加频率基本一致（野生型：k = 0.79,突变型：k = 0.82,P = 0.006）,尾鳍分节长度更长（野生型：k = 0.006 8,突变型：k = 0.000 4,P < 0.000 1）。野生型和突变型成鱼尾鳍组织的转录组分析结果显示,转录组从头组装共获得56 271个unigene,野生型组（n=3）和突变型组（n=3）之间共有1 304个差异表达基因,其中971个基因上调,333个基因下调。差异表达基因 KEGG通路显著富集到细胞周期和DNA复制等与细胞增殖相关的信号通路,其中细胞周期蛋白（cyclin A,cyclin B和cyclin E）和细胞周期依赖性激酶（cdk1）等基因显著上调。最后,对ckap2l、ki-67、cdc20、prc1、urgcp和cdks共6个基因的表达水平进行了qRT-PCR分析,其结果与转录组分析基本一致。以上结果表明,长鳍四带小鲃突变基因引起细胞周期相关基因表达量上升,造成尾鳍分节片段的细胞增殖速率加快,尾鳍分节长度增加,呈现为长尾鳍表型。本研究结果为鉴定突变基因和揭示长尾鳍形成的分子机制奠定基础。     

干旱胁迫下热带和温带玉米种质的生理及转录组分析

通过分析热带和温带玉米自交系干旱胁迫下的苗期生理和转录组数据,阐明不同玉米种质对干旱胁迫的生理和分子响应机制。结果表明,干旱胁迫下4个自交系的过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)活性以及丙二醛(MDA)、可溶性糖和可溶性蛋白质含量上升,叶绿素含量和4个叶绿素荧光参数值(F_v/F_o、F_v/F_m、Φ_PSII和Q_P)下降,温带玉米自交系较热带自交系的变化幅度更大。4个自交系在对照(CK)和干旱处理条件下的过滤后序列数(Clean reads)变幅为44560000~52580000条,4个自交系干旱胁迫下共有20126个差异表达基因(DEGs),21个基因本体项(GO terms)的相关基因高度富集。此外,热带和温带玉米自交系对干旱存在生理和分子响应差异,热带玉米种质的耐旱性高于温带玉米种质,可在热带种质中筛选耐旱玉米种质。     

基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异1）

通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1556684条序列,平均读长446 bp,共计695．34 Mb数据,其中1492289条高质量序列经拼接后得到22762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP／InDel分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9836个SNP和1550个InDel位点。在SNP位点中,转换占62．55％、颠换占37．45％,A／G的变异最为丰富,C／G的变异最少。在InDel位点中,有34．71％的位点为单核苷酸插入、缺失突变。